Флористическое разнообразие

Группа растений	Число
	видов	родов
Грибы
- аскомицеты
- базидиомицеты
Лишайники
Всего низших растений
Мохообразные
Сосудистые
- папоротникообразные
- голосеменные
- покрытосеменные
Из них синантропных
Всего высших растений

В таблице приведено количество родов и видов, достоверно установленных в заповеднике к настоящему времени.

Из видов растений и грибов, занесенных в Красную книгу, в заповеднике встречаются: лобария легочная, надбородник безлистный, рогатик пестиковый и ежевик коралловидный.

Животный мир

Изучение териофауны на территории заповедника началось с 1984 года сотрудниками научного отдела. К 1999 году зафиксировано обитание 36 видов млекопитающих, принадлежащих к 6 отрядам и 13 семействам.
Среди насекомоядных обычны и наиболее многочисленны представители семейства землеройковых, предпочитающие темнохвойные пойменные леса, их численность в сосновых лесах значительно ниже. Наиболее часто встречаются обыкновенная и малая бурозубки, численность равнозубой и средней бурозубок значительно ниже. Бурозубка-крошка очень редка, ежегодно отлавливаются лишь единичные особи. По берегам рек и ручьев водится кутора.
Рукокрылые представлены семейством гладконосых летучих мышей. Отмечено обитание единственного вида – северного кожанка, иногда попадающего в паутинные сети при отлове птиц для кольцевания.
Отряд грызунов представлен 15 видами.
Численность белки в регионе (как и во всем ареале) подвержена резким подъемам и спадам. Основным фактором, определяющим ее колебания, является трофический. Динамика численности имеет огромный размах в зависимости от урожая основных кормов, достигая по годам 10-12-кратного изменения численности популяции. В неурожайные для хвойных растений годы отмечаются массовые миграции, в ходе которых численность белки на непродолжительное время в проходных биотопах поднималась до 500 особей на 1000 га.
Бурундук также распространен по всей лесопокрытой площади заповедника. В оптимальные годы он достигает численности 20-30 особей на 1 км². Широко распространена, но малочисленна летяга. Из-за сумеречного образа жизни регистрируется редко, предпочитает пойменные смешанные биотопы.
Важной составляющей фауны таежных биотопов являются мышевидные грызуны, служащие основной пищей для различных хищников. В отловах доминирует красная полевка, особенно высокой численности она достигает в пойменных темнохвойных и сосновых зеленомошно-ягодниковых лесах в период массового урожая ягод и кедровых орехов, когда посещаемость ловушек иногда достигает 100%. Рыжая полевка встречается значительно реже и в гораздо меньшем количестве. Очень немногочисленна красно-серая полевка, еще реже встречаются лесная и полевая мыши, а также темная полевка. В заболоченных биотопах и на окраинах болот встречаются полевка-экономка и лесной лемминг. Лесная мышовка обычно тяготеет к речным поймам, питаясь различными семенами и ягодами. По берегам ручьев и рек с густой травяной растительностью обитает водяная полевка, иногда образуя колониальные поселения.
Ондатра была акклиматизирована в Ханты-Мансийском округе в 1933-1937 гг. и быстро достигла промысловой численности. Однако из-за эпизоотий и неограниченного промысла ее запасы к настоящему времени значительно снизились. В заповеднике ондатра заселяет реки, старицы и озера практически по всей площади, однако высокой численности нигде не достигает.
В прошлом в междуречье Большого и Малого Югана жили речные бобры. Сейчас ближайшим районом их обитания является бассейн реки Демьянки к югу от заповедника. По непроверенным данным следы жизнедеятельности бобров в 1998 году отмечены вблизи охраняемой территории, в 15 км от юго-западного угла заповедника.
