Царствование Николая I началось подавлением декабрьского восстания на Сенатской площади в 1825 г. В 1848 году русские войска помогли разгромить революцию в Европе. Во внутренней политике в этот период по всем линиям усиливался охранительный курс. Всякая оппозиция правительству искоренялась в зародыше. Политика эта распространялась и на Церковь. При Николае I в церковной политике правительства углублялись тенденции, наметившиеся в последний год царствования Александра, когда с удалением Голицына усилилось влияние Аракчеева и Шишкова.
Шишков, сменивший Голицына на посту министра народного просвещения, не будучи обер-прокурором, активно вмешивался в дела Церкви и работу Синода. По его приказу прекратилось печатание русской Библии, уничтожен напечатанный тираж филаретовского «Катехизиса». Оба же николаевских обер-прокурора, Нечаев и Протасов, отличались пренебрежем к епископам, всячески стремясь принизить их роль в Синоде, практическую и формальную.
Начался период реакции на недавнее засилье враждебных православию масонских кругов. Однако она носила казенно-охранительный характер. Митрополит Филарет (Дроздов) назвал этот поворот «обратным ходом ко временам схоластическим». Новый курс правительства поддерживали митрополиты: Петербургский Серафим и Киевский Евгений (Болховитинов), а у Московского архипастыря митрополита Филарета «обратный ход» вызывал горестные чувства.
После закрытия Библейского общества ревнители «обратного хода» добились прекращения работы над переводом Библии на русский язык. Усилия митрополита Филарета отстоять это дело не увенчались успехом. Для борьбы с инославными влияниями, с ересями и сектами стала строже духовная цензура, и эти цензурные строгости были направлены против всякого проявления живой богословской мысли. Напуганные разгулом «оккультного» мистицизма, ревнители «обратного хода» с опасливым недоверием стали относиться и к аскетическому мистицизму, к творениям святых отцов Макария Великого и Исаака Сирина и, по словам митрополита Филарета, «умная сердечная молитва» оказалась «уничтожена и осмеяна как зараза и пагуба». Цензура не пропускала в печать богословских сочинений А.С. Хомякова. Под подозрением оказалось даже православие митрополита Филарета.
При Николае I усилился обер-прокурорский надзор за ходом церковных дел. Обер-прокурор получил министерские полномочия. Несмотря на подозрительное отношение Николаевского двора к деятелям александровского царствования, связанным с масонскими кругами, в 1833 году обер-прокурором вместо князя П.С. Мещерского был назначен тайный масон С.Д. Нечаев (обер-прокурор 1833-1836 гг.). К духовенству он относился презрительно и враждебно, и сразу повел настоящую войну против иерархов из Синода, причем в этой борьбе не брезговал и интриганскими методами. Он инспирировал ложные доносы на архиереев, в которых те обвинялись в политической неблагонадежности, а чтобы придать доносам видимость правдоподобия, подталкивал членов Синода выражать недовольство жандармским давлением на Церковь. Нечаев добился того, что под негласный надзор поставлен был митрополит Московский Филарет. Он также окружил епископов полицейскими агентами, которые должны были доносить о каждом шаге, слове и проповеди архиерея. А последние вынуждены были оправдываться за каждое слово. Они жили в страхе, боясь принимать какие-либо решения. Митрополит Филарет выступил против такой политики обер-прокурора и царя. Он считал, что полицейская слежка за Церковью подрывала её авторитет в народе, против вмешательства бюрократии. Он указал, что источник царской власти - церковное миропомазание, которое не распространяется на царских чиновников. К голосу Филарета присоединился Синод, в котором недовольство Нечаевым стало столь велико, что иерархи решились просить государя о замене его другим лицом. В 1836 г. на место Нечаева был назначен гвардейский генерал граф Протасов – человек верующий, воспитанник частных учителей иезуитов. После отставки Нечаев поселился в Москве, посвящая свой досуг занятиям астрологией в узком кругу друзей.
Новый обер-прокурор граф Н.А. Протасов был одним из самых энергичных и умных сановников николаевской эпохи. Он получил воспитание у гувернера-иезуита, и оттого в его богословских воззрениях всегда был заметен сильный налет католицизма. Но к Риму Протасов относился недружелюбно, и в своих церковно-политических взглядах был далек от латинских тенденций.
