В начале царствования Петра I продолжали функционировать прежние органы центральной государственной власти и управления, в частности Боярская дума, однако уже в конце столетия ситуация стала кардинально меняться.
В 1699 г. была создана Ближняя канцелярия царя, в 1704 г. на смену ей пришел Кабинет его величества, который возглавил кабинет-секретарь царя Алексей Васильевич Макаров, а в 1708 г. Ближняя канцелярия была преобразована в Консилию министров.
Окончательно Петр похоронил Боярскую думу в феврале 1711 г., когда перед своим отъездом в Прутский поход учредил «для отлучек наших» высший исполнительный, законодательный и судебный орган страны — Правительствующий сенат, «которому всяк и их указам да будет послушен, как нам самому, под жестоким наказанием, или и смертью, смотря по вине».
Поначалу членами Сената стали девять человек, представлявшие на паритетных началах интересы аристократии, провинциального дворянства и купечества: М.В. Долгоруков, Г.И. Волконский, П.А. Голицын, Г.А. Племянников, Т.Н. Стрешнев, И.А. Мусин-Пушкин, М.М. Самарин, В.А. Апухтин и Н.П. Мельницкий. Однако затем, в 1717;1720 гг., в процессе создания коллегиальной системы управления, его состав существенно расширился за счет всех президентов только что созданных коллегий.
Делопроизводством Сената ведала специальная Сенатская канцелярия, которую возