Первоначально высший орган стратегического руководства военными действиями Советских Вооружённых Сил назывался Ставка Главного Командования. В состав ее вошли члены Политбюро ЦК ВКП(б) Сталин И.В., Молотов В.М., Маршал Советского Союза Ворошилов К.Е., заместитель народного комиссара обороны Маршал Советского Союза Буденный С.М., народный комиссар ВМФ адмирал Флота Кузнецов Н.Г. <https://www.otvoyna.ru/statya24.htm> и начальник Генерального штаба генерал армии Жуков Г.К. <https://www.otvoyna.ru/statya3.htm>, во главе с народным комиссаром обороны маршалом Тимошенко С.К. При Ставке был образован институт постоянных советников в составе: Маршалы Советского Союза Шапошников Б.М. <https://www.otvoyna.ru/statya54.htm> и Кулик Г.И.; генералы Мерецков К.А. <https://www.otvoyna.ru/merezkov.htm>, Жигарев П.Ф., Ватутин Н.Ф., Воронов Н.Н.; а также Микоян А.И., Каганович Л.М., Берия Л.П., Вознесенский Н.А., Жданов А.А., Маленков Г.М., Мехлис Л.З.
Однако динамичность военных действий, быстрые и резкие изменения обстановки на огромном фронте требовали высокой оперативности в руководстве войсками. Между тем маршал Тимошенко С.К. не мог самостоятельно, без согласования со Сталиным И.В. <https://www.otvoyna.ru/statya28.htm> принимать какие-либо серьезные решения по руководству ВС страны. Он даже не имел права принимать решения о подготовке и использовании стратегических резервов. В целях обеспечения централизованного и более оперативного управления действиями войск постановлением ГКО СССР от 10 июля 1941 г.
Ставка Главного Командования была преобразована в Ставку Верховного Командования. Ее возглавил председатель ГКО Сталин. Этим же постановлением в состав Ставки был введен заместитель народного комиссара обороны маршал Шапошников Б.М. 8 августа 1941 г. Сталин И.В. был назначен Верховным Главнокомандующим. С этого времени Ставка Верховного Командования была переименована в Ставку Верховного Главнокомандования (ВГК). В состав её вошли: Сталин И., Молотов В., Тимошенко С., Будённый С., Ворошилов К., Кузнецов Н., Шапошников Б. и Жуков Г.
На завершающем этапе Великой Отечественной войны был последний раз изменён состав Ставки ВГК. Постановлением ГКО СССР от 17 февраля 1945 г. был определен следующий состав Ставки ВГК: Маршалы Советского Союза Сталин И.В. (председатель - Верховный Главнокомандующий), Жуков Г.К. <https://www.otvoyna.ru/jukov.htm> (зам. наркома обороны) и Василевский А.М <https://www.otvoyna.ru/vasilevskiy.htm> (зам. наркома обороны), генералы армии Булганин Н.А. (член ГКО и зам. наркома обороны) и Антонов А.И. (начальник Генерального штаба), адмирал Кузнецов Н.Г. (нарком ВМФ СССР).
Ставка ВГК осуществляла стратегическое руководство РККА, ВМФ СССР, пограничными и внутренними войсками, партизанскими соединениями <https://www.otvoyna.ru/partiz.htm>. Деятельность Ставки заключалась в оценке военно-политической и военно-стратегической обстановки, принятии стратегических и оперативно-стратегических решений, организации стратегических перегруппировок и создании группировок войск, организации взаимодействия и координации действий в ходе операций между группами фронтов, фронтами, отдельными армиями, а также между действующей армией и партизанскими отрядами. Кроме этого, Ставка руководила формированием и подготовкой стратегических резервов, материально-техническим обеспечением Вооруженных сил, руководила изучением и обобщением опыта войны, осуществляла контроль над выполнением поставленных задач, решала вопросы, касающиеся военных действий.
