В 1995 г., в рамках общего плана по захвату власти в России, Коржаков и его сподвижники решили сместить с поста мэра Санкт-Петербурга Анатолия Собчака, сторонника президента Ельцина. Разработка семьи и окружения Собчака началась в мае 1995 г. силами 2-го отдела (борьба с коррупцией) Управления по борьбе с экономическими преступлениями (УБЭП) Управления внутренних дел Санкт-Петербурга. В декабре появилось беспрецедентное совместное распоряжение двух силовых российских министров - руководителя Службы безопасности России (СБР, бывшее КГБ и будущая ФСБ - тогда КГБ все время переименовывали и реструктуризировали) Михаила Барсукова и министра внутренних дел Анатолия Куликова, поддержанное генпрокурором страны Юрием Скуратовым: "О создании межведомственной оперативно-следственной группы для расследования фактов получения взяток должностными лицами мэрии Санкт-Петербурга". Политический характер травли Собчака был очевиден. То, что за указанием снять Собчака стоит всесильный Коржаков, знали все. Но и то, что в "криминальной столице России" Санкт-Петербурге процветает коррупция и чиновники берут непомерные взятки, тоже всем было известно. Схватка велась не по-джентельменски.
Группу санкт-петербургских следователей возглавил заместитель начальника следственного управления Генпрокуратуры России Леонид Прошкин - один из самых известных российских следователей, ведущих важные государственные коррупционные дела, так называемые "важняки". За год следственная бригада собрала несколько десятков томов уголовного дела за № 18/238278-95. По версии следствия санкт-петербургская строительная фирма "Ренессанс", получившая в собственность несколько многоквартирных домов в городе на условии их реставрации, расплачивалась за этот крупный контракт с небескорыстно вовлеченными в проект сотрудниками мэрии отремонтированными квартирами, продавая их указанным лицам и их родственникам по заведомо заниженным ценам. В ходе следствия были обнаружены документы за подписью Собчака, обеспечивавшие режим наибольшего благоприятствования фирме "Ренессанс", а ее глава Анна Евглевская дала показания, что выплатила 54 тысячи долларов за выселение жильцов принадлежавшей городу квартиры № 17 в доме № 31 на набережной Мойки. Указанная квартира имела смежную стену с квартирой № 8, в которой проживал Анатолий Собчак, его жена Людмила Нарусова и дочь Ксения. После выселения жильцов квартира № 17 перешла Собчаку, а для прикрытия была оформлена на имя Сергеева, личного водителя близкой подруги жены Собчака Людмилы Нарусовой. Улучшили свои жилищные условия также племянница мэра города Марина Кутина (девичья фамилия Собчак) и начальник аппарата Собчака Виктор Кручинин.
Кроме того, были вскрыты факты коррупции в прокуратуре Санкт-Петербурга. В соответствии с контрактом, подписанным управляющим делами генеральной прокуратуры Назиром Хапсироковым с турецкой фирмой Ata Insaat Saanyi Ticaret, Ltd., на ремонт здания прокуратуры Санкт-Петербурга было выделено 5.855.435 долларов. Три миллиона из указанной суммы турецкая фирма не получала вообще. Стоимость ремонтных работ была завышена вдвое. У дочери прокурора города откуда-то появилась квартира.
Собчак пытался защищаться. 20 мая 1996 г. санкт-петербургский филиал партии "Наш дом - Россия" обратился к президенту, генпрокурору и премьер-министру с открытым письмом в защиту Собчака, выражая "решительный протест против травли и клеветы, развернутой Генеральной прокуратурой". "Под предлогом "борьбы с коррупцией", - говорилось в письме, - генпрокуратура использует свою работу в политических целях, дискредитируя власть. Следственная группа Л. Г. Прошкина дает интервью и в нарушение всех процессуальных норм публикует бездоказательные материалы в коммунистической прессе: "Советская Россия", "Правда", "Народная правда", которые используются в качестве агитационных листовок в предвыборной борьбе. Обращая внимание на это обстоятельство, петербургская организация "Наш дом - Россия" требует принятия решительных мер для прекращения использования правоохранительных органов в политических целях".
И это тоже было абсолютной правдой, как и факты коррупции, собранные в томах уголовного дела. Среди подписавших письмо был председатель совета cанкт-петербурской организации "Наш дом - Россия" Владимир Путин.
Политически Собчак эту битву проиграл: 2 июня 1996 г. мэром города был избран заместитель Собчака Владимир Яковлев. После поражения Собчака на выборах "квартирное дело" не заглохло. В декабре 1996 г. следственную группу возглавил новый следователь Генпрокуратуры Николай Михеев. Летом 1997 г. по делу были арестованы начальник планово-экономического отдела Главснаб санкт-петербургской мэрии Валентина Любина, бывший помощник мэра Собчака по жилищным вопросам Лариса Харченко и начальник аппарата мэра Виктор Кручинин. К осени, опираясь на показания арестованных и другие собранные материалы, следствие было уже готово выдвинуть обвинения против самого Собчака и членов его ближайшего окружения. Планировались аресты целой группы лиц, в том числе и бывшего мэра города.
Путин в то время был уже в Москве на недосягаемой для санкт-петербургских следователей высоте, но прикрывал Собчака, понимая, что косвенно защищает этим себя, так как следствие докопалось до махинаций Путина. В записке следствия "О некоторых аспектах работы оперативно-следственной бригады МВД в Санкт-Петербурге" о Путине говорилось:
"Получены данные, содержащие признаки преступления - использования служебного положения в корыстных целях - в отношении Путина, одного из высокопоставленных чиновников администрации президента, члена команды Чубайса. Занимаемое в настоящее время Путиным служебное положение сильно осложняет деятельность оперативно-следственной группы и позволяет А. Собчаку чувствовать себя в относительной безопасности".
Путин, занимавший в тот момент должность начальника Главного контрольного управления администрации президента, блокировал "квартирное дело" как мог. Прокурором Санкт-Петербурга был возбужден ряд уголовных дел в отношении офицеров городской милиции, вовлеченных в расследование дела Собчака. Несколько сотрудников милиции, в том числе руководящих, были арестованы. К Путину в Москву зачастила жена Собчака Людмила Нарусова. Разговаривали они всегда наедине, поэтому подробности их бесед неизвестны. Именно Нарусова сообщила Путину, что на Коллегии Генпрокуратуры России после долгих дебатов было принято решение об аресте Собчака. А арест Собчака ставил под угрозу все его окружение, прежде всего Путина.
3 октября 1997 г. теперь уже бывший мэр Собчак был вызван на допрос в прокуратуру. Ожидалось, что ему будет предъявлено обвинение с последующим арестом. Допустить этого не могли ни демократы, символом которых был Собчак, ни Путин, к которому после ареста Собчака потянулись бы нити расследования. По просьбе Путина спецотряд быстрого реагирования Регионального управления по борьбе с преступностью (РУБОП) вывез допрашиваемого Собчака прямо из прокуратуры в больницу, где начальник Военно-медицинской академии Юрий Шевченко, человек близкий к семье Собчака, хороший знакомый Путина, немедленно поставил диагноз, вызвавший тогда серьезные сомнения: обширный инфаркт.
Понимая, что Собчака выводят из под ареста, следователь Михеев встретился с тогдашним руководством Министерства здравоохранения России и договорился о независимом обследовании Собчака столичной профессурой. Однако судебной медицинской экспертизе, информацию о которой Генпрокуратура не вправе была скрывать от кремлевских чиновников, не заинтересованных в аресте Собчака, не суждено было состояться. За три дня до приезда в Санкт-Петербург группы московских кардиологов, 7 ноября 1997 г., офицеры РУБОПа Дмитрий Шаханов и Дмитрий Милин под руководством первого заместителя начальника Управления ФСБ по Санкт-Петербургу Александра Григорьева забрали Собчака из госпиталя и вывезли его в Париж на частном самолете финской авиакомпании Jetflite, зафрахтованной известным виолончелистом и дирижером Мстиславом Ростроповичем. Операцию по вывозу Собчака организовал и контролировал Путин. Прямо на взлетную полосу аэропорта Пулково стремительно выехала машина "скорой помощи", из нее вышли Анатолий Собчак и Людмила Нарусова, сели в самолет и улетели.
Cтав президентом, Путин не забыл тех, кто помогал ему в проведении этой операции. Ростропович стал близким другом Путина. Григорьев (заместитель директора ФСБ в 1998-2001 гг.) возглавил Федеральное агентство по государственным резервам. В 2008 г. Григорьев даже был включен в список возможных преемников Путина (преемником не стал и скоропостижно скончался 10 декабря на 60-м году жизни). Юрий Шевченко стал министром здравоохранения России. На этом посту Шевченко получил прозвище Доктор Смерть, так как в период его руководства российской медициной смертность среди россиян резко увеличилась, а во время освобождения заложников "Норд-Оста" на Дубровке в Москве 23 октября 2002 г. в результате неадекватных медицинских мер по спасению людей, отравившихся усыпляющим газом, погибло 129 человек. После пяти лет провальной деятельности Шевченко был отправлен в отставку.