Теперь мы возвращаемся в настоящее, где разворачивается действие. Из-за активизации «Пульса Пробуждения» Монада очнулась от комы, и совершила побег из Бюро Здоровья с инстинктивной необходимостью воссоединиться со своим любимым Эрго Прокси. Большая часть ее умственных способностей была утрачена, когда был создан Винсент - но ясно, что некоторые желания Монады остались, даже в ее состоянии.
Вместе со многими гражданами Москвы Винсент подал заявку и получил иммиграционное разрешение. Пока он ждал в очереди, он впервые увидел Рил Мейер и влюбился в нее. Неведомо для него, это было из-за того, что она была частичным клоном Монады. Она присутствовала во время его опроса, для получения разрешения войти в Ромдо, и он позже столкнулся с ней несколько раз во время ее расследования дела о зараженных Вирусом Когито Авторейвов.
Тем временем, Винсент, будучи иммигрантом, устраивается на работу, в надежде стать достойным гражданином. Его задание по утилизации требует, чтобы он выслеживал Авторейвов, инфицированных Когито, ради защиты сограждан. В эпизоде 1 Винсент возвращается в то место, где живет Рил, потому что он неосознанно чувствует, что Монада приближается к нему. Эрго хочет противостоять Монаде лично, но, вместо этого, очаровывается Рил, которая является еще одной формой Монады. Винсент превращается в Эрго Прокси, который вторгается в ванную Рил.
Эрго кажется очарованным Рил, не зная, что она является тем, кем хочет стать Эрго: человек без Прокси-стороны. Винсент в нее влюблен. Рил чувствует страх, но ее определенно тянет к Эрго, о котором она позже узнает, потому что она является клоном Монады. Монада находит Эрго, и он начинает защищать себя и Рил. Монада бежит, Винсент оказывается без сознания около дома Рил, не в силах вспомнить, что произошло.
Во 2 эпизоде Монада снова пытается добраться до Винсента. Винсент испуган и бежит от нее в торговом центре. Монада отчаянно следует за ним, вызывая много людских потерь, которые были лишь побочным ущербом ее побега, ее волнует только преследование Эрго Прокси / Винсента. Наконец ей удается загнать Винсента в угол, он превращается в Эрго Прокси и убивает ее, не помня, кто она. Монада умирает и слезы бегут по ее щеке.
Рауль Крид видел, как его жена и сын были убиты Монадой прямо на его глазах. Именно тогда рассудок Рауля начинает рушиться. Он эмоционально реагирует на события. Когда Кристева фокусирует камеру на Винсенте, становится понятным, почему Рауль столь безрассудно одержим им. Он винит Винсента в событиях, которые произошли в день резни в торговом центре. Его Авторейв Пино также заражается вирусом Когито, и покидает купол вместе с Винсентом.
Во время всего этого Прокси Единый осознает с помощью «Пульса Пробуждения», что ему не хватает времени, чтобы отомстить Создателям и уничтожить все, что они оставили на Земле. Ему также необходимо вернуть Эрго Прокси. Винсент, Рил и Пино отправляются в Москву, полагая, что ответы на вопросы находятся там. По пути они сталкиваются с различными куполами и Прокси.
Прокси Единый в конце концов покидает Ромдо и на протяжении всего путешествия пытается заставить Винсента осознать, что он - Прокси и заставить его Эрго сторону вернуться, забыв о его человечности (Эпизод 11 и эпизод 20, например). Он также хочет, чтобы Рил исчезла, потому что она напоминает Винсенту о том, что он человек. Пример этого показан в эпизоде 20.
Когда Винсент, Рил и Пино приезжают в Москву, Прокси Единый идет в камеру, где находится Амнезия, хранящий воспоминания Винсента. Прокси Единый не хочет, чтобы Винсент возвращал свои воспоминания, иначе Эрго не захочет сотрудничать с ним и мстить создателям в качестве Посланца Смерти. Амнезия считает Прокси Единый это Эрго и предлагает вернуть ему свои воспоминания, но Прокси Единый убивает Амнезию и оставляет свой амулет вокруг шеи Амнезии.
Позже Винсент и другие находят камеру и второй амулет у Амнезии, Авторейв говорит им вернуться в Ромдо. Надпись «Пробуждение» появляется на стене (оставленная Прокси Едиными, чтобы заманить их обратно в Ромдо). Они решают вернуться в Ромдо, чтобы узнать правду раз и навсегда.
Во время всего путешествия в Москву и обратно, Дедал предстает перед нами одержимым образом Рил; он не мог вынести того, что она последовала за Винсентом, а не вернулась в Ромдо. Позже, он создал фальшивую Рил в качестве замены реальной. Это был истинный клон Монады, который содержал в себе клетки Амрита и имел ускоренный рост. Второй клон называется Риал Мейер, ей так же была дана любовь Монады к Эрго Прокси/Винсенту. Настоящая Риал так же хранит воспоминания Монады.
Рауль заходит слишком далеко, стремясь убить Винсента. Так как Прокси Единый покинул Ромдо, купол начал разрушаться. Рауль говорит, что люди не должны зависеть от Прокси и не нуждаются в них. Рауль хочет изменить тело людей, чтобы они не нуждались в Прокси, и начинает с ADW-проекта, за который отвечает Дедал. Дедал прогибается и начинает реализовывать проект, хотя знает, что это не удастся. Из-за проекта погибло 90% населения купола. Но Дедала заботит только Рил.
Винсент, Рил и Пино возвращаются в Ромдо. Винсент превращается в Эрго Прокси, Рил ищет его в рушащемся городе. Эрго видит мертвое тело Монады в лаборатории и сожалеет, осознав, что он убил ее. Он встречает Риал. Тем временем Прокси Единый идет в тронный зал и душит Донова Мейера перед глазами Рил. Донов умирает со слезами на лице, думая, что его предал Эрго Прокси. Рауль стреляет в Прокси Единого с помощью FP-патрон, но тому удается выжить, оторвав и регенерировав руку. Затем он уходит. Рил, поначалу, приняла Прокси Единого за Винсента, но понимает правду, когда Эрго входит в тронный зал и с удивлением видит, что Донов мертв. Она понимает, что кто-то манипулировал ими из тени все это время. К настоящему времени к Эрго вернулась большая часть его воспоминаний. Прокси Единый поздравляет Рил, раскрывшей правду о нем и позволяет Эрго и Рил прийти к нему.
Рил пытается остановить Дедала от разрушения купола, в то время как Эрго и Единый Прокси сражаются. Монада полностью пробуждается в Риал Мейер, ее волосы становятся белыми, а глаза - золотыми, как у Монады в Прокси-форме. Она отращивает крылья, сделанные Дедалом или благодаря ее собственной силе, и идет к Эрго Прокси. Риал говорит, что Эрго не нужно выполнять свою миссию и он может пойти с ней.
Монада говорит, что они могут оставить мир позади и лететь к солнечному свету. Но Эрго понимает, что он убегал достаточно. Он хочет принять реальность, и он хочет жить ради Рил. Монаде грустно слышать это, Эрго возвращает ей амулет и уходит. Монада знает, что Эрго, решил выполнить свою миссию и отомстить создателям. Она не хочет видеть его страдания. Монада также понимает, что Эрго выбрал Рил, а ее другая любовь – Прокси Единый, близка к смерти из-за ран, нанесенных Эрго. Она понимает, что больше не нужна и выбирает смерть, летит к солнечному свету и распадается.
Прокси Единый рад, что Винсент вернулся. Он умирает от ран и солнечного света. Прокси Единый объяснил, что «Пульс Пробуждения» меняет их форму, делая синее небо губительным для Прокси. Винсент убивает Прокси Единого, останавливает свой собственный пульс, становясь неуязвимым для «Пульса Пробуждения». Эрго и Прокси Единый делят один и тот же импульс: ”Я - это ты, а ты – я”, убив Прокси Единого, он остановил пульс, Прокси Единый говорит: “Ты разрушил заклинание пульса”. Именно так Винсент становиться защищен от солнечного света, в отличие от других Прокси, и способен противостоять Создателям. Это был план Прокси Единого: он умирает, зная, что Винсент будет противостоять Создателям, как он этого и хотел.
Тем временем Рил и Пино возвращаются, чтобы забрать его на корабль. Винсент стоит на вершине Ромдо, глядя на космические корабли возвращающихся Создателей. У Винсента больше нет расщепления личности; Он и Эрго слились вместе. Винсент смотрит на корабли со светящимися глазами, заявляя, что он Эрго Прокси, Посланец Смерти. И так история заканчивается.
Кто знает, что сделает Винсент? Дальнейшие события остаются для фантазии зрителя. Истинное человечество будет сильно удивлено, когда поймет, что на Земле все еще есть Прокси, а большинство куполов были уничтожены. Будет ли Эрго атаковать людей или Рил и Пино смогут остановить его? Винсент не является конфликтной личностью, поэтому он может не напасть сразу, но, я уверена, что даже он хотел бы «поговорить» с Создателями о всем, что они сделали. Он может напасть, только если его спровоцируют. К счастью, Рил и Пино будут рядом, чтобы помочь ему. Я считаю, что Винсент наконец-то нашел свою истинную сущность, кем он является. Он также хочет восстановить мир и жить с Пино и Рил (еще одна причина, по которой он решил не лететь на солнце вместе с Монадой).