Ставка ВГК руководила фронтами, флотами и авиацией дальнего действия, ставила им задачи, утверждала планы операций, обеспечивала их необходимыми силами и средствами, через Центральный штаб партизанского движения руководила партизанами. Важную роль в руководстве боевой деятельностью фронтов и флотов играли директивы Ставки, в которых обычно указывались цели и задачи войск в операциях, основные направления, где требовалось сосредоточить главные усилия, необходимые плотности артиллерии и танков на участках прорыва и т.д.
В первые дни войны в условиях быстро менявшейся обстановки, при отсутствии устойчивой связи с фронтами и достоверной информации о положении войск, военное руководство систематически опаздывало с принятием решений, поэтому возникла необходимость создания между Ставкой ВГК и фронтами промежуточной командной инстанции. В этих целях было принято решение о направлении на фронт руководящих сотрудников Народного комиссариата обороны, однако эти меры на начальном этапе войны не дали результатов.
Поэтому 10 июля 1941 г. постановлением ГКО были созданы три Главных командования войск по стратегическим направлениям: Северо-Западное направление во главе с маршалом Ворошиловым К.Е. - координация действий Северного и Северо-Западного фронтов, а также Северного <https://www.otvoyna.ru/sfsssr.htm> и Балтийского <https://www.otvoyna.ru/bfsssr.htm> флотов; Западное направление во главе с маршалом Тимошенко С.К. - координация действий Западного фронта и Пинской военной флотилии, а позже - Западного фронта, Фронта резервных армий и Центрального фронта; Юго-Западное направление во главе с маршалом Буденным С.М. - координация действий Юго-Западного, Южного, а позже и Брянского фронтов, с оперативным подчинением Черноморского флота <https://www.otvoyna.ru/chfsssr.htm>.
В задачу Главных командований входили изучение и анализ оперативно-стратегической обстановки в полосе направления, координация действий войск на стратегическом направлении, информирование Ставки о положении на фронтах, руководство подготовкой операций в соответствии с планами Ставки, руководство партизанской борьбой в тылу врага. В начальный период войны Главные командования имели возможность оперативно реагировать на действия противника, обеспечивая более надежное и четкое управление войсками, а также организацию взаимодействия между фронтами. К сожалению, Главнокомандующие стратегических направлений не только не имели достаточно широких полномочий, но и не располагали необходимыми военными резервами и материальными ресурсами для активного влияния на ход боевых действий. Ставка чётко не определила и круг их функций и задач.
Нередко их деятельность сводилась к передаче информации от фронтов в Ставку и, наоборот, приказов Ставки во фронты.
Главнокомандующие войсками стратегических направлений так и не сумели улучшить руководство фронтами. Главные командования войск стратегических направлений начали поочередно упраздняться. Но окончательно Ставка ВГК от них не отказалась. В феврале 1942 г. Ставка возложила на командующего Западным фронтом генерала армии Жукова Г.К. обязанности Главнокомандующего войсками Западного направления, для координации боевых действий Западного и Калининского фронтов в ходе Ржевско-Вяземской операции <https://www.otvoyna.ru/statya17.htm>. Вскоре было восстановлено и Главное командование войск Юго-Западного направления. Главнокомандующим был назначен командующий Юго-Западным фронтом маршал Тимошенко С.К., для координации действий Юго-Западного и соседнего Брянского фронтов. А в апреле 1942 г. на южном крыле советско-германского фронта было образовано Главное командование войск Северо-Кавказского направления во главе с маршалом Буденным С.М., которому подчинялись Крымский фронт, Севастопольский оборонительный район, Северо-Кавказский военный округ, Черноморский флот и Азовская военная флотилия. Вскоре от подобной системы управления как мало эффективной пришлось отказаться. В мае 1942 г. были упразднены Главные командования войск Западного и Северо-Кавказского, а в июне - Юго-Западного направлений.
На смену появился институт представителей Ставки ВГК, который получил более широкое распространение в годы Великой Отечественной войны. Представителями Ставки назначались наиболее подготовленные военачальники, которые наделялись широкими полномочиями и направлялись обычно туда, где по плану Ставки ВГК решались главные на данный момент задачи. Представителями Ставки ВГК на фронтах в разное время были: Буденный С.М., Жуков Г.К., Василевский А.М., Ворошилов К.Е., Антонов А.И., Тимошенко С.К., Кузнецов Н.Г., Штеменко С.М., Новиков А.А. <https://www.otvoyna.ru/statya25.htm> и другие. Верховный Главнокомандующий - Сталин И.В. требовал от представителей Ставки постоянных докладов о ходе выполнения поставленных задач, нередко вызывая их в Ставку в ходе операций, особенно когда что-то не ладилось.
