Мустафа Шокай родился 25 декабря 1890 года в казахском ауле на реке Сырдарье близ Кызылорды. Его предки были степными аристократами. По воле отца Мустафа пошел учиться в русскую школу Перовска, так как знание русского языка стало жизненно необходимым. В 1902 году отец отправил его учиться в Ташкентскую гимназию.Когда в 1912 году умер отец Шокая, Мустафа на год вернулся домой по просьбе земляков и замещал должность отца - судьи.
Молодого казаха, с отличием окончившего в 1916 году Петроградский университет, заметили. Бывший член Госдумы I созыва кадет Алихан Букейханов рекомендовал его ещё в 1913 году в секретари мусульманской фракции IV Государственной думы России. Охваченный свободолюбивыми помыслами Шокай весной 1917 г. начал издавать в Ташкенте газету «Бирлик Туы» (Знамя единства), где впервые провозгласил идею о независимости всех тюркоязычных народов, а также газету на русском языке «Свободный Туркестан», где пропагандировал демократические идеи. В апреле Мустафа принял участие в Туркестанском съезде общественных организаций в Ташкенте. Главным на повестке дня был вопрос управления Туркестаном. На съезде был создан Туркестанский Национальный Совет. Председателем Постоянного исполкома был избран 27-летний Мустафа Шокай.
21—28 июля 1917 года Мустафа принимает участие в Первом Всеказахском съезде в Оренбурге, где главными вопросами стали форма государственного управления, автономия в киргизских областях и наболевший земельный вопрос. На съезде была оформлена первая казахская политическая партия «Алаш». 27 ноября на IV чрезвычайном Всемусульманском съезде, проходившем в Коканде, было объявлено о создании Туркестанской автономии во главе с Туркестанским Временным Советом, который возглавил М.Тынышпаев. Министерство иностранных дел возглавил Мустафа Шокай, но вскоре в связи с уходом Тынышпаева из-за внутренних разногласий он стал председателем правительства.
С 5 по 13 декабря, приглашённый уже как глава Туркестанской автономии, Мустафа Шокай принял участие во Втором Общекиргизском съезде в Оренбурге, где была провозглашена Алашская (Казахская) автономия. Он вошёл в состав правительства «Алаш-Орда», председателем которого стал хорошо знакомый Мустафе Алихан Букейханов. В этом правительстве 10 мест из 25 было предоставлено русским и другим нациям. И Алашская автономия тоже предполагалась в составе будущей Российской Федерации. Но Шокаю пришлось срочно вернуться в Туркестан.
В январе 1918 г. в ответ на предъявленный ультиматум Шокай отказался признать власть Советов. Ответом на разгром Туркестанской автономии стало мощное национально-освободительное партизанское движение, названное большевиками басмачеством и ликвидированное Советской властью лишь в 30-е годы.
Мустафа Шокай чудом спасся во время разгрома и тайно бежал в Ташкент.
Позже Шокай говорил: «Мы называли Советскую власть, установленную в Ташкенте, „врагом нашего народа“. Я не изменил свою точку зрения за последние десять лет».
Впоследствии он написал книгу «Туркестан под властью Советов. К характеристике диктатуры пролетариата», в которой дал свой обстоятельный анализ произошедшим событиям. Оставаться в Ташкенте было опасно, и по настоянию Гориной 1 мая 1918 года переодетый Мустафа с женой выехали на поезде из Ташкента в Москву, где Марии обещали место в оперном театре. Но состав дальше Актюбинска не пошёл из-за боевых действий на Волге.
