Призыв к развёртыванию народной борьбы в тылу немецко-фашистских войск прозвучал в директиве СНК и ЦК ВКП(б) от 29 июня 1941 г., дополненной 18 июля специальным постановлением ЦК партии. «Задача заключается в том», - говорилось в постановлении, - чтобы создать невыносимые условия для германских интервентов, дезорганизовать их связь, транспорт и сами воинские части, срывать все их мероприятия, уничтожать захватчиков и их пособников, всемерно помогать созданию конных и пеших партизанских отрядов, диверсионных и истребительных групп». Там же подчёркивалась необходимость «развернуть сеть большевистских подпольных организаций на захваченной территории для руководства всеми действиями против фашистских оккупантов».
В конце 1941-1942 г. в Белоруссии, Ленинградской, Смоленской и Орловской областях возник ряд партизанских краёв районов, полностью освобождённых от оккупантов. В мае 1942 г. при Ставке Верховного главнокомандования был создан Центральный штаб партизанского движения во главе с П.К. Пономаренко, а при штабах армий - спецотделы по связи и руководству партизанскими отрядами. В тыл врага начали организованно засылаться диверсионные группы, обученные партизанским методам борьбы. Они были снабжены вооружением и рациями. К ноябрю 1942 г. почти 95 % партизанских отрядов (их тогда насчитывалось около 6 тыс.) имели радиосвязь с Центром. Стали возникать крупные партизанские соединения (полки, бригады), возглавляемые опытными командирами: С.А. Ковпаком, А.Н. Сабуровым, А.Ф. Фёдоровым и др. Эти соединения предпринимали рейды по тылам вражеских войск. Во многих оккупированных городах велась диверсионная подпольная работа. В истории Великой Отечественной войны навсегда остались имена десятков тысяч героев-подпольщиков и среди них участников комсомольской организации «Молодая гвардия» в Краснодоне: Олега Кошевого, Ульяны Громовой, Ивана Земнухова, Сергея Тюленина, Любови Шевцовой и др. Благодаря массовому сопротивлению населения (в том числе в таких мирных формах, как саботаж и т. п.) захватчики не смогли в полной мере поставить себе на службу экономический потенциал СССР, оказавшийся в их руках.
С лета 1943 г. крупные соединения партизан стали осуществлять боевые действия в рамках общих операций, проводившихся Красной армией. Особенно масштабными были удары по коммуникациям в тылу врага во время Курской битвы и позднее (операции «Рельсовая война» и «Концерт»), в результате чего партизанам удалось сорвать движение почти на половине железных дорог оккупированной части СССР. По мере наступления советских войск партизанские соединения переформировывались и вливались в подразделения регулярной армии. Всего в годы войны в тылу врага с оружием в руках сражалось около 1 млн человек. Они вывели из строя 1,5 млн вражеских солдат и офицеров, постоянно отвлекали на себя с фронта до 10 % германских боевых сил, взорвали 20 тыс. вражеских поездов и 12 тыс. мостов, уничтожили множество боевой техники противника. До 50 тыс. советских граждан - в основном военнопленные, бежавшие из концлагерей, - принимали активное участие и в движении антифашистского Сопротивления в Польше, во Франции, в Италии и других западноевропейских странах.
Коллаборационизм.
На оккупированных территориях местное управление передавалось так называемым коллаборационистам — лидерам местных националистических организаций и фашистских партий, сотрудничавшим с оккупантами. Первый такой опыт был применен в Норвегии, где местную администрацию возглавил В. Квислинг, фамилия которого стала нарицательным именем. «Квислингам», в распоряжении которых находились местные полицейские формирования, вменялось в обязанность обеспечивать соблюдение «нового порядка» на оккупированных территориях. Содержание оккупационных войск возлагалось на местное население, обязанное поставлять в Германию продовольствие, сырье, выпускать военную продукцию. Профсоюзная, забастовочная деятельность были запрещены, продолжительность рабочего дня достигала 10-12 часов при семидневной рабочей неделе, средний уровень реальной зарплаты упал примерно на 30-50% по сравнению с довоенной. Промышленность работала по заказам германского министерства экономики, наиболее важные и прибыльные производства, лучшие земли переходили в руки немцев. Формой трудовой повинности выступал вывоз рабочей силы в Германию на принудительные работы. Уже в начале 1941 г. в германской экономике использовалось около 3 млн. белых рабов. На «квислингов» возлагалась также задача выявления лиц, участвующих в движении сопротивления оккупантам, помогающих и сочувствующих им, принадлежащих к запрещенным политическим партиям.
Одной из главных задач оккупантов было разжигание межнациональной вражды. «Наша политика в отношении народов, населяющих широкие просторы России, - говорил Гитлер, - должна заключаться в том, чтобы поощрять любую форму разногласий и раскола». Нацистские вожди требовали от оккупационных властей «использовать в интересах Германии противоречия между литовцами, эстонцами, латышами и русскими, на юге - между украинцами и великороссами» и т.д. Играя на русофобских настроениях националистов среди некоторых горских мусульманских народов, Берлин наделил их местные комитеты, возникшие после отступления Красной армии, политической автономией. Поддержку от немцев получил и Центральный мусульманский комитет, учреждённый активистами из крымских татар, а также калмыцкие националисты. Были созданы профашистские организации в Прибалтике (охранные батальоны в Литве и Латвии, «Омакайтсе» в Эстонии), Белорусская краевая оборона. На Украине экстремисты, возглавляемые С.А. Бандерой, образовали Организацию украинских националистов, а затем Украинскую повстанческую армию. Многие украинские националисты добровольно служили в эсэсовской дивизии «Галичина».
После серьёзных колебаний фашисты приступили к созданию русских боевых формирований. Летом 1942 г. на Кубани был скомплектован особый казачий корпус в 20 тыс. сабель под командованием эсэсовского генерала фон Паннвица и белого генерала эмигранта П.Н. Краснова. В декабре того же года немцы помогли создать Русский национальный комитет (с ноября 1944 г. - Комитет освобождения народов России) во главе с бывшим командующим 2-й Ударной армией генералом А.А. Власовым, сдавшимся в плен на Волховском фронте. А.А. Власов с разрешения Берлина сформировал так называемую Русскую освободительную армию (РОА). Она включала несколько десятков тысяч человек, главным образом из числа насильно мобилизованных пленных красноармейцев. Однако ввести РОА в боевые действия против Красной армии фашистское командование до конца войны так и не решилось. На отдельных участках фронта появлялись лишь разрозненные подразделения власовцев, находившихся под строгим контролем германских офицеров и спецслужб. Всего, по данным зарубежных историков, с немецко-фашистскими захватчиками сотрудничало около 1 млн советских граждан, что не шло в сравнение с числом тех, кто не склонил головы перед немецко-фашистскими оккупантами и сохранил верность долгу перед сражающейся насмерть Родиной.