В 1793 г. Ушаков получил чин вице-адмирала. Сработало еще представление Потемкина - это были запоздавшие отголоски Калиакрии. Но скоро начались неприятности. Платон Зубов снова стал выдвигать Мордвинова: его произвели в вице-адмиралы и назначили главным начальником Черноморского правления.
В начале мая 1798 г. после серьезной ссоры с Мордвиновым Ушаков вынужден был жаловаться императору Павлу I. Жалобу Павел передал в Адмиралтейств-коллегию, там она ходила по инстанциям почти три месяца. А в первых числах августа император приказал Севастопольской эскадре во главе с Ушаковым немедленно следовать в Константинополь - к этому времени Россия в союзе с Турцией вступила в войну против Франции.
24 августа русская эскадра (6 линейных кораблей, 7 фрегатов и 3 посыльных судна) вошла в Босфорский пролив. Своего недавнего заклятого врага Ушак-пашу турки встречали с искренней радостью, почти восторженно. Султан лично осмотрел русские корабли и остался ими доволен. Столь разительная перемена в отношениях двух недавно враждовавших между собою соседей объяснялась резкими изменениями в международной обстановке.
Франция, бывшая союзница Турции, теперь подготовила морскую экспедицию для захвата турецкой провинции - Египта. Генерал Бонапарт с 36-тысячной армией уже высадился в Александрии.12 июня 1798 г. французы захватили остров Мальта. Павел I, считавший себя покровителем Мальтийского ордена, расценил эти действия французов как вызов и поэтому предложил туркам военный союз против Франции. Французы заняли все Ионические острова в районе Греческого Архипелага и продвигались к Каиру. Турки опасались, что Франция прочно укрепится в Средиземном море и потом постепенно превратит Порту в своего данника. Вот почему они приветствовали прибытие Ушакова в Константинополь.
19 августа 1798 г. Россия и Турция подписали декларацию об условиях союзного договора. Турецкая сторона обязалась не пропускать в Черное море никого, кроме кораблей под российскими флагами. Всем русским эскадрам разрешалось свободное плавание не только в Черном, но и в Средиземном море. Все начальники турецких портов и арсеналов переходили в подчинение Ушакова, задача которого состояла прежде всего в освобождении Ионических островов, после чего последние должны были временно оставаться под протекторатом России и Турции. Под общее командование Ушакова турки передали свою вспомогательную морскую эскадру (4 линейных корабля, 6 фрегатов и 4 корвета) во главе с опытным адмиралом Кадыр-беем. Кроме того, они взяли на себя обязательство снабжать русских моряков во время похода всем необходимым.
Сделав небольшую остановку у острова Хиос (там брали лоцманов), соединенный русско-турецкий флот начал свой поход к Ионическим островам. Первый из них, самый южный, Китира (Цериго), был освобожден от французов 30 сентября 1798 г., 14 октября освободили Закинф (Занте),20 октября - Кефалинию, затем - Итаку, Лефкас (Санта-Мавра), 18 февраля 1799 г. союзники очистили от французов Керкира (Корфу).
Остров Корфу был самым большим и самым богатым. Французы имели на нем первоклассную крепость с мощными защитными сооружениями, по неприступности и силе она могла равняться только Гибралтару. Английский адмирал Нельсон, блокировавший Мальту, уже пятый месяц стоял около этого острова без каких-либо результатов. Французский гарнизон крепости Корфу насчитывал в своем составе 3700 человек при 650 орудиях. В конце декабря к союзной эскадре прибыли из Севастополя два новых 74-пушечных корабля. Перед штурмом Ушаков имел в общей сложности 12 линейных кораблей, 13 фрегатов, 7 вспомогательных судов и четырехтысячное войско десанта. С целью усиления огневой мощи артиллерии осаждавшие воздвигли перед крепостью большую батарею, откуда 30 пушек могли прямой наводкой бить по укреплениям французов.
В ночь с 17 на 18 февраля корабли соединенного флота стали на якорь, охватив крепость полукольцом со стороны пролива. На флангах находились русские боевые суда - на случай появления французских кораблей. В семь часов утра, после ожесточенного обстрела, последовал штурм всеми силами с моря и с суши одновременно. Французы пытались сдерживать натиск атакующих, но были опрокинуты и стали отдельными группами сдаваться в плен. К вечеру французский губернатор Ионических островов генерал Шабо и генеральный комиссар Дюбуа заявили о капитуляции. Наутро на флагманском корабле Ушакова они подписали следующие условия сдачи острова Корфу: крепость и форты со всей артиллерией, арсеналами, запасами продовольствия и военным имуществом в полной сохранности передаются союзникам; французский гарнизон складывает оружие и в полном составе эвакуируется во Францию.
По случаю взятия крепости Корфу силами одного флота Ушаков получил много поздравлений - даже адмирал Нельсон, прославленный английский флотоводец, адресовал ему письмо. Но русского адмирала больше всего обрадовало поздравление Суворова, в котором полководец писал: "Ура! Русскому флоту! Я теперь говорю самому себе: зачем не был я при Корфу хотя мичманом! ".
Ушаков задержался на Корфу, чтобы исправить свои суда и одновременно установить на Ионических островах самостоятельное правление - республику под покровительством России и Турции. Верховным органом власти этого нового государственного образования был объявлен Сенат семи соединенных островов, состоявший поровну из представителей дворян и поселян. Республика получила из рук русского адмирала довольно либеральную для того времени конституцию, которой были недовольны Англия и Австрия.