Через казахские степи и Каспийское море Мустафе удалось благополучно прибыть в Баку, а затем и в Тифлис, где он прожил с женой два года с весны 1919 года по февраль 1921 года. В начале 1921 года Шокаю пришлось эмигрировать в Турцию. Потом узнал, что Керенский, тоже бежавший из России, находится в Париже. Он списался с ним и другими знакомыми эмигрантами и, сумев получить французскую визу, летом 1921 года прибыл с женой в Париж, ставший центром белой эмиграции. Работал в газетах «Дни» Керенского и «Последние новости» Милюкова. Жизнь в Париже была трудной, средств к существованию не хватало... С 1929 года наладил в Берлине издание журнала «Яш (Молодой) Туркестан» и стал его главным редактором. Журнал просуществовал до начала Второй мировой войны в 1939 году, было выпущено 117 номеров.Мустафа Шокай руководит Туркестанским Национальным Объединением созданным в Париже, публикует материалы о политике большевиков в Туркестане
В декабре 1930 г. в журнале «Яш Туркестан» в разделе Туркестанской хроники имеются сведения об аресте А.Байтурсунова, Алихана Букейханова, М.Дулатова, Ю.Аймаутова, Халела Габбасова, Д.Адилева, Хайрездина Балгамбаева, Азимбека Беримджанова, Мирзагали Есболова, Абдурахмана Байдиллаева, Досума Битлеуова, М.Тынышпаева, Халила Досмухамедова, Алимжана Ермекова. Не случайно Чокай-оглы Мустафа помещает данную хронику, так как с многими деятелями партии Алаш Орда он был знаком лично, они были его друзьями много лет.
При этом Мустафа не теряет связи с Родиной. Он проявлял поразитель-ную осведомлённость о событиях в Казахстане и Туркестане. Так, в 1933 году он пытался организовать побег из Соловецкого концлагеря одного из лидеров «Алаш-Орды» Миржакипа Дулатова, но тот, боясь за судьбу семьи, отказался и вскоре был расстрелян. Такое известное в европейских политических кругах лицо с антисоветскими взглядами привлекает внимание нацистов, у которых были большие планы на Востоке. Ещё в 1933 году Шокай был приглашён в Берлин для встречи с доктором Георгом Ляйббрандтом, руководителем политического отдела Восточного министерства рейха. Уже тогда пришедший к власти Гитлер вынашивал план захвата Советского Союза и исподволь начал подготовку. К 1939 году фашисты подготовили несколько концентрационных лагерей для содержания миллиона будущих советских военнопленных.
В день нападения 22 июня 1941 года нацисты в Париже арестовали всех заметных русских эмигрантов и заключили в замок Компьен. «22 июня 1941 года арестовано и помещено в концлагерь Фронт-Сталаг 122 (концлагерь Хомпьень) несколько сотен российских эмигрантов. В их числе: Мустафа Чокаев (многие из арестованных впоследствии были выпущены)». Через три недели его вывезли в Берлин и полтора месяца вели обработку, предлагая возглавить Туркестанский легион, который планировалось набрать из пленных советских тюрков, заключенных в концлагерях. Немцы рассчитывали на авторитет Шокая. Легион должен был частично заменить немецкие части в боях на Восточном фронте против советских войск. Шокай потребовал ознакомить его с условиями содержания земляков в этих лагерях и был потрясен нечеловеческими условиями жизни азиатов за колючей проволокой. После посещения концлагерей осенью 1941 года Мустафа писал:«Сталин и Гитлер- оба злодеи». Чтобы как-то облегчить участь земляков и спасти их жизни, Шокай предложил фашистам компромисс. Он поставил свои условия:
1. Подготовить кадры для будущего Туркестанского государства в учебных заведениях Германии;
2. Создать из числа своих пленных соотечественников военные формирования, которые должны быть использованы только при подходе к границам Туркестана.
М.Чокай пытался извлечь из возможного сотрудничества с нацизмом хоть какую-то пользу для Туркестана, но получил отказ, так как Гитлера Туркестанский легион интересовал лишь как «пушечное мясо». Поняв, что использовать Шокая не удаётся, немецкое руководство решает убрать его. 22 декабря 1941 года Гитлер подписал указ о создании Туркестанского и других национальных легионов. Так что к их созданию Шокай не имеет никакого отношения. Он в это время лежал в берлинском госпитале «Виктория». 27 декабря 1941 года его не стало. В официальном заключении написано, что он «умер от заражения крови на фоне развивающегося сыпного тифа», которым он мог заразиться при посещении концлагерей. Но такие же симптомы могли быть и при отравлении. К тому же в своих воспоминаниях Мария Горина-Чокай упоминала, что Мустафа уже переболел тифом в Туркестане и у него должен был быть иммунитет