Указом Президента РФ от 8 декабря 1992 года №1556 был в принципиальном, а постановлением Правительства России от 27 августа 1993 года № 864 в организационном плане решен вопрос о создании Федерального казначейства в составе Министерства финансов Российской Федерации.
В целях проведения единой государственной бюджетной политики, эффективного управления доходами и расходами в процессе исполнения Федерального бюджета Российской Федерации, повышения оперативности в финансировании государственных программ, усиления контроля поступления, целевого и экономного использования государственных средств была образована в Российской Федерации единая централизованная система органов Федерального казначейства.
Органы казначейства являются юридическими лицами, имеют самостоятельные сметы расходов, текущие счета в учреждениях банков для выполнения хозяйственных функций, печати с изображением Государственного герба Российской Федерации и со своим наименованием.
Органы казначейства несут установленную законодательством ответственность за невыполнение или ненадлежащее выполнение возложенных на них задач и подчиняются своему вышестоящему органу и руководителю казначейства - начальнику Главного Управления Федерального казначейства Российской Федерации.
Казначейство информирует высшие законодательные и исполнительные органы государственной власти и управления Российской Федерации ежемесячно, а Министра финансов Российской Федерации - ежедневно о результатах исполнения республиканского бюджета Российской Федерации, иных финансовых операциях Совета Министров - Правительства Российской Федерации, а также о состоянии государственных внебюджетных фондов и бюджетной системы Российской Федерации.
В соответствии с Положением о Федеральном казначействе № 864 от 27 августа 1993 года, утвержденным постановлением Правительства РФ, главными задачами органов казначейства являются:
организация, осуществление и контроль за исполнением федерального бюджета Российской Федерации, управление доходами и расходами этого бюджета на счетах казначейства в банках, исходя из принципа единства кассы;
регулирование финансовых отношений между федеральным бюджетом Российской Федерации и государственными (федеральными) внебюджетными фондами, финансовое исполнение этих фондов, контроль за поступлением и использованием внебюджетных средств;
осуществление краткосрочного прогнозирования объемов государственных финансовых ресурсов, а также оперативное управление этими ресурсами в пределах установленных на соответствующий период государственных расходов;
сбор обработка и анализ информации о состоянии государственных финансов, представление высшим законодательным и исполнительным органам государственной власти и управления Российской Федерации отчетности о финансовых операциях Совета Министров - Правительства Российской Федерации по федеральному бюджету Российской Федерации, государственных (федеральных) внебюджетных фондах, а также о состоянии бюджетной системы Российской Федерации;
управление и обслуживание совместно с Центральным Банком РФ и другими уполномоченными банками государственного внутреннего и внешнего долга РФ;
разработка методологических и инструктивных материалов, порядка ведения учетных операций по вопросам, относящимся к компетенции казначейства, обязательных для органов государственной власти и управления, предприятий, учреждений и организаций, включая организации, распоряжающиеся средствами государственных (федеральных) внебюджетных фондов, подготовка проекта бюджетной классификации, ведение операций по учету государственной казны Российской Федерации.
С начала 2005 года Федеральное казначейство стало самостоятельной службой. Постановлением Правительства Российской Федерации от 1 декабря 2004 года №703 «О Федеральном казначействе» признано утратившим силу действующее прежде постановление Совета Министров-Правительства Российской Федерации от 27 августа 2003 года №864 «О Федеральном казначействе Российской Федерации». Утверждено новое положение о Федеральном казначействе, согласно которому Федеральное казначейство (Казначейство России) является федеральным органом исполнительной власти (федеральной службой) и находится в ведении Министерства финансов Российской Федерации.
Федеральное казначейство, в соответствии с пунктом 4 данного Положения, осуществляет свою деятельность непосредственно и через свои территориальные органы.
Приказом Федерального казначейства от 29 марта 2005 года №55 утверждено Типовое положение об Отделении Управления Федерального казначейства по субъекту Российской Федерации.
Типовым положением также установлено, что отделения Федерального казначейства являются органами Федерального казначейства и находятся в непосредственном подчинении Управления Федеральное казначейства по соответствующему субъекту Российской Федерации.
Приказом Федерального казначейства от 09 марта 2003 года №42 утверждены положения об управлениях центрального аппарата Федерального казначейства. Каждое управление является структурным подразделением центрального аппарата Федерального казначейства.
Управления центрального аппарата Федерального казначейства, в свою очередь состоят из отделов, которые являются их структурными подразделениями.
В своей деятельности казначейство руководствуется Конституцией Российской Федерации, законами Российской Федерации, иными решениями Федерального Собрания Российской Федерации, указами и распоряжениями Президента Российской Федерации, постановлениями и распоряжениями Правительства Российской Федерации, Положением о федеральном казначействе, а так же приказами и распоряжениями Министра финансов Российской Федерации.
Органы казначейства взаимодействуют с органами управления субъектов Российской Федерации в процессе зачисления доходов и взаиморасчетов между бюджетами, а также координации работы по созданию информационной базы о состоянии бюджетной системы Российской Федерации.