Растительность заповедника относится к Обь-Иртышской геоботанической провинции среднетаежной под зоны таежной зоны.
Зональным типом коренных лесных сообществ водоразделов являются елово-кедровые с пихтой леса. Коренные леса в основном выгорели во время катастрофических лесных пожаров прошлого века, сохранились лишь небольшие участки. Елово-кедровые с пихтой леса имеют одно- или двухъярусное строение. Первый ярус состоит из кедра, пихты, ели. Иногда в первом ярусе присутствует второе поколение кедра. Древостой разрежен из-за того, что старовозрастные ель и пихта отмирают; много сухостоя и валежника. Второй ярус образован теми же хвойными породами более поздних генераций, выражен весьма слабо или совсем отсутствует. Иногда второй ярус как таковой не выражен, отдельные деревья растут в окнах, образовавшихся при отмирании деревьев первого яруса. Напочвенный покров в этих лесах имеет мелкотравно-зеленомошный состав.
На большей части территории заповедника преобладают вторичные леса, представляющие различные стадии после пожарной сукцессии коренных лесов.
На водоразделах реки Негусъях преобладают мелкотравно-зеленомошные осиновые леса; занимают повышенные формы рельефа с легко- и среднесуглинистыми подзолистыми почвами. Первый ярус этих лесов представлен преимущественно осиной в возрасте 130-140 лет. В состав древостоя входит сосна, кедр, береза, единично ель и пихта. Осины, в большинстве своем, поражены грибными болезнями, поэтому находятся сейчас на стадии отмирания. Второй ярус образован темнохвойными породами: кедром, елью, пихтой. Возраст второго яруса 100-120 лет. Наиболее характерными в травяно-кустарничковом ярусе являются виды таежного мелкотравья. Проективное покрытие трав и кустарничков от 15 до 30%. В моховом покрове доминируют гилокомиум блестящий, плевроциум Шребера. Постоянно присутствуют политрихум обыкновенный, дикраниум многоножковый.
Другим распространенным видом производных лесов являются сосновые леса, которые преобладают на водораздельных поверхностях рек Вуяяны и Малый Юган. Они расположены на хорошо дренированных холмах и подстилаются легкосуглинистыми и супесчаными оподзоленными почвами. Первый ярус образован сосной, иногда с участием кедра и березы бородавчатой. Второй ярус темнохвойный или отсутствует. Травяно-кустарничковый ярус сомкнут на 25-35%. Преобладают кустарнички: черника, брусника, багульник, кроме того, большая доля таежного мелкотравья: осоки шаровидной, хвоща лесного, линнеи северной.
Сосняки лишайниковые (сосновые боры) в заповеднике почти отсутствуют.
На центральных слабо дренированных частях междуречий преобладают олиготрофные сфагновые болота с грядово-мочажинными и грядово-мочажинно-озерковыми фитоценозами, занимающие плоские вершины и пологие склоны крупных болотных массивов. На более крупных склонах болот и не дренированных междуречьях развиваются сосново-кустарничково-сфагновые группы формаций (рямы). Микрорельеф рямов кочковатый, кочки занимают 40% поверхности, высота кочек 0,4-0,7 м.
Осоково-гипновые болота низинного и переходных типов имеют в заповеднике небольшое распространение.
Равнинность территории, удаленность от биогеографических (зональных) границ определяет небольшое флористическое разнообразие. Сосудистых растений на территории заповедника отмечено 334 вида, мхов – 113 видов, лишайников – 165 видов.