Конкретные задачи своим представителям Сталин ставил лично, сурово спрашивая за упущения и просчёты. Институт представителей Ставки ВГК значительно повысил эффективность стратегического руководства, способствовал более рациональному использованию сил в проводимых на фронтах операциях, легче было согласовывать усилия и поддерживать тесное взаимодействие между фронтами, видами Вооруженных сил, родами войск и партизанскими формированиями. Представители Ставки, имея большие полномочия, могли влиять на ход сражений, вовремя исправлять ошибки фронтового и армейского командования. Институт представителей Ставки просуществовал почти до конца войны.
Планы кампаний принимались на совместных заседаниях Политбюро ЦК ВКП(б), ГКО и Ставки ВГК, правда в первые месяцы войны принцип коллегиальности практически не соблюдался. В дальнейшей работе по подготовке операций самое активное участие принимали командующие фронтами, видами Вооруженных сил и родов войск. По мере стабилизации фронта, реорганизации системы стратегического руководства, совершенствовалось и управление войсками. Планирование операций стало характеризоваться более согласованными усилиями Ставки ВГК, Генерального штаба и штабов фронтов.
Наиболее целесообразные методы стратегического руководства Ставка ВГК вырабатывала постепенно, по мере накопления боевого опыта и роста военного искусства у высших звеньев командования и штабов. В ходе войны методы стратегического руководства Ставки ВГК непрерывно развивались и совершенствовались. Наиболее важные вопросы стратегических замыслов и планов операций обсуждались на её заседаниях, на которых в ряде случаев присутствовали командующие и члены военных советов фронтов, командующие видами вооруженных сил и родов войск. Окончательное решение по обсуждаемым вопросам Верховный главнокомандующий формулировал лично.
На протяжении всей войны Ставка ВГК находилась в Москве, что имело большое моральное значение. Члены Ставки ВГК собирались в кремлевском кабинете Сталина И.В., но с началом бомбежек она была переведена из Кремля в небольшой особняк на улице Кирова с надежным рабочим помещением и связью. Ставка из Москвы не эвакуировалась, а во время бомбёжек работа перемещалась на станцию метро «Кировская», где был подготовлен подземный центр стратегического управления ВС. Там были оборудованы кабинеты Сталина И.В. и Шапошникова Б.М., размещалась оперативная группа Генштаба и управлений наркомата обороны.
В кабинете Сталина И.В. одновременно собирались члены Политбюро, ГКО и Ставки ВГК, но объединяющим органом в условиях войны, все же была Ставка ВГК, заседания которой могли проводиться в любое время суток. Доклады Верховному Главнокомандующему делались, как правило, три раза в сутки. В 10-11 часов утра обычно докладывал начальник Оперативного управления, в 16-17 часов - начальник Генштаба, а ночью военачальники ехали к Сталину с итоговым докладом за сутки.
Приоритет в решении военных вопросов принадлежал, безусловно, Генеральному штабу. Поэтому его начальники во время войны практически ежедневно бывали у Сталина И.В., став для него основными экспертами, консультантами и советчиками. Частыми посетителями Ставки ВГК были народный комиссар ВМФ Кузнецов Н.Г. и начальник Тыла РККА Хрулев А.В. Неоднократно Верховный Главнокомандующий встречался с начальниками Главных управлений НКО, командующими и начальниками родов войск. По вопросам, касающимся приема на вооружение боевой техники или поставок ее в войска, вместе с ними приходили наркомы авиационной, танковой промышленности, вооружения, боеприпасов и другие. Нередко по этим вопросам приглашались ведущие конструкторы оружия и боевой техники. Выполнив свои функции, Ставка ВГК в октябре 1945 г. была упразднена.