Единственным представителем зайцеобразных является заяц-беляк. Встречается во всех биотопах, включая обширные водораздельные болота. Наиболее излюбленные места – поймы рек с густыми зарослями ивняка, где в благоприятные годы достигает плотности населения до 50 особей на 1000 га. Из хищных млекопитающих в заповеднике обитает 13 видов. Самый многочисленный представитель семейства куньих, насчитывающего 8 видов, соболь, запас которого в благоприятные годы составляет 2-2,5 тысячи особей. Соболь относится к так называемому тобольскому кряжу, характеризующемуся крупными размерами и светлой окраской меха. Отдельные самцы достигают веса более 1 кг. Встречается повсеместно, однако предпочитает лесопокрытые районы. Максимальной численности (до7-8 особей на 1000 га) достигает в пойменных кедрово-еловых и елово-березовых с пихтой и кедром лесах, в сосновых и смешанных лесах плотность населения несколько ниже (4-5 особей на 1000 га). Численность подвержена значительным колебаниям, в зависимости от урожайности и доступности основных кормов – мышевидных грызунов, кедрового ореха, различных ягод.
Колонок в заповеднике очень редок, и отмечаются, как правило, единичные встречи следов в зимний период. Другие мелкие куньи – ласка и горностай, встречаются гораздо чаще. Численность ласки за последние годы значительно возросла. Предпочитая темнохвойные и сосновые леса, она охотно также посещает и обширные болота. Отмечены случаи прямого преследования мелких куньих более сильным соболем, который вытесняет их из некоторых биотопов.
Барсук – очень редкий на территории заповедника вид, численность которого невысока. Ежегодно отмечаются лишь единичные встречи самих зверей и следов их жизнедеятельности по всей территории.
Обычна и широко распространена росомаха. В заповеднике обитает около 20-30 животных.
Впервые американская норка в округе была выпущена в 1940 году. С тех пор она многократно размножилась и заняла все пригодные местообитания. Выдра встречается значительно реже, однако также является обычным обитателем многих водоемов заповедника.
Во время зимних миграций возможен заход в заповедник песца. В поймах крупных и средних рек обычна лисица, численность которой в последнее время повысилась. Изредка отмечаются встречи с животными, имеющими темную окраску меха, так называемыми чернобурками. Большинство сведений о таких встречах поступает с р.Малого Югана.
Редок в заповеднике волк. Его распространение ограничивает низкая плотность копытных и глубокоснежные зимы. Ежегодно отмечаются лишь единичные встречи пар и одиночек, часто пасущих стада северных оленей.
На охраняемой территории и в прилегающих районах очень редко встречается рысь.
Повсеместно встречается бурый медведь. Стациальное размещение и плотность зависят от наличия и сроков созревания основных кормовых растений. Весной и осенью он часто встречается на открытых болотах. Плотность популяции в оптимальных биотопах составляет около 0,9 особей на 1000 га.
Копытные представлены двумя аборигенными видами – лосем и северным оленем. В 1990-1991 гг. в заповеднике были отмечены единичные особи кабана, предположительно расселившегося из партии, выпущенной в бассейне р.Демьянки. Однако кабаны здесь не прижились, последние следы отмечены в 1992 году.
Численность северного оленя по результатам авиаучетов за последние 10 лет значительно снизилась. Основной причиной этого – возросший в связи с расширением нефтегазодобычи вблизи границ заповедника фактор беспокойства. По результатам последних авиаучетов в 1996 году плотность популяции в болотных биотопах составила 1,1 особи на 1000 га.
Излюбленные местообитания лося – пойменные темнохвойные и смешанные леса. Обилие подроста мелколиственных пород привлекает его на возобновляющиеся гари и старые вырубки. Охотно использует для передвижения и кормежки сейсмологические профили, прорубленные до организации заповедника. Максимальной плотности достигает в бассейне р.Негусъях, до 1,2 особи на 1000 га.
Фауна земноводных в заповеднике насчитывает 4 вида. Широко распространены серая жаба и остромордая лягушка, а также сибирский углозуб. Очень редко встречается сибирская лягушка.
Из пресмыкающихся отмечены 2 вида – ящерица живородящая и обыкновенная гадюка. Ящерица живородящая – обычный в заповеднике вид, встречается по всей территории, предпочитает хорошо освещенные, разреженные лесные участки и опушки болот. Гадюка обыкновенная – обычна, в определенные годы местами многочисленна, предпочитает влажные биотопы, часто встречается по берегам озер, стариц, в кочкарниках на опушках леса вблизи болот, на верховых болотах.

