Лицензия на право пользования недрами в соответствии с вышеперечисленными целями должна быть получена как на используемые для этих целей действующими предприятиями участки недр (эксплуатируемые участки), так и на участки недр, на которых только предполагается в дальнейшем отбор подземных вод и добыча полезных ископаемых, отнесенных к категории лечебных (неэксплуатируемые участки).
Лицензия на право добычи подземных вод выдается только на те участки недр, геологическая информация по которым прошла соответствующую государственную экспертизу, и для которых проведена оценка воздействия эксплуатации на окружающую среду, т.е. проведена государственная экологическая экспертиза проекта разработки недр в соответствии с требованиями нормативных документов Министерства охраны окружающей среды и природных ресурсов Российской Федерации.
Необходимая детальность изученности геолого-гидрогеологических условий и эксплуатационных запасов подземных вод, а также запасов других полезных ископаемых, отнесенных к категории лечебных, определяется действующей Классификацией эксплуатационных запасов и прогнозных ресурсов подземных вод и другими действующими нормативными документами по подсчету запасов полезных ископаемых.
Лицензия на право добычи подземных вод на неэксплуатируемых участках может быть выдана только на те участки, на которых были проведены поисковые и поисково-разведочные работы, в результате которых достигнута изученность запасов, соответствующая категории C1 по требованиям действующих нормативных документов по подсчету запасов полезных ископаемых, была также проведена экспертиза запасов, согласованы условия природопользования со специально уполномоченными органами Российской Федерации в области охраны окружающей природной среды Минприроды России и предварительно установлены границы горного отвода.
На первом этапе в установленные лицензией сроки ее владелец осуществляет разведку недр, доводя изученность месторождения до степени, позволяющей освоить разведанные запасы в соответствии с требованиями действующих нормативных документов, и ведет подготовку проекта (технологической схемы) разработки недр. Завершением этого этапа является экспертиза запасов с их утверждением соответствующим уполномоченным государственным органом и последующей постановкой запасов подземных вод на государственный учет, составление и согласование проекта (технологической схемы) разработки недр. Проект (технологическая схема) разработки недр обязательно должен включать раздел с оценкой воздействия эксплуатации запасов на окружающую среду и согласовываться с органами Минприроды России (экологическая экспертиза), а также с органами Госгортехнадзора России по вопросам, отнесенным к их компетенции. До окончания первого этапа строительство и эксплуатация водозаборов и других сооружений для разработки недр запрещается. На втором этапе после указанных экспертиз и согласований владелец лицензии может приступить к строительству и эксплуатации сооружений для разработки недр.
В тех случаях, если на предлагаемом к лицензированию неэксплуатируемом месторождении проведена разведка и утверждены эксплуатационные запасы подземных вод по категориям, обосновывающим их промышленное освоение, на первом этапе осуществляется подготовка проекта разработки и его согласование (в т.ч. экологическая экспертиза). Если с момента утверждения запасов произошло изменение природных и (или) водохозяйственных условий или требований к использованию подземных вод и природоохранных ограничений, на этом этапе проводится дополнительная разведка и вся процедура не отличается от изложенной.
Срок эксплуатации недр до проведения государственной экспертизы геологической информации, подготовки проекта (технологической схемы) разработки недр и его согласования в установленном порядке оговаривается в лицензионном соглашении, но не должен превышать трех лет.
Лицензирование пользования недрами для добычи подземных вод действующими предприятиями проводится в процессе эксплуатации сооружений для разработки недр. В этих случаях на первом этапе пользования недрами действующие предприятия обязаны осуществить все мероприятия для обеспечения рациональной эксплуатации недр, в том числе: создание или расширение сети мониторинга, проведение в случаях, предусмотренных "Классификацией", переоценки и переутверждения эксплуатационных запасов подземных вод, уточнение проекта разработки и получение необходимых согласований. Все эти требования, как и срок их реализации определяются в лицензии. При невыполнении указанных требований в назначенный срок органы, выдающие лицензию, а также органы Минприроды России могут запретить или приостановить дальнейшее пользование недрами, в том числе и по представлению других государственных контрольных органов.