Задача состоит в следующем. Выявленный в исследуемом объекте Х (напри-мер, в пятне крови) профиль ДНК таков, что не исключена возможность того, что Х произошел от подозреваемого или потерпевшего (П). Требуется определить вероятность случайного совпадения профиля ДНК Х с генотипом П. Иными словами, необходимо установить, с какой вероятностью выявленные в объекте Х признаки совпали бы с генотипом случайно взятого индивидуума N.
Приведем несколько примеров.
Пример 1. При исследовании пятна выявляются два аллеля, совпадающие с гетерозиготным профилем ДНК подозреваемого П:
Х П.
а ______ _______
b ______ _______
В этом случае:
Р (профиль ДНК N равен а,b) = pa,b = 2 pа pb.
Пример 2. В объекте выявляется единичный аллель. Такой же аллель содержит и гомозиготный профиль ДНК подозреваемого П.:
Х П.
а _______ _______
В этом случае:
Р (профиль ДНК N равен а,а) =p a,a = p2а.
Пример 3. В объекте обнаруживается более двух аллелей (а1, а2,..., ак). Это возможно, если Х, например, содержит кровь одновременно двух человек:
| Х а1_______ а2_______ ............. _______ аk _______ | П. _______ _______ |
Генотип П. согласуется с профилем ДНК Х, если П. имеет какие-то два аллеля аi и аj (при этом возможно, что i=j). Поэтому вероятность того, что генотип П. согласуется с Х случайно, равна:
.
Окончательная формула расчета вероятности:
т. е. искомая величина Р равна квадрату суммы вероятностей всех выявленных в пятне аллелей.
По этой же формуле рассчитывается и вероятность Р в случае, когда в объекте выявляются только два аллеля а и b, но у эксперта есть основания полагать, что след оставлен не одним человеком, а двумя. Тогда:
Р = (pа + pb)2 = p2а + p2b + 2 pa pb.
Если таких оснований нет, то, как было указано, вероятность вычисляется по формуле:
Р = 2 pa pb.
Ситуации, когда исследуемый объект содержит как ДНК преступника, так и ДНК жертвы и неизвестно, за счет какого из этих генотипов выявляются аллели в профиле ДНК Х, требуют специального рассмотрения. Это часто имеет место в экспертизах, назначаемых по поводу преступлений, совершаемых по сексуальным мотивам.
Априори возможны следующие три гипотезы:
А1 = {профиль ДНК Х обусловлен генотипом преступника};
А2= {профиль ДНК Х обусловлен генотипами преступника и жертвы};
A3 = {профиль ДНК Х обусловлен генотипом жертвы}.
Выводы о том, какая из этих гипотез справедлива, теория вероятностей сделать не позволяет. В некоторых случаях эксперт располагает данными, дающими ему основания предпочесть одну из гипотез двум другим или, по крайней мере, какую-либо из них исключить. Анализ ситуации базируется на оценке характера исследуемого объекта, а также на объективных данных, получаемых в процессе исследования. Например, при морфологическом исследовании пятна на одежде во всех полях зрения выявлено значительное количество сперматозоидов без примеси женских эпителиальных клеток.
Такой результат дает основания выбрать гипотезу А1 или, по крайней мере, хотя бы исключить гипотезу А3.
Иная ситуация имеет место, например, при исследовании тампона с вагинальным содержимым жертвы. Такой объект исследования всегда изначально содержит ДНК потерпевшей, особенно если на тампоне имеется также и кровь. Если в препарате выявлены лишь единичные сперматозоиды, то такие данные, скорее всего, исключают гипотезу А1, свидетельствуя в пользу гипотезы А2, а в ряде случаев - гипотезы А3. Оценка результатов упрощается, если проведена процедура "дифференциального лизиса".
Когда обстоятельства дела и данные, полученные в ходе исследования, не дают возможности выбрать какую-либо из гипотез А1, А2, А3, то необходимо поступать следующим образом.
Так как при расчете вероятности нельзя занижать ее значение (это могло бы привести к осуждению невиновного человека), требуется вычислить каждую из вероятностей 
и затем в качестве окончательной оценки вероятности случайного совпадения выявленных аллелей с генотипом подозреваемого взять максимальную из них.
Так же следует поступать и при оценке двух гипотез, если исключена третья.
Пример 4. Аллельная характеристика объекта Х и генотипа П. совпадает. При этом один из выявленных аллелей соответствует также гомозиготному профилю ДНК жертвы (Ж):
Х П. Ж
а _______ _______
b _______ _______ _______
Такое расположение аллелей исключает гипотезу А3. Вероятности 
равны:
Так как наибольшей в этом случае является вероятность 
, то в качестве окончательного результата расчетов следует привести эту величину, указав, что 
.
