В истории фармакогнозии необходимо выделять два резко различных по длительности периода: первый-до XIX века, второй - от XIX века до настоящего времени. Такое деление будет вполне правомерным, если фармакогнозию рассматривать как часть комплексной науки о лекарствах.
Наука о лекарствах (лекарствоведение) долгое время включала широкий круг знаний, который затем расчленился на ряд самостоятельных фармацевтических (фармакогнозия, фармацевтическая химия, организация фармацевтического дела) и медицинских (фармакология, токсикология) дисциплин.
Первобытные народы, осваивая местную флору, находили для себя многие полезные растения (пищевые, бытовые и др.) и в том числе не обладающие целебными или ядовитыми свойствами. Так появились лекарства. Для утоления боли, чувства голода, повышения выносливости население Восточной Азии применяло чай, Африки - кофе и орехи кола, Центральной Америки - какао, Южной Америки - листья мате, индейцы Амазонки - гуарану. Во всех этих растениях впоследствии было найдено одно общее лекарственное вещество - алкалоид кофеин.. Вот отсюда, от народной наблюдательности, проверенной годами, народной мудрости, закрепляемой из поколения в поколение, начинаются истоки фармакогнозии. В ее развитии, как это имело место и в других областях человеческих знании, эмпирические наблюдения намного опережали научные исследования.
Больше всего сведений о растениях древности можно почерпнуть из греческой литературы. У греков сложилась самобытная медицина, но они также охотно использовали лекарственные средства египтян и народов Ближнего Востока. Знаменитый врач древности Гиппократ (460-377 гг. до н.э.) составил медицинское сочинение «Corpus Hyppocraticum», переведенное ныне на русский и несколько европейских языков. Лечил он больше физическими и диетическими методами, однако в его книге насчитывается свыше 230 лекарственных растений.
Очень много уделял внимания растениям, в первую очередь лекарственным, древнегреческий естествоиспытатель, философ и ботаник Феофраст (372-287 гг. до н.э.) - автор знаменитого трактата «Исследование о растениях», переведенного на русский язык. «Отцом фармакогнозии» считается (для европейской медицины) греческий ученый Диоскорид (I век н.э.), знаменитая книга которого «Materia medica» 1, снабженная рисунками растений, являлась авторитетным руководством в течение многих веков.
Крупнейшим представителем древнеримской фармации и медицины являлся К. Гален (131-201 гг. н.э.), высоко ценивший значение растений как лекарственных средств и положивший начало производству экстракционных препаратов, широко известных под названием галеновых.
Многочисленные лекарственные растения были известны и древним народам Юго-Восточной Азии. Наиболее древней является китайская медицина. Имеются сведения о том, что еще за 3000 лет до н.э. в Китае использовались 230 лекарственных и ядовитых растений, 65 лекарственных веществ животного происхождения и 48 лечебных минералов. С изобретением письменности накопившиеся сведения были записаны в «Книге о травах» («Бень-цао»).
Индийская медицина так же самобытна, как и китайская. Она имеет свою оригинальную философию медицинских теорий и ассортимент лекарств, базирующийся на своей флоре. Древнейшей санскритской книгой Индии, составленной до нашей эры, считается «Аюр-веда» («Наука о жизни»). Книга эта в дальнейшем несколько раз перерабатывалась и дополнялась. Наиболее известной - является переработка индийского врача Сушруты (VI век до н.э.), описавшего свыше 700 лекарственных растений.
Огромное влияние на развитие фармакогнозии оказало создание Академии наук (1724), которая систематизировала все ранее известное по лекарственным растениям, применяемым народами России, и далее стала планомерно изучать лекарственные растительные богатства страны. На первом этапе деятельность Академии наук особенно ярко проявилась в области ресурсно-экспедиционных исследований. Большой и разнообразный материал по растительности Сибири был собран во время Великой Северной экспедиции Витуса Беринга, продолжавшейся с 1732 по 1743 г. Ботаническую группу возглавлял И.Г. Гмелин (1709-1755), под руководством которого были обследованы области к востоку от озера Байкал и отдельные части бассейна реки Лены. В его четырехтомной «Флоре Сибири» описано много лекарственных растений.
Академик П. С Паллас (1741-1811) обследовал Западную и Восточную Сибирь, Заволжье и ряд других районов. По материалам экспедиции им составлено известное «Описание растений Российского государства с их изображениями», в котором имеется много сведений о лекарственных растениях.