Бахтиар стремился создать неприсоединившуюся конституционную монархию по образцу той, которая предусматривалась конституцией 1906 г. Это предприятие было обречено на неудачу; различные рода вооруженных сил не имели опыта совместной деятельности и не привыкли получать приказы от гражданских лиц. Проводившаяся шахом политика "разделяй и властвуй" чрезвычайно ослабила оставленные им после себя правительство и армию. Бахтиар, будучи не в состоянии осуществлять контроль над Тегераном, настойчиво добивался сохранения власти над провинциями (в связи с этим заслуживает внимания сходство с политикой Керенского по отношению к Финляндии); своей нейтралистской политикой, напоминавшей политику Национального фронта, он вызвал значительную оппозицию в Азербайджане, Курдистане и Белуджистане. Его попытки восстановить порядок оказались безнадежны, так как армейские части перешли на сторону революции. Тяжелые уличные бои в Реште, Тебризе, Сенендедже и Мехабаде, а также в Тегеране, начатые 12 февраля 1979 г. ОПФИН и моджахедами в память о совершенном в 1971 г. налете на Сиахкель, вызвали дезертирство технического персонала военно-воздушных сил, размещенного в Тегеране. Эти техники, долгое время соперничавшие с более высокооплачиваемой и более привилегированной шахской гвардией, с восторгом присоединились к тем, кто сражался против нее. Крах умеренного правительства Бахтиара был предрешен.
Преемником Бахтиара при поддержке Хомейни стал Базарган, и в течение всего недолгого правления умеренных продолжалось "двоевластие". Хомейни выбрал Базарган вследствие его принадлежности к религиозному "Движению за свободу", которому аятолла отдавал явное предпочтение перед Национальным фронтом. Однако, как позднее отметил Банисадр, "правительство Базаргана было реформистским и не могло принимать революционные меры. Его правительство было не в состоянии ответить на чудовищное давление снизу, и это давление... в конце концов привело к захвату муллами политической власти". Вследствие своих тесных связей с религиозными массами духовенство сумело использовать в своих целях это давление снизу. Стремясь нейтрализовать духовенство, Базарган предоставил многим духовным лицам, в том числе Хашеми-Рафсанджани, высокие административные посты; по словам Банисадра, он сделал это для того, чтобы доказать, будто они являются некомпетентными администраторами. Эта тактика дала обратный результат: духовенство обрело опыт управления.
Власть Базаргана вскоре значительно ослабили радикальные исламские революционеры, доминировавшие во многих альтернативных центрах власти, в первую очередь в Революционном совете, в котором преобладало духовенство и которым руководил аятолла Мохаммед Бехешти, ведущий идеолог исламской революции. Даже светские члены совета были большей частью участниками "Движения за свободу", весьма чувствительными к мнению религиозных авторитетов. Совет стал главной базой власти. Банисадр, ходжат оль-эслам (религиозный титул, на одну ступень ниже аятоллы) Али Хаменеи и ходжат оль-эслам Рафсанджани — все они, пройдя через должность члена совета, достигли высоких правительственных постов; Хаменеи стал позднее президентом. Любая акция правительства Базаргана требовала одобрения совета. В случае разногласий с правительством совет обращался к Хомейни, который обычно принимал решение в его пользу. Весной 1979 г. совет передал Хомейни проект конституции, который был подготовлен назначенными Базарганом членами Национального фронта и "Движения за свободу". Хомейни, заметив, что предложенная светская конституция не содержит положение о "велаяте факих", т. е. об опеке исламского законоведа над обществом, и предусматривает созыв местных законодательных собраний, немедленно отверг его. "За какие-нибудь несколько месяцев, — сказал Мансур Фарханг, бывший иранский посол в ООН и советник Банисадра, — Революционный совет стал подлинным хозяином Ирана". Прочие альтернативные центры власти включали революционные комитеты и революционные трибуналы, Исламскую республиканскую партию (ИРП) и, после мая 1979 г., пасдаров, или стражей революции, которые заменили собой остатки шахской армии. Эти вспомогательные центры власти образовали целую сеть под непосредственным руководством Революционного совета и Бехешти, способствуя решению задач революции на всей территории Ирана. Исламские комитеты, созданные на заводах, в деревнях и в городских кварталах, несли власть ИРП в самые отдаленные уголки страны, давая указания в духе концепций исламского государства и заменяя собой местную администрацию. Трибуналы осуществляли революционное правосудие, истребляя офицеров шахской армии, агентов САВАК и крупных чиновников. Базарган постоянно критиковал деятельность комитетов и трибуналов, негодуя по поводу того, что они ослабляют его власть. Недовольство этнических и религиозных меньшинств, загнанное при Мохаммеде Реза-шахе, так же как и при его отце, вглубь, выплеснулось наружу в революционную эру. Центральное правительство (и Базарган, и Революционный совет со своими филиалами) вскоре встретилось с сильным сопротивлением в Курдистане, Хузестане, в районах расселения туркмен, в Азербайджане и Белуджистане. В первые же дни революция курды, жившие в районе Мехабада, потребовали автономии и свободного использования родного языка. Когда группа экспертов, контролировавшаяся ИРП, стала готовить исламскую конституцию, сопротивление курдов усилилось. Курды-сунниты возражали против включения в конституцию шиитской концепции "велаяте факих" и отсутствия в ней положения о местных законодательных собраниях. Курдская оппозиция правительству со временем радикализировалась настолько, что суннитский религиозный лидер в Мехабаде Эззуддин Хосейни заявил о своей приверженности социализму и потребовал создания в Курдистане крестьянских советов. Аятолла Талегани открыто встал на сторону курдов в развернувшемся летом 1979 г. споре об автономии. Вооруженные столкновения между курдами-суннитами и шиитами начались в районе Сенендеджа, а в. районе Резайе (как и в 1946 г.) — между курдами-суннитами и азербайджанцами-шиитами. Несколько левых групп, в том числе ДПК и ПФИН, захватили контроль над городами в. северном Курдистане и избрали свои собственные местные законодательные собрания.
