Махараджа проводил много времени, проповедуя в Индии и по всему миру, однако основное внимание он всегда уделял развитию сознания Кришны в своем родном Манипуре. Учение Господа Чайтаньи пришло туда еще в XVII столетии вместе с пятью учениками великого преданного Нароттамы даса Тхакура. Этот индийский штат долгое время оставался не тронутым влиянием современной цивилизации. В Манипуре никто не попрошайничал на улицах. Махараджа вспоминал, что никогда не видел нищих до того, как приехал в Калькутту.
Шрила Прабхупада хотел, чтобы Сварупа Дамодара превратил Манипур в центр научной вайшнавской культуры. Повинуясь указанию духовного учителя, 25 декабря 1977 года он вместе с несколькими манипурскими преданными открыл первый центр
ИСККОН в столице Манипура Импхале. С тех пор миссия Шрилы Прабхупады значительно повлияла на сохранение и развитие Гаудия-вайшнавской культуры в Манипуре, став самой влиятельной духовной организацией в штате. Махараджа обрел такой авторитет и уважение в Манипуре, что члены королевской семьи пожертвовали ему храм на Радха-кунде и ашрам в Навадвипе.
В 1991 году на пожертвованной в Импхале земле Махараджа организовал строительство Университета культуры Бхагаваты для удовлетворения Шрилы Прабхупады. Частью университетского комплекса должны были стать хорошо оборудованная современная библиотека имени Шрилы Ведавьясы, школа традиционных манипурских боевых искусств имени Бабхруваханы, а также колледж профессионального образования для женщин имени Читрангады. В центре этого университетского комплекса, словно драгоценный камень, был спланирован Манимандир — «Украшенный драгоценностями храм» Шри Шри Радхи-Кришначандры.
Шрипада Махараджа прикладывал много усилий, чтобы осуществить этот проект. В июле 2000 года вместе с несколькими друзьями и преданными он совершал поездку по США, собирая средства для будущего университета и храма. После утомительного переезда в Саванну, город на побережье Атлантического океана, Махараджа остановился на ночь в отеле, принадлежащем выходцам из Индии. На следующее утро он встал в четыре утра, но, чувствуя сильную усталость, снова прилег. В это время, находясь в полусонном состоянии, Махараджа отчетливо увидел Шрилу Бхактисиддханту Сарасвати Тхакура, который лежал на кровати в комнате. Шрипада Махараджа подошел к нему и попросил совета относительно строительства Университета культуры Бхагаваты в Импхале. Шрила Бхактисиддханта Сарасвати Тхакур был очень счастлив услышать о служении Шрипады Махараджи и ободряюще обнял его правой рукой, словно дедушка внука.
Храм в Импхале получился по-настоящему чудесным, с изысканной архитектурой и внутренним убранством. Три позолоченных купола храма, расположенных над Божествами, похожи на сияющие драгоценности. Просторную, вместительную алтарную комнату венчает восьмиугольный купол с продуманной оригинальной системой естественного освещения и картинами, изображающими танец раса Кришны с гопи и игры Шри Чайтаньи Махапрабху. Над восемью колоннами, обрамляющими зал для киртанов, установлены самоцветы разных оттенков, специально привезенные из Франции. Они размещены над колоннами вдоль цепи электрических лампочек таким образом, что при включении освещения отражают очаровательный спектр цветов. Комната Божеств разделена на три части: в центре Шри Шри Радха-Кришначандра, справа Джаганнатха, Баладева, Субхадра и слева Шри Шри Гаура-Нитай. Ее отделяют от основного зала массивные деревянные двери с тончайшей искусной резьбой.
Во время церемонии торжественного открытия храма в ноябре 2000 года в качестве почетных гостей присутствовали главный министр и губернатор Манипура. Фестиваль продолжался целый месяц. Церемонию установления Божеств со сложными ритуалами непрерывно в течение трех дней проводили священнослужители из Джаганнатха-Пури. На эту церемонию Шрипада Махараджа пригласил 108 брахманов, которые пропели все 18000 стихов «Шримад-Бхагаватам», прося благословение Всевышнего Господа на обретение всеобщего мира и благоденствия. Кульминацией торжественной церемонии открытия стало представление «Маха-раса-лила», участие в котором приняли двести шестнадцать детей в возрасте от шести до десяти лет. Сто восемь мальчиков играли роль Господа Кришны, а сто восемь девочек — роль Шримати Радхарани и других гопи. Невинность и чистота детей, исполняющих божественный танец в великолепных нарядах во время ночи полной луны, тронули сердца многих тысяч присутствовавших на этом историческом празднике.
Помимо храма в Манипуре, Шрипада Махараджа возвел несколько храмов и в других местах по всей Индии: в Силигури (Западная Бенгалия), в Агартале (штат Трипура), в Тирупати и Виджаяваде (штат Андхра-Прадеш).
Шрипада Махараджа также организовал благотворительный фонд от Института Бхактиведанты для восстановления древних храмов и святых мест Гаудия-вайшнавов.
Он говорил, что вся его сева, все его служение, — независимо от того, был ли это Институт Бхактиведанты, проповедь посредством вайшнавской культуры и искусства, межрелигиозный диалог, храм в Манипуре или путешествия и проповедь, — являлось подношением Шриле Прабхупаде. Вся его деятельность была словно разные лепестки цветка лотоса, который Шрипада Махараджа предлагал своему божественному учителю Шриле Прабхупаде.
