К осени 1942 г. германским войскам удалось оккупировать огромную часть европейской территории СССР. На занятых землях был установлен жестокий оккупационный режим. Главными целями Германии в войне против СССР были уничтожение коммунистической идеологии и Советского государства, превращение Советского Союза в аграрно-сырьевой придаток и источник дешёвой рабочей силы для так называемого Третьего рейха. На оккупированных территориях вся полнота власти принадлежала военному командованию германской армии. Создавались лагеря смерти для военнопленных и тех советских людей, которые не подчинялись решениям немецких властей. Аресты, расстрелы, повешения партийных и советских активистов, участников подполья стали повседневным явлением.
Трудовой мобилизацией были охвачены все граждане оккупированных территорий в возрасте от 18 до 45 лет. Они должны были работать по 14-16 часов в сутки. Сотни тысяч советских граждан были направлены на принудительные работы в Германию. В специальном генеральном плане «Ост», разработанном ещё до войны, содержался план колонизации и германизации. По нему, в частности, предполагалось уничтожить 30 млн русских, а остальных превратить в рабов и переселить в Сибирь. Евреи, цыгане и другие «неполноценные» народы вообще подлежали полному истреблению. Считая евреев идеологической опорой «иудо-большевистского» режима, фашисты уничтожали их наряду с комиссарами без суда и следствия. За первые полгода войны они уничтожили до 1,5 млн евреев, практически каждого второго из них на территории СССР. Оставшиеся были заключены в гетто, где оказались на грани выживания. Всего за годы войны на оккупированных территориях СССР гитлеровцы уничтожили около 11 млн человек (в том числе около 7 млн мирных жителей и около 4 млн военнопленных). Их расстреливали, сжигали, отравляли газом, вешали, топили, подвергали чудовищным пыткам и истязаниям. Но угроза физической расправы не останавливала советских людей в борьбе с врагом не только на фронте, но и в тылу.
Фактически вся континентальная часть Западной Европы оказалась в полной власти Германии, которая начала устанавливать здесь «новый порядок». Его ядром стала Германия, значительно расширившая свою территорию. Польша, как государство, была уничтожена, ее западные земли с населением около 9,5 млн. человек были включены в состав Германии. На оставшейся территории с Варшавой было создано генерал-губернаторство с населением примерно 12 млн. человек. На западе частью Германии стали Эльзас и Лотарингия, Люксембург. Больше половины территории Франции было оккупировано. В покоренной Европе запрещалась деятельность всех партий, кроме фашистских организаций.
В Югославии за время войны и оккупации погибло свыше 1200 тыс. гражданских лиц. Жертвами террора стали более 400 тыс. французов и француженок. Особое внимание уделялось выявлению людей еврейской национальности и помощи оккупационным властям в их вывозе в концентрационные лагеря (лагеря смерти), созданные специально для истребления людей. В сотнях лагерей, заключенных использовали на принудительных работах. Детей, стариков, тех, кто от истощения не мог работать, убивали в газовых камерах, их волосы использовались для набивки матрасов, а пепел — для удобрения полей. Всего на оккупированной территории в годы войны было истреблено около 6 млн. евреев. Кроме того, германские власти осуществляли долгосрочную программу постепенного сокращения численности коренного, неарийского, населения оккупированных территорий с тем, чтобы впоследствии включить их в состав новой империи.
Границы союзных Германии стран перекраивались по усмотрению Гитлера. Так, территория Румынии была урезана, Болгария получила Южную Добруджу, Венгрия — Трансильванию. Кроме того, Венгрии переходила часть земель Словакии и ликвидированной Югославии. На территории большинства восточноевропейских стран, особенно после начала подготовки войны против СССР, были размещены германские войска. С Италией и ее претензиями, после неудач итальянской армии, в Берлине особенно не считались. Испания и Португалия заняли позицию дружественного нейтралитета по отношению к Германии. Впоследствии режим Франко направил так называемую добровольческую дивизию для участия в войне против СССР.
Террористический режим на оккупированных территориях, ущемлявший интересы подавляющего большинства населения, не мог не вызывать сопротивления. Однако его развитие в 1939-1941 гг. сдерживалось рядом причин. Германия многим казалась несокрушимой, любая акция протеста вызывала жесточайшие репрессии. Оккупанты ввели систему заложничества, при которой в ответ на акты саботажа, нападения на немецких солдат казни подвергались десятки наиболее уважаемых или произвольно схваченных на улицах местных жителей. Многие из запрещенных политических партий перешли на нелегальное положение. При этом «левые» и «правые» не могли найти общего языка друг с другом. Коммунистические партии, то есть секции Коминтерна, руководимые из Москвы, вынуждены были считаться с официальной позицией его лидеров.
В Лондоне, куда удалось эвакуироваться многим членам правительств оккупированных стран, были сформированы правительства в изгнании, постепенно налаживавшие связи с подпольем своих государств. Наиболее масштабный характер приняла деятельность возглавленной генералом де Голлем организации «Свободная Франция», признанная Великобританией в качестве законного представителя интересов французского народа. Из числа французских военнослужащих, эвакуированных из Дюнкерка, сложилось ядро войск «Свободной Франции» (около 40 тыс. человек), которые подчинялись британскому командованию.