Почва дает приют разнообразным микроорганизмам. Так, количество только бактерий в почве достигает 10 млрд. клеток в 1 г. Микроорганизмы участвуют в почвообразовании и самоочищении почвы, в кругооборота в природе азота, углерода, и других элементов. В ней кроме бактерий обитают грибы, простейшие и лишайники представляющие собой симбиоз грибов с цианобактериями. На поверхности почвы микроорганизмов относительно мало из-за губительного действия УФ-лучей, высушивания и других факторов. Пахотный слой почвы толщиной 10–15 см содержит наибольшее число микроорганизмов. По мере углубления количество микроорганизмов уменьшается вплоть до их исчезновения на глубине 3–4 м. Состав микрофлоры почвы зависит от ее типа и состояния, состава растительности, температуры, влажности и т.д. Большинство почвенных микроорганизмов способны развиваться при нейтральном рН, высокой относительной влажности, температуре от 25 до 45 °С.
В почве живут спорообразующие палочки родов Bacillus и Closlridium. Непатогенные бациллы (Вас. megaterium, Вас. subtilis и др.). наряду с псевдомонадами, протеем и некоторыми другими бактериями являются аммонифицирующими, составляя группу гнилостных бактерий, осуществляющих минерализацию органических веществ. Патогенные спорообразующие палочки (возбудители сибирской язвы, ботулизма, столбняка, газовой гангрены) способны длительно сохраняться, а некоторые даже размножаться в почве (Clostridium botulinum). Почва является также местом обитания азотфиксирующих бактерий, усваивающих молекулярный азот (Azotobacter, Azomonas, Mycobacterium и др.). Азотфиксирующие разновидности цианобактерий, или сине-зеленых водорослей, применяют для повышения плодородия рисовых полей.
Представители семейства кишечных бактерий (сем. Enterobacteriaceae) — кишечная палочка, возбудители брюшного тифа, сальмонеллезов и дизентерии, попав в почву с фекалиями, отмирают. В чистых почвах кишечная палочка и протей встречаются редко; Обнаружение бактерий группы кишечной палочки (колиформных бактерий) в значительных количествах является показателем загрязнения почвы фекалиями человека и животных и свидетельствует об ее санитарно-эпидемиологическом неблагополучии из-за возможности передачи возбудителей кишечных инфекций. Количество простейших в почве колеблется от 500 до 500 000 на 1 г почвы. Питаясь бактериями и органическими остатками, простейшие вызывают изменения в составе органических веществ почвы. В почве находятся также многочисленные грибы, токсины которых, накапливаясь в продуктах питания человека, вызывают интоксикации — микотоксикозы и афлатоксикозы.
Результаты исследования почв учитывают при определении и прогнозе степени их опасности для здоровья и условий проживания населения в населенных пунктах (по эпидемиологическим показаниям), профилактике инфекционной и неинфекционной заболеваемости (предупредительный санитарный надзор), текущем санитарном контроле за объектами, прямо или косвенно воздействующими на окружающую среду.
При проведении текущего санитарного надзора за состоянием почвы ограничиваются кратким санитарно-микробиологическим анализом, указывающим на наличие и степень фекального загрязнения. Показатели, включенные в эту группу, также характеризуют процессы самоочищения почвы от загрязнителей органической природы и энтеробактерий. Полный санитарно-микробиологический анализ почвы проводят в форме предупредительного санитарного надзора. Воздействие химических поллютантов на биогеоценоз предполагает исследование их бактерицидного действия на почвенную микробиоту, как следствие: изменение сообщества почвенных микроорганизмов, ферментативной активности почвы. По эпидемическим показаниям проводят индикацию патогенной микробиоты.
В лаборатории из 5 точечных проб почвы, взятых с одного участка, готовят усредненную пробу, тщательно перемешивая и растирая в стерильной фарфоровой чашке резиновым пестиком в течение 5 мин. Посторонние примеси (корни растений, камни, щепки) удаляют путем просеивания почвы через сито, которое предварительно протирают ватным тампоном, смоченным 96% этиловым спиртом. Из усредненной пробы отбирают навески (от 1 до 50–55 г в зависимости от перечня определяемых показателей) и готовят суспензию 1:10 на стерильной водопроводной воде (10 г почвы на 90 см3 воды). Для десорбции микроорганизмов с поверхности почвенных частиц приготовленную почвенную суспензию встряхивают в течение 3 мин на мешалке механического диспергатора. После отстаивания суспензии в течение 30 с, готовят последовательные 10-кратные разведения почвы до концентрации 10-4–10-5 г/см3.
Оценку результатов санитарно-микробиологического исследования почв проводят путем сопоставления данных, полученных на опытных и контрольных участках почв одинакового состава, расположенных в непосредственной территориальной близости. Схемы оценки санитарного состояния почвы на основании отдельных санитарно-микробиологических критериев представлены в МУ № 14446–76 (табл. 2).
Таблица 2. Схема оценки санитарного состояния почвы по микробиологическим показателям (по МУ№ 1446-76)
| Категории почв | Титр (г) | Индекс термофильных микроорганизмов (число клеток/г) | ||
| БГКП | Нитрифицирующих бактерий | Клостридий | ||
| Чистая | 1,0 и выше | 0,1 и выше | 0,01 и выше | 102–103 |
| Загрязненная | 0,9 и выше | 0,09–0,001 | 0,009–0,0001 | 103–105 |
| Сильно загрязненная | 0,009 и ниже | 0,0009 и ниже | 0,00009 и ниже | 105–4×106 |
В МУ 2.1.7.730–99 «Гигиеническая оценка качества почвы населенных мест» представлена схема оценки эпидемической опасности почв населенных мест. В данном документе для оценки интенсивности биологической нагрузки на почву используются такие показатели как БГКП и индекс энтерококков, а для оценки эпидемической опасности почвы — патогенные энтеробактерии и энтеровирусы.