В Азербайджане несколько групп также пытались установить местную автономию. Одна из таких групп, "Пишгаман" ("Разведчики"), образовавшаяся в Тебризском университете и состоявшая из студентов и рабочих, была тесно связана с аятоллой Шариатмадари. Возражения, которые Шариатмадари выдвигал против включения в конституцию принципа "велаяте факих", вызвали все увеличивавшийся разлад между ним и Хомейни. В конце 1979 г. "Хезбе халке мосальман", Исламская народная партия (ИНП), захватила контроль над Тебризом и попросила поддержки у Шариатмадари. Губернатор Азербайджана Могаддам, член Национального фронта, принял сторону ИНП; ДПА, которая теперь равнялась на нейтралистскую Туде, встала на сторону центрального правительства. Мятеж был подавлен в течение нескольких дней. Остальные восстания этнических меньшинств происходили в основном на религиозной почве; сунниты-белуджи дрались с шиитами-систанцами и просили предоставить им автономию; в Хузестане арабы-сунниты и шииты сражались с персами-шиитами и центральным правительством: арабы, как и белуджи, требовали автономии. В Бендер-Ленге на Персидском заливе также происходили кровавые столкновения между суннитами и шиитами. Однако в северных провинциях многие бунты, хотя и носили этническую или религиозную окраску, имели одновременно отчетливое классовое содержание. В Курдистане, Мазендеране, Гиляне, восточном Азербайджане и прикаспийском Туркменистане крестьяне поднимались, требуя раздела земли. Движения в Гиляне и Мазендеране, организованные левыми студентами, именовались "дженгелийскими", в память о движении Кучек-хана. В суннитском Туркменистане крестьянские советы конфисковали землю вопреки желанию центрального правительства. Попыткам ОПФИН координировать действия участников туркменского восстания воспрепятствовали языковые, религиозные и культурные барьеры, подобно тому как это было в 1945 г. во время восстания в Хорасане.
На всем протяжении буйного периода двоевластия радикальные светские группировки, в том числе Туде, моджахеды и значительная часть ОПФИН, поддерживали Хомейни в борьбе против Национального фронта и других либеральных организаций. Централизм Хомейни и его антилиберальная и антизападная политика оказали влияние на левые группы. Туде классифицировала иранскую революцию как "демократическую антиимпериалистическую" и избрала политику единого фронта с революционными силами — исключая либералов, — в то время как революция еще не закрепила свои завоевания. По мнению Табари, эта политика восходила к тезисам Хайдар-хана во время гилянской революции. Антагонизм, который Туде и прочие левые группы питали к Национальному фронту, чрезвычайно облегчил Хомейни устранение либеральной оппозиции. В ноябре 1979 г. Базарган был вынужден уйти в отставку. Его соперник Банисадр наследовал ему, но вскоре оказался в таком же положении; клерикальная фракция лишила его контроля над вооруженными силами, когда его власть и популярность стали там возрастать.
Психология осажденных, выработанная двумя одновременными международными кризисами, увеличила влияние Революционного совета и связанных с ним организаций. Кризисы 1979 — 1980 гг. были вызваны удержанием американских заложников и иракским вторжением, которое привело к милитаризации общества. В этот период была принята исламская конституция, содержавшая пункт о "велаяте факих" и. не упоминавшая о местных законодательных собраниях. В июле 1981 г. Банисадр, попытавшийся бороться с всепроникающим доминированием ИРП в новых законодательных учреждениях, был снят со своего поста, причем таким образом, что это напоминало государственный переворот. Контроль над вооруженными силами позволил религиозной фракции убрать его.
После удаления Банисадра правительство стало, вне всякого сомнения, теократическим. Многие из тех, кто прежде поддерживал революцию, оказались его жертвами; в их числе были Готбзаде и Санджаби. Шариатмадари был посажен под домашний арест в Куме; все оппозиционные группы были разогнаны. После того как было покончено с либеральными элементами, власти нанесли удар по левым группам, включая ОПФИН и моджахедов, а в 1983 г. — по Туде и ДПА. Отныне страна находилась целиком во власти ИРП. Революционные трибуналы были интегрированы в систему правосудия. ИРП очистила бюрократию и университеты от идеологических противников и полностью исламизировала образование. Пасдары становились все более важной частью иранских вооруженных сил, отнимая влияние у регулярной армии. Исламские законы распространились на все стороны повседневной жизни — на моду, род занятий, брак, путешествия и коммерческую деятельность. В этот радикальный период исламская революция, подобно революциям в Гиляне и Азербайджане, обрела некоторое классовое содержание. Исламская республика укрепила свои позиции среди мостазефин, или эксплуатируемых, путем конфискации собственности таготи, т. е. класса эксплуататоров. Хомейни сумел добиться лояльности низших классов, в то время как левым партиям сделать это не удалось. Как объяснял бывший руководитель одной из ячеек "Пейкар", "марксистские группы жестоко спорили друг с другом и старались. доказать, что каждая из них в идеологическом отношении выше другой; по-настоящему они не понимали иранской религиозной культуры. После революции многие левые политические агитаторы столкнулись с враждебностью,,эксплуатируемых" городских масс. Ho Хомейни и ИРП вели агитацию в такой манере, которая была понятна угнетенным религиозным массам".