Протасов хотел сделать государство строго конфессиональным и отрицательно относился к политике широкой веротерпимости, проводившейся при Екатерине II и Александре I. Но на Церковь он смотрел, прежде всего, с точки зрения государственного интереса, государственной пользы, видел в ней одну из опор правительства, и в этом был верным продолжателем линии Петра I и архиепископа Феофана.
От своего покровителя Николая I Протасов усвоил убеждение во всесильных возможностях канцелярского способа управления и во всемогуществе приказа свыше. Свою деятельность на посту обер-прокурора он начал с преобразования канцелярской части – увеличил число чиновников, повысил их ранги, разделил свою канцелярию на департаменты с директорами и обер-секретарями. Вскоре он подчинил себе учреждения, находившиеся прежде в ведении Синода – Духовно-учебное управление, преобразованное из Комиссии духовных училищ, подведомственной Синоду, счетную часть Синода, которую он преобразовал в Хозяйственный комитет.
Счленами Синода граф Протасов обращался заносчиво, грубо, позволяя себе кричать на них и даже пытался по-военному командовать ими. При этом он однако заботился о престиже Святейшего Синода и не позволял главам смежных министерств вмешиваться в церковные дела. Считая Русскую Православную Церковь своим ведомством, Протасов брал на себя инициативу в решении чисто церковных дел и даже вопросов богословского характера.
В конце 1830-х годов он поднял вопрос об исправлении «Катехизиса» митрополита Филарета, в котором усмотрел протестантский оттенок, заключавшийся будто бы в отсутствии 9 церковных заповедей, заимствованных митрополитом Петром Могилой в «Православное Исповедание» из католических катехизисов. «Православное Исповедание» Протасов ставил так высоко, что ввел обязательное изучение его во всех Семинариях и настаивал на том, чтобы оно было объявлено «символической книгой».
Обер-прокурор решительно возражал против перевода Библии на русский язык и предлагал Синоду объявить славянский перевод каноническим, подобно тому, как Вульгата является канонической книгой для католической церкви. Этому намерению воспротивился Московский митрополит Филарет. Предложение Протасова было отвергнуто Синодом, но вскоре после этой неудачи, в 1842 году Протасов добился удаления из Синода в свои епархии Филарета, митрополита Московского, и Киевского митрополита Филарета (Амфитеатрова).
Московский святитель, однако, и после удаления из Петербурга никуда не выезжал из Москвы, продолжал оставаться средоточием церковной жизни. Русские иерархи смотрели на него как на своего вождя и, приезжая в Москву, шли к нему за советом и руководством.
В 1843 году скончался митрополит Петербургский Серафим, который умел поддерживать хорошие отношения с обер-прокурором, потому что вполне сочувствовал протасовской церковной политике. Его преемником стал переведенный из Варшавы митрополит Антоний (Рафальский), который привлек внимание жителей столицы торжественностью и красотой совершавшихся им богослужений. После его смерти в 1848 году на его место пришел митрополит Никанор (Клементъевский).
По инициативе обер-прокурора был разработан Устав духовных консисторий, утвержденный в 1841 году, по Уставу епархиальные консистории являлись совещательными и исполнительными органами при епархиальных архиереях. Члены консисторий назначались архиереями из числа наиболее заслуженных священников. Кроме них в консисторских штатах состояли светские чиновники во главе с секретарем, которого назначал и увольнял обер-прокурор. Любое решение епархиального архиерея могло быть опротестовано секретарем, и в этом случае его исполнение приостанавливалось. В сущности, эти секретари были своеобразными местными «обер-прокурорами» практически независимыми от архиереев и имевшими огромное влияние на ход епархиальных дел.
При Протасове границы епархий были приведены в соответствие с административным делением страны на губернии. За годы царствования Николая I открыт был ряд новых епархий – Олонецкая, Саратовская, Новочеркасская, Симбирская, Томская, Херсонская, Варшавская, Камчатская, Кавказская, Рижская, Самарская, Полоцкая и Литовская.
Конец царствования совпал с неудачной для России Крымской войной, когда на стороне мусульманской Турции против России, выступившей в защиту порабощенных Портой христиан, воевали христианские государства Европы Великобритания, Франция, Сардинское королевство. Православная Церковь одушевлена была в эти годы патриотическим духом и самоотверженно служила Родине. Воодушевляло духовенство в войсках и в местах боевых действий, бойцов и жителей, заботилось о раненых, утешало их, напутствовало умиравших. Соловецкий монастырь мужественно выдержал двухдневную бомбардировку английской эскадры. Корсунский женский монастырь под Севастополем был обращен в лазарет, и инокини служили в нем сестрами милосердия. Женские обители по всей России готовили корпию и бинты для раненых. Многие из воспитанников Духовных школ записались в ополчение и отправились в действующую армию. Немало семинаристов сложило головы в боях с неприятелем. Епархиальные архиереи, монастыри, духовные школы, церковные причты собирали средства на военные нужды, на помощь раненым, инвалидам, вдовам и сиротам убитых воинов. Некоторые из архиереев пожертвовали свое жалование за все время войны.
В разгар Крымской кампании в 1855 году скончался император Николай I. Обер-прокурор Святейшего Синода граф Н.А. Протасов умер на месяц раньше монарха, которого он глубоко почитал.
Именно в его обер-прокурорство и при его поддержке в 1839 г. было ликвидировано униатство. Возвращение в православие украинских и белорусских униатов восточнее Буга создало ряд социально-экономических проблем, для решения которых Николай I издал указ выделять ежегодно полмиллиона рублей на дотации наиболее бедным сельским приходам в западных областях.
Протасов, несмотря на нелюбовь к католичеству, усвоил у них тягу к авторитаризму и централизму. Это от него пошло наименование РПЦ Ведомством православного вероисповедания. У Протасова была программа превращения Церкви в ведомство. Процесс превращения Церкви в полностью подчиненный правительству департамент, был завершен при Николае I: границы епархий полностью совпали с границами губерний, духовенство награждалось чиновичьими медалями и орденами. Отмерла традиция избрания кандидатов в священники народом. Епископов назначал царь по рекомендации Синода. Приходы передавались по наследству от отца к сыну или к дочери, выдаваемой замуж за семинариста, после брака назначаемого священником данного прихода.
Раскольники и сектанты немилосердно преследовались при Николае I, для которого вера была та же служба, что и государственная, в которой не может быть разнобоя. В Церкви Николай добивался единообразия и порядка. Особому давлению подверглись старообрядцы. В 1826 г, был повторен указ конца царствования Александра I, запрещавший строить новые старообрядческие церкви, был запрещен ремонт старых, За этим последовал приказ снять кресты со всех старообрядческих молелен и запрет на принятие «беглых попов».
Местное начальство и духовенство были материально заинтересованы в завышении числа раскольников, обращенных в православие, поэтому официальная статистика сообщала о 910 тысячах раскольников в России, и отмечала снижение их численности из года в год. Поняв ошибочность данных, Николай в 50-е гг. назначил специальные комиссии для исследования подлинного состояния, количества и разновидностей старообрядцев и сектантов. Экстраполяция переписи 1852 г дала до 10 миллионов «раскольников» всех толков, то есть почти 20 % населения и 25 % от православных.
В 1836 г. Чаадаев опубликовал «Первое философическое письмо» на французском языке. Он отрицал за Россией оригинальность, положительный вклад в сокровищницу мировой культуры. Он видел Россию паразитом на теле мировой культуры, и это его озадачивало. Чаадаев был верующим и считал, что Бог каждому народу дал миссию в истории. Не видел он миссии только у России, что нарушало всю его европоцентрическую культурологическую систему. Не имея понятия о Византии и ее культурном блеске в эпоху крещения Руси, он утверждал, что беда России в том, что она приняла христианство не от Рима, а от увядающей и пассивной Византии. Позднее он пересмотрел культурологическую схему в эссе «Апология сумасшедшего». Чаадаев остался при своей невежественной картине увядающей Византии, но выдвинул тезис, что именно России, не обремененной тяжелым историко-культурным багажом Европы, принадлежит будущее и она сможет брать лучшее у Европы,не повторяя ее ошибок. «Первым письмом» Чаадаев взбудоражил русскую общественность, бросил вызов России и ее культуре. Общество разделилось. Одни приняли схему Чаадаева некритически, и от них пошло так называемое западничество, другие кинулись изучать русские архивы, летописи, древнерусскую литературу, искусство и, наконец, духовное наследие Руси: православие, восточных Отцов Церкви. Отсюда - увлечение Оптиной пустынью, где занимались переводом и публикацией работ но святоотеческому богословию. Это второе течение получило название «славянофилы » от противников, однако оно привилось и потеряло первоначальное уничижительное значение.