История начинается в момент, когда “Пульс Пробуждения” только был активирован. История повествует о Рил Мейер, Винсенте Лоу, и Пино, их путешествии в поисках утраченной истины о мире и самих себе. К этому времени Земля выглядела не лучшим образом; словно чума, Вирус Когито распространялся на Авторейвов, регент Ромдо, Донов Мейер, является никем иным, как ложным правителем, а остальные купола неизбежно рушатся.
Перед нами предстает Прокси Единый, который узнал правду о Проекте Прокси и разгневался на Создателей. Создатели - это имя, которое Прокси дали настоящим людям в космосе, то есть тем, кто их создал. Прокси думают о них как о богах, а в свою очередь, псевдо-люди воспринимают Прокси как богов или творцов. В любом случае, Прокси, включая Прокси Единого, любили свои творения. Однако их человеческие творения были просто копией оригинальных людей на случай, если проект Бумеранг окажется неудачным. Так сказать, “план Б”. В конце концов становится ясно, что Проект Бумеранг осуществлен успешно, тем самым делая ненужной необходимость существования резервной копии людей.
Вот что разозлило Прокси Единого: его творения должны были погибнуть, как и Прокси, выполнив свое предназначение. Он решил отомстить Создателям. Он планировал разрушение пригодных для жилья мест обитания (куполов), чтобы людям, после возвращения из космоса, негде было жить. Прокси Единый запустил серию ракет, уничтожив тем самым несколько куполов.
Другая часть его плана заключалась в создании другого Прокси, Посланца Смерти, чтобы наказать создателей за всю причиненную ими боль. Это был, конечно, Эрго Прокси, ставший 301 Прокси. Это было сделано Прокси Единым, объединившим свои Амрита клетки с Прокси Монадой, женщиной-Прокси, которая, по-видимому, была влюблена в Прокси Единого. Вместо беременности, получилась идеальная копия Прокси Единого, но ему была дана маска, чтобы скрыть свое лицо. Этому Прокси были также даны воспоминания, которые мучили Прокси Единого, узнавшего о реальном значении существования Прокси и о том, каковы их истинные предназначения.
Похоже, что Эрго Прокси властвовал над Ромдо вместо Прокси Единого, однако, спустя некоторое время, Эрго Прокси осознал свою несовершенность, ведь он создал людей с изъяном; но он все еще любил их. Он отказывается от своей власти в куполе и назначает Донова Мейера регентом в свое отсутствие. Он отдает Прокси Единому свой амулет и отправляется в Москву, в купол Монады. Монада тоже любит Эрго, считая его своего рода, сыном или, возможно, еще одним Прокси Единым. Эрго тоже любит Монаду, являясь копией Прокси Единого.
Эрго не хочет больше выполнять свою роль несущего смерть, а хочет жить как человек. В Москве Монада и Эрго Прокси договорились стереть ему воспоминания, чтобы он мог стать человеком. Монада любила Эрго Прокси, поэтому пожертвовала собой в процессе удаления воспоминаний Эрго и создания его альтер эго - Винсента Лоу, в процессе впав в кому и потеряв рассудок. Воспоминания были предоставлены Авторейву, Амнезии, который был заперт в специальной камере, открывающуюся с помощью амулета Прокси. Монада (Прокси13) дает ее собственный амулет Эрго, чтобы он мог однажды открыть камеру, если он решит вернуть свои воспоминания.
Прокси Единый был недоволен Монадой - его Посланец Смерти ускользнул от него и его память оказалась потерянной. Тем временем Донов Мейер, любивший Эрго Прокси, был огорчен и разозлен, ведь Эрго покинул его и купол. Из-за чувства печали и желания мести он решил напасть на Москву, потому что знал, что именно там находился сбежавший Эрго. Кроме того, поскольку Прокси поддерживали инкубатор, Донов решил захватить Монаду на замену Эрго. Донов, вероятно, думал, что Эрго и Прокси Единый были одним и тем же Прокси и не осознавал, что Прокси Единый все еще находится в Ромдо. Так что, на самом деле, Донову не нужно было захватывать Монаду для инкубатора, потому что там был Прокси Единый.
Как бы то ни было, силы Ромдо атакуют Москву, уничтожая ее. Прокси Единый не делает ничего, чтобы остановить их, вероятно, он все еще злился на Монаду. Монаду атакуют на ее троне. В коматозном состоянии она больше не могла защитить купол Москвы. Тело Монады извлекли из Москвы, притащили и заперли, чтобы заменить Эрго. Дедал сообщает, что ему был поручен надсмотр за Монадой, когда он получил работу начальника Бюро здравоохранения; Ему поставили задачу убедиться в том, что Монада остается без сознания в коме.
Тем временем, Винсент Лоу переживает атаку на город и отправляется обратно в Ромдо в качестве иммигранта вместе с другими выжившими гражданами (неведомо для всех в Ромдо, кроме Прокси Единого).
Пока Монада находилась взаперти, ее изучали ученые Ромдо, сильно ее обезобразив. Вы можете видеть, что стало с ней после - она зашита в разных местах. Неизвестно, как выглядела Монада, прежде чем ее отвезли в Ромдо и начали эксперименты.
По приказу Донова Мейера создается Дедал, и как только он достаточно вырос, ему поручается создать клона Монады, следить за ним и оценить его развитие. Этот клон должен был вернуть Эрго Прокси обратно в Ромдо. Клону дали имя Рил Мейер. Но Рил была несовершенным или частичным клоном Монады. Возможно, была использована комбинация ДНК Донова и клеток Монады, что дало Рил родственную связь с Доновом Мейером. Рил сказали, что Донов был ее дедушкой и она росла, не зная правды.