Важнейшим фактором политической истории Кыргызстана в XVII — первой половине XVIII в являлась является борьба кыргызов с Джунгарским ханством. Это — феодальное государство, созданное монгольским племенем ойраюв на осколках Монгольской империи в Западной Монголии, с 30-годов XVIв. начавшее активное продвижение на запад, на тер-рию Вост. Туркестана, Тянь-Шаня и Семиречья. Процесс передвижений ойратов (кыргызы звали их калмаками) из Западной Монголии в Ср.Азию и Казахстан начался еще в середине XV в. и был обусловлен главным образом экономическими причинами — попытками захватить новые пастбищные территории и установить выгодные для себя торгово-экономические контакты. В1620г. после серии провокаций калмакских правителей кыргызы и казахи объединенными силами двинулись на калмаков и потеснили их от границ своих кочевий. В 1626—1627 гг. состоялся еще один совместный поход кыргызов и казахов против калмаков, в результате которого последние были оттеснены в районы Сибири. Весной 1633г. калмакские войска вновь двинулись на земли кыргызов и казахов. Последние оказали сильное сопротивление завоевателям, но одержать верх в борьбе с ними уже не смогли. Силы калмаков были к этому времени весьма значительными, поскольку среди них происходил процесс полит. консолидации, закончившийся в 1635 г. созданием могущественного объединения калмакских племен — Джунгарского гос-ва. Первый поход в Ср.Азию начался в 1643 г. Возглавлял калмакское войско основатель ханства Батур-хунтайджи. Вначале Батур-хунтайджи «взял две землицы алатай-кыргызов». Затем его войска двинулись на Ташкент и Туркестан. Однако на их пути встали войска казахского султана Джахангира. Возможно, сам он не смог бы остановить калмаков, но на помощь ему пришел отряд узбеков во главе с Ялангтуш-аталыком. К союзному войску присоединилось также многотысячное ополчение кыргызов. Союзники были настроены решительно. Встретив упорное сопротивление, Батур-хунтайджи отдал своим войскам приказ отступать. Джахангир и Ялангтуш-аталык остались на месте, удовлетворившись уходом калмакской орды. В 1652 г калмаки сочли возможным повторить свой поход против кочевников Кыргыз-на и Казахстана. Предводители калмаков надеялись, что старые распри и междоусобицы среди кыргызов и казахов облегчат им достижение успеха. Возглавил поход Цецен-хан. Кыргызы и казахи оказали и на сей paз решительное сопротивление калмакам, что свело к незначит.успеху это их военное предприятие. В 1658 г. против калмаков выступили войска Аштарханидов. 38-тысячная армия последних прибыла в Таласскую долину, где к ней примкнули тысячи кыргызов и казахов. В ходе сражения был убит аштарханидский полководец Абдушукур, исполнявший обязанности главнокомандующего союзными войсками. Потеряв единое управление, отряды союзников стали отступать, неся значительные потери. Междоусобная борьба калмакских феодалов к 70-м годам XVII в. завершилась победой Галдана-Бошохту, кот. в 1678 г. приступил к новым завоеваниям в Ср.Азии и Вост. Туркестане. В 1680 г. его войска овладели Яркендом. Затем последовала серия походов против кыргызов, казахов и узбеков. В 1681 г. калмаки окружили Сайрам (близ совр. г. Чимкент) и подвергли город длительной осаде. Однако героические защитники города отбили все приступы, и калмакская армия была вынуждена отступить. Отчаявшись овладеть Сайрамом, джунгарский хан двинул войска на Андижан, рассчитывая покорить кочевавших в его окрестностях кыргызов. Но и здесь его ждала неудача, так как кыргызы в союзе с узбеками дали решительный отпор. Галдан-Бошохту отступил. Собравшись с силами, в следующем, 1684 г., он вновь направил свои войска к Андижану. По пути калмакам удалось овладеть Ошем. Разграбив город, воодушевленные завоеватели подступили к Андижану, рассчитывая овладеть им с ходу. Но, как и ранее, все попытки взять город оказались тщетными. В конце XVII в. влиятельному кыргызскому аристократу Арзу Мухаммед-беку удалось объединить под своей властью военные силы ряда родоплеменных подразделений и установить полит. господство кыргыз. феодалов почти во всех западных районах Вост. Туркестана. Господство это продолжалось до тех пор, пока в начале XVIII в. новый правитель Джунгарского ханства Цэван-Рабтан окончательно не завоевал весь Вост. Туркестан, за исключением округа Хами. В 1700 г. Цэван-Рабтан выступил из Каракорума против Кашгара и вскоре захватил его.
В 1732 г. калмаки совершили поход против кыргызов, кочевавших в Кетмень-Тюбинской долине. Затем в 1736-1738 гг. ойратские феодалы совершили 3 похода в Бадахшан. Последний поход закончился трагически для калмаков: возвращавшееся из Бадахшана войско было полностью истреблено каратегинскими кыргызами. В 1746-1748 гг. калмаки вновь вторглись в Ферганскую долину, но объединен. усилиями узбекских и кырг. войск в ряде кровопролитных сражений были разбиты и изгнаны из долины. Калмаки пытались поработить кыргызов и духовно, обратить их в свою религию. Ойраты отправили сто мальчиков в Тибет для насильственного обучения их ламаизму. На тер-рии К-на сохранились высеченные на камнях религиозные тексты и изображения Будды в районе курорта Иссык-Ата, кот. относятся к 16-17 вв. Но буддизм как религия среди кыргызов не привился.