Пример 5. Профиль ДНК иследуемого объекта Х совпадает с генотипами подозреваемого и жертвы:
Х П. Ж
а _______ _______ _______
b _______ _______ _______
В этом случае априори не исключена ни одна из гипотез.
Соответствующие вероятности равны:
В случае, когда объективные данные, полученные в процессе исследования, дают хотя бы малейшее основание для того, чтобы допустить гипотезу А3, следует отказаться от решения вопроса.
Если эксперт уверен, что характер исследованного материала исключает гипотезу А3 (например, наличие большого числа сперматозоидов при минимальном количестве или отсутствии эпителиальных клеток с Х-хроматином, делающее нереальным получение положительного результата с женской ДНК на фоне отрицательного результата с мужской ДНК), из двух оставшихся гипотез выбирают гипотезу А2 с соответствующим значением вероятности.
В случае, когда ДНК деградирована, не исключена возможность того, что один из аллелей локуса (скорее всего, более крупный) может не проамплифицироваться. Рассмотрим ситуацию, при которой допускается возможность выявления неполной аллельной характеристики исследуемого объекта.
Если профиль ДНК объекта Х представляет собой единичный аллель (обозначим его а) и из-за деградации ДНК мы не исключаем возможности того, что второй аллель просто не был обнаружен, возникают следующие две гипотезы:
В1 = {истинный профиль ДНК объекта Х есть (а,а)};
В2 = {второй аллель не обнаружен}.
Пример 6. В объекте выявлен единичный аллель, в крови подозреваемого (по-терпевшего) - два аллеля:
Х П.
b _______
a _______ _______
Ясно, что если в данном случае справедлива гипотеза В1, то генотип подозреваемого не согласуется с профилем ДНК Х и происхождение Х от П. исключается. Если же полученные при исследовании данные (деградированная или не определяемая в УФЛ ДНК Х) позволяют допустить гипотезу В2, тогда возможность происхождения Х от П. не исключается и соответствующая вероятность рассчитывается по формуле:
.
Если рассматривается случай "смешанного" пятна, то гипотезы В1 и В2 в совокупности с гипотезами А1, А2, А3 дают следующие шесть различных сочетаний: В1А1, В1А2, В1А3, В2А1, В2А2, В2А3. Соответствующие вероятности станем обозначать 
(вероятность случайного совпадения генотипа подозреваемого с профилем ДНК Х при Вi, Аj).
Пример 7.
Ж
П. _______
Х _______
а_______ _______
Такое расположение аллелей исключает гипотезы В1А2 и В1А3. Если верна гипотеза В1А1, то профиль ДНК Х не согласуется с генотипом П., т.е. происхождение объекта Х от П. исключается. Остальные три вероятности вычисляются по следующим формулам:
В последних двух случаях решить вопрос о происхождении объекта Х не представляется возможным.
Необходимо отметить, что во всех сложных случаях (наличие нескольких участников преступления, совпадение аллелей в генотипах подозреваемого и жертвы, исследование малых количеств деградированной ДНК), когда результаты исследования одного локуса не позволяют сделать однозначный вывод, при расчете вероятности следует учитывать данные исследования других генетических маркеров.
При установлении тождества сравниваемых объектов заключительную часть выводов рекомендуется формулировать в одном из следующих вариантов:
"По данным исследования локусов.., кровь на ноже могла произойти от гр-на П. Частота встречаемости сочетания признаков, выявленных в исследуемом пятне и в генотипе гр-на П., составляет 2 10-5. Это означает, что указанное сочетание генетических признаков встречается в среднем у двух человек из 100 тысяч".
"При исследовании пятен крови на ноже по локусам... в ней выявлены те же генетические признаки, что и в крови гр-на П. Вероятность их случайного совпадения составляет 1:250000, т.е. обнаруженные признаки в их сочетании встречаются в среднем у одного человека из 250 тысяч".
"В следах на тампоне с вагинальным содержимым гр-ки Л. обнаружена сперма, которая могла произойти от гр-на С. Вероятность случайного совпадения генетических признаков, выявленных в следах и в крови гр-на С., составляет 2 10-4. Таким образом, признаки, согласующиеся с генетической характеристикой, установленной при исследовании пятна, содержащего сперму, могут быть обнаружены в среднем у двух мужчин из 10 тысяч".