| № п/п | Наименование территориальных органов | Место нахождения |
| Центральный федеральный округ | ||
| 1. | Межрегиональное управление Федеральной службы по надзору в сфере природопользования по г. Москва и Калужской области (Межрегиональное управление Росприроднадзора по г. Москва и Калужской области) | г. Москва |
| 2. | Межрегиональное управление Федеральной службы по надзору в сфере природопользования по Московской и Смоленской областям (Межрегиональное управление Росприроднадзора по Московской и Смоленской областям) | г. Москва |
| 3. | Верхне-Волжское межрегиональное управление Федеральной службы по надзору в сфере природопользования (Верхне-Волжское межрегиональное управление Росприроднадзора) | г. Ярославль |
| 4. | Межрегиональное управление Федеральной службы по надзору в сфере природопользования по Ивановской и Владимирской областям (Межрегиональное управление Росприроднадзора по Ивановской и Владимирской областям) | г. Иваново |
| 5. 4. | Приокское межрегиональное управление Федеральной службы по надзору в сфере природопользования (Приокское межрегиональное управление Росприроднадзора) | г. Тула |
| 6. | Центрально-Черноземное межрегиональное управление Федеральной службы по надзору в сфере природопользования (Центрально-Черноземное межрегиональное управление Росприроднадзора) | г. Воронеж |
| Северо-Западный федеральный округ | ||
| 7. | Северо-Западное межрегиональное управление Федеральной службы по надзору в сфере природопользования (Северо-Западное межрегиональное управление Росприроднадзора) | г. Санкт-Петербург |
| 8. | Балтийско-Арктическое межрегиональное управление Федеральной службы по надзору в сфере природопользования (Балтийско-Арктическое межрегиональное управление Росприроднадзора) | г. Мурманск |
| 9. | Межрегиональное управление по Республике Коми и Ненецкому автономному округу Федеральной службы по надзору в сфере природопользования (Межрегиональное управление Росприроднадзора по Республике Коми и Ненецкому автономному округу) | г. Сыктывкар |
| 10. | Северное межрегиональное управление Федеральной службы по надзору в сфере природопользования (Северное межрегиональное управление Росприроднадзора) | г. Архангельск |
| Южный федеральный округ | ||
| 11. | Межрегиональное управление Федеральной службы по надзору в сфере природопользования по Астраханской и Волгоградской областям (Межрегиональное управление Росприроднадзора по Астраханской и Волгоградской областям) | г. Астрахань |
| 12. | Межрегиональное управление Федеральной службы по надзору в сфере природопользования по Ростовской области и Республике Калмыкия (Межрегиональное управление Росприроднадзора по Ростовской области и Республике Калмыкия) | г. Ростов-на-Дону |
| 13. | Черноморо-Азовское морское управление Федеральной службы по надзору в сфере природопользования (Черноморо-Азовское морское управление Росприроднадзора) | г. Новороссийск |
| 14. | Южное межрегиональное управление Федеральной службы по надзору в сфере природопользования (Южное межрегиональное управление Росприроднадзора) | г. Краснодар |
| Северо-Кавказский федеральный округ | ||
| 15. | Северо-Кавказское межрегиональное управление Федеральной службы по надзору в сфере природопользования (Северо-Кавказское межрегиональное управление Росприроднадзора) | г. Ессентуки |
| Приволжский федеральный округ | ||
| 16. | Волжско-Камское межрегиональное управление Федеральной службы по надзору в сфере природопользования (Волжско-Камское межрегиональное управление Росприроднадзора) | г. Казань |
| 17. | Западно-Уральское межрегиональное управление Федеральной службы по надзору в сфере природопользования (Западно-Уральское межрегиональное управление Росприроднадзора) | г. Пермь |
| 18. | Межрегиональное управление Федеральной службы по надзору в сфере природопользования по Нижегородской области и Республике Мордовия (Межрегиональное управление Росприроднадзора по Нижегородской области и Республике Мордовия) | г. Нижний Новгород |
| 19. | Межрегиональное управление Федеральной службы по надзору в сфере природопользования по Самарской и Ульяновской областям (Межрегиональное управление Росприроднадзора по Самарской и Ульяновской областям) | г. Самара |
| 20. | Межрегиональное управление Федеральной службы по надзору в сфере природопользования по Саратовской и Пензенской областям (Межрегиональное управление Росприроднадзора по Саратовской и Пензенской областям) | г. Саратов |
| 21. | Южно-Уральское межрегиональное управление Федеральной службы по надзору в сфере природопользования (Южно-Уральское межрегиональное управление Росприроднадзора) | г. Уфа |
| Уральский федеральный округ | ||
| 22. | Северо-Уральское межрегиональное управление Федеральной службы по надзору в сфере природопользования (Северо-Уральское межрегиональное управление Росприроднадзора) | г. Тюмень |
| 23. | Уральское межрегиональное управление Федеральной службы по надзору в сфере природопользования (Уральское межрегиональное управление Росприроднадзора) | г. Екатеринбург |
| Сибирский федеральный округ | ||
| 24. | Енисейское межрегиональное управление Федеральной службы по надзору в сфере природопользования (Енисейское межрегиональное управление Росприроднадзора) | г. Красноярск |
| 25. | Межрегиональное управление Федеральной службы по надзору в сфере природопользования по Иркутской области и Байкальской природной территории (Межрегиональное управление Росприроднадзора по Иркутской области и Байкальской природной территории) | г. Иркутск |
| 26. | Сибирское межрегиональное управление Федеральной службы по надзору в сфере природопользования (Сибирское межрегиональное управление Росприроднадзора) | г. Новосибирск |
| 27. | Южно-Сибирское межрегиональное управление Федеральной службы по надзору в сфере природопользования (Южно-Сибирское межрегиональное управление Росприроднадзора) | г. Кемерово |
| Дальневосточный федеральный округ | ||
| 28. | Дальневосточное межрегиональное управление Федеральной службы по надзору в сфере природопользования (Дальневосточное межрегиональное управление Росприроднадзора) | г. Владивосток |
| 29. | Забайкальское межрегиональное управление Федеральной службы по надзору в сфере природопользования (Забайкальское межрегиональное управление Росприроднадзора) | г. Чита |
| 30. | Приамурское межрегиональное управление Федеральной службы по надзору в сфере природопользования (Приамурское межрегиональное управление Росприроднадзора) | г. Хабаровск |
| 31. | Северо-Восточное межрегиональное управление Федеральной службы по надзору в сфере природопользования (Северо-Восточное межрегиональное управление Росприроднадзора) | г. Магадан |
| 32. | Управление Федеральной службы по надзору в сфере природопользования по Республике Саха (Якутия) (Управление Росприроднадзора по Республике Саха (Якутия)) | г. Якутск |