Птицы

Основными направлениями орнитологических исследований в заповеднике являются инвентаризация орнитофауны, фенология птиц, кольцевание, контроль за состоянием популяций видов, включенных в Красную книгу России, изучение вопросов динамики численности и др. На стационаре Когончины-2 в пойме р.Негусъях проводится отлов птиц паутинными сетями для кольцевания. В течение 10 лет в заповеднике окольцована 13531 особь 103 видов птиц.
На территории заповедника отмечено 93 вида отрядаворобьиных (вместе с залетными).
Тетеревиные Юганского заповедника представлены типичными таежными видами – рябчик, тетерев, глухарь и белая куропатка. Известны редкие залеты перепела, относящегося к семейству фазановых.
Единственным представителем семейства аистовых является черный аист – представитель Красной книги России. Он хотя и редко, но регулярно встречающийся в заповеднике и в регионе. Очень редко встречается большая выпь из семейства цапель.
Еще в начале 20 века на территории Сургутского района обычным был белый журавль (стерх). Теперь он здесь не встречается. Единственным представителем семейства журавлиных является серый журавль, гнездящийся в небольшом количестве на обширных болотах. Чаще встречаются в заповеднике другие представители этого отряда – виды семейства пастушковых: коростель, погоныш. В регион также залетают лысуха и камышница.
В заповеднике встречается гусь-гуменник таежного подвида. Гуменник из заповедника зимует в Голландии (имеется возврат кольца), т.е. на территории округа гнездится гуменник западного подвида, более малочисленного, чем восточный. Достаточно широко распространен лебедь-кликун. В последние годы стали отмечаться залеты пеганки, которую относят к группе видов, активно осваивающих новые территории.
Самым массовым видом утиных является чирок-свистунок. Он заселяет все водоемы – поймы рек, озера и озерки среди болот. Ему несколько уступает в численности гоголь, который также заселяет все типы водоемов. Сильно варьирует численность свиязи. Но в целом этот вид относится к группе обычных, как и шилохвость, которая заселяет болота с озерками. Группу немногочисленных видов составляют чирок-трескунок, луток, хохлатая чернеть, красноголовый нырок. Кряква, обычная в других местах, в условиях таежных междуречий с узкими поймами встречается редко. На пролете перечисленные виды дополняют морская чернеть, морянка, турпан, синьга, большой и средний крохали, белолобый гусь, а также пискулька и краснозобая казарка, занесенные в Красную книгу.
Самыми обычнымиприречными видами отряда Ржанкообразных являются перевозчик и черныш. На болотах полуколониально гнездятся большие веретенники совместно с чибисами, фифи, турухтанами и обыкновенными бекасами. В глубине болотных массивов обычны средние кроншнепы. Отдельно от других видов на болотах у небольших озерков гнездится большой улит. Изредка на реках заповедника встречается мородунка, а на болотах длиннопалый песочник, гаршнеп и обыкновенный дупель. В последнее десятилетие отмечено сокращение численности единственного лесного кулика – вальдшнепа. Известны залеты лесного дупеля. Кулик-сорока, изредка встречающийся на пролете, требует уточнения подвидовой принадлежности. Материковый подвид кулика-сороки, включен в последнее издание Красной книги. Группу пролетных дополняют бурокрылая ржанка, галстучник, зуёк, щёголь и др. Гнездование зуйка известно на Большом Югане. Большой кроншнеп встречается редко.
Чаще всего объектами наблюдений из отряда Соколообразных являются редкие, но хорошо заметные в природе виды – орлан-белохвост и скопа. Беркут встречается редко. Крайне редко, и только на пролете, встречается сапсан. Пребывание кречета на территории заповедника нуждается в подтверждении. Все эти виды – представители Красной книги России. Самыми обычными представителями дневных хищников являются перепелятник и чеглок. Достаточно обычны – осоед, полевой лунь и обыкновенный канюк. Тетеревятник чаще встречается в зимнее время и на пролете осенью. В летнее время встречи с ним редки. На пролете обычным видом является зимняк и дербник. Известен залет кобчика.
Отряд Совообразных на территории заповедника представлен 7 видами. Филин – самая крупная сова – включен в последнее издание Красной книги России. В последнее время самыми обычными совами являются бородатая неясыть и мохноногий сыч. Длиннохвостая неясыть немногочисленна. Самая маленькая сова – воробьиный сыч, достаточно обычен. Самой малочисленной совой является ястребиная. Болотная сова, совершающая регулярные сезонные миграции, очень подвержена колебаниям численности.

Рыбы

На территории заповедника отмечено постоянное обитание 10 видов рыб, и еще 2 вида изредка регистрируются в прилегающих районах. В различных водоемах заповедника встречаются щука, окунь, ерш, плотва сибирская, язь, елец, золотой и серебряный караси, а также пескарь и гольян. На Большом Югане очень редко отлавливались нельма и налим.