Исследуют:
а) питьевую воду;
б)воду плавательных бассейнов;
в) воду открытых водоемов;
г)сточные воды;
д) воду очищенную для приготовления лекарств;
е) воду для приготовления стерильных растворов (инъекций, глазных капель).
Определяют:
а) общее микробное число (ОМЧ) – количество мезофильных аэробных и факультативно-анаэробных бактерий в 1 мл воды (КОЕ/мл).
б) общие колиформные бактерии (ОКБ).
в) термотолерантные колиформные бактерии (ТКБ).
г) коли-фаги – по эпидемическим показаниям.
д) споры сульфитредуцирующих клостридий – для оценки технологий обработки воды.
е) патогенные микроорганизмы – по эпидемическим показаниям.
ОМЧ воды определяют у всех видов воды. Для определения микробного числа водопроводной воды ее берут из уличных водозаборов или кранов внутренних водопроводов. Краны обжигают, полностью открывают и 10 минут спускают воду, а затем отбирают не менее 500 мл воды с соблюдением требований асептики. Затем производят посев воды глубинным методом Коха: по 1 мл воды вносят в стерильные чашки Петри, после чего добавляют 12-15 мл расплавленного и остуженного до 45 °C МПА, быстро и тщательно перемешивают, а после застывания помещают чашки в перевёрнутом виде в термостат. Инкубируют при 37°С 24 часа, а затем при комнатной температуре еще 24 часа. Посев осуществляет не менее, чем в 2 чашки Петри. Подсчитывают число выросших колоний на 2-х чашках и рассчитывают среднее арифметическое значение. Для выявления плесневых и дрожжевых грибов воду засевают по 0,5 мл на среду Сабуро и инкубируют при комнатной температуре 3-4 суток Подсчитывают число выросших колоний и также рассчитывают среднее арифметическое. Результат (ОМЧ) вычисляют путем суммирования среднего арифметического бактерий, дрожжевых и плесневых грибов и выражают в КОЕ/мл. КОЕ – колониеобразующие единицы. Учитывают только те чашки, где выросло не более 300 колоний. Если более 300 – делают 10-ти кратные разведения (1:10,1:100 и т.д.). При расчете умножают на степень разведения.
Дистиллированную воду, используемую для приготовления инъекционных растворов, отбирают в стерильные флаконы по 15-20 мл из ёмкостей, в которых проводится стерилизация. Посев производят так же, как и для водопроводной воды. Речную воду и воду других открытых водоёмов и бассейнов берут в объеме 100 мл.
Определение колиформных бактерий также проводят в воде всех видов. Общие колиформные бактерии (ОКБ) – это грам «-» аспорогенные палочки, не обладающие оксидазной активностью и сбраживающие лактозу (глюкозу) с образованием кислоты и газа при37°С в течение 24-48 часов. Термотолерантные колиформные бактерии (ТКБ) – обладают теми же характеристиками, но дополнительно сбраживают лактозу с образованием кислоты и газа при 44,5°С через 24 часа. ТКБ быстро отмирают во внешней среде, поэтому их обнаружение свидетельствует о свежем фекальном загрязнении воды.
Определение колиформных бактерий в питьевой воде и воде очищенной проводят методом мембранных фильтров. Исследуемую воду (3 пробы по 100 мл) пропускают через 3 бактериальных фильтра из нитроцеллюлозы, которые помещают на среду Эндо и инкубируют при 37°С 24 часа. Подсчитывают число красных с металлическим блеском колоний. Проводят идентификацию колиформных бактерий: окраска по Граму (грам «-» палочки), оксидазный тест (оксидазо «-»), тест ферментации лактозы или глюкозы (до кислоты и газа). ТКБ дополнительно сбраживают лактозу при 44,5°С через 24 час.
При отсутствии колоний на всех 3-х фильтрах делают заключение: «не обнаружено КОЕ ОКБ (ТКБ) в 100 мл». При идентификации колоний результат выражают в КОЕ в 100 мл воды.
Расчет проводят по формуле:
Х = а х 100/300, где
• Х- число колоний в 100 мл;
• V- профильтрованный объем воды;
• а – число колоний в сумме.
• Например, при посеве 3 фильтров по 100 мл:
• на одном фильтре - 2 колонии,
• на остальных 2-х фильтрах - нет роста.
• 
Число общих или термотолерантных колиформных бактерий будет:
КОЕ ОКБ (ТКБ) в 100 мл
Требования к микробиологической чистоте воды приведены в таблице. 