Согласно Конституции РФ Президент РФ является главой государства. Данное определение отличается от определения Президента, которое содержалось в Конституции РСФСР 1978 года с изменениями и дополнениями, в которой Президент определялся как высшее должностное лицо и глава исполнительной власти. Однако Президент РФ, согласно современной Конституции, оказывает очень большое влияние на функционирование всей системы исполнительной власти. Президент РФ оказывает решающее воздействие на формирование федерального Правительства.
Необходимо обратить внимание на изменение срока избрания Президента РФ. Так, в Конституцию РФ были внесены изменения в соответствии с Законом Российской Федерации о поправке к Конституции Российской Федерации от 30 декабря 2008 г. N 6-ФКЗ "Об изменении срока полномочий Президента Российской Федерации и Государственной Думы", вступившим в силу со дня его официального опубликования 31 декабря 2008 г. (Российская газета, 2008, 31 декабря), где закреплено, что Президент Российской Федерации избирается сроком на шесть лет. При этом положения, касающиеся срока избрания, применяются в отношении Президента Российской Федерации, избранного после вступления в силу названного Закона.
Перед вновь избранным Президентом РФ Правительство РФ слагает свои полномочия; Президент РФ назначает Председателя Правительства РФ с согласия Государственной Думы, при этом предложение о кандидатуре Председателя Правительства РФ вносится в Государственную Думу не позднее 2-х недель после вступления в должность вновь избранного Президента РФ или после отставки Правительства РФ либо в течение недели со дня отклонения Государственной Думой представленной Президентом РФ кандидатуры на должность Председателя Правительства РФ.
Государственная Дума рассматривает в течение недели представленную Президентом РФ кандидатуру. Если Государственная Дума трижды отклонила представленную Президентом РФ кандидатуру на должность Председателя Правительства РФ, то Президент РФ имеет право распустить Государственную Думу с назначением новых выборов и назначить Председателя Правительства РФ.
При этом важно отметить, что Правительство РФ может принять решение подать в отставку, которое принимается или откланяется Президентом РФ. При этом Президент РФ сам без какого-либо обязательного согласования с органами власти вправе самостоятельно отправить Правительство РФ в отставку.
Государственная Дума вправе выразить недоверие Правительству РФ большинством голосов от общего числа депутатов. После выражения недоверия Правительству РФ, Президент РФ вправе согласиться с решением Государственной Думы и отправить Правительство РФ в отставку либо не согласиться с решением Государственной Думы. Если в течение 3-х месяцев Государственная Дума повторно выразит недоверие Правительству РФ, Президент РФ объявляет об отставке Правительства РФ либо распускает Государственную Думу.
Кроме того, Председатель Правительства РФ сам может поставить перед Государственной Думой вопрос о доверии Правительству РФ. В случае если Государственная Дума отказывает Правительству РФ в доверии, то Президент РФ в течение 7 дней принимает решение или об отставке Правительства РФ, или о роспуске Государственной Думы и назначении новых выборов.
Председатель Правительства РФ после своего назначения в течение недельного срока представляет Президенту РФ предложения о структуре федеральных органов исполнительной власти, а так же кандидатуры на должности заместителей Председателя Правительства РФ и должности федеральных министров.
Все данные вопросы формируются в виде указов Президента РФ (Указ Президента РФ от 9 марта 2004 № 314 «О системе и структуре федеральных органов исполнительной власти» (с последующими изменениями и дополнениями), Указ Президента РФ от 12 мая 2008 №724 «Вопросы системы и структуры федеральных органов исполнительной власти» (с последующими изменениями и дополнениями).
Заместители Председателя Правительства РФ и федеральные министры также назначаются на должности указом Президента РФ.
Стоит отметить, что постановления и распоряжения федерального Правительства в случае их противоречия Конституции РФ, федеральным законам и указам Президента РФ могут быть отменены Президентом РФ.
Важно отметить, что некоторые полномочия Президента РФ, определенные в Конституции РФ, предполагают прямую подчиненность Президенту РФ ряда федеральных министерств и ведомств. В частности, согласно ст. 87 Конституции РФ, Президент РФ является Верховным Главнокомандующим, что естественно предполагает подчиненность ему Министерства обороны РФ.
Согласно Указу Президента РФ от 12 мая 2008 г., определен перечень федеральных министерств, служб и агентств, которые непосредственно подчинены Президенту РФ.
В литературе традиционно подобный правовой феномен объясняется тем, что Президенту, как главе государства, подчинены все милитаризированные органы власти, деятельность которых важна для обеспечения безопасности государства и общества, и предполагает осуществление единоначальных управленческих функций.
Широкими полномочиями Президент РФ обладает и в отношении органов исполнительной власти субъектов РФ. Согласно ч.2 ст.85 Конституции, Президент РФ вправе приостанавливать действие актов органов исполнительной власти субъектов федерации в случае их противоречия Конституции РФ, федеральному законодательству или международным обязательствам РФ, или нарушения ими прав и свобод человека и гражданина до решения данного вопроса.
Президент РФ, в случае конфликта полномочий между федеральными органами власти и органами власти субъектов федерации РФ, вправе использовать согласительные процедуры либо передать разрешение спора в соответствующий суд.
С 2003 г., впервые, Президент РФ получил право отрешать высшее должностное лицо субъекта федерации от должности. В 2004 г. Президент РФ получил право наделять полномочиями высших должностных лиц субъектов федерации по согласованию с законодательными органами субъекта федерации. Однако с 1 июня 2012 г. Президент РФ утратил данное право, в связи со вступлением в силу изменений законодательства, касающихся возврата к избранию высших должностных лиц субъектов федерации гражданами РФ, проживающими на территории соответствующего субъекта Российской Федерации.
С 2000 г. изменилась схема работы администрации Президента РФ в субъектах РФ (Указ Президента РФ от 13 мая 2000 № 849 «О полномочном представителе Президента Российской Федерации в федеральном округе»). Если раньше в каждом субъекте федерации был представитель Президента РФ, то с 2000 г. представители Президента РФ функционируют в 7 федеральных округах, а в каждом субъекте РФ работают главные федеральные инспекторы, подчиненные представителю Президента РФ в соответствующем федеральном округе. Данный факт позволил оптимизировать осуществление надзорных полномочий за деятельностью органов государственной власти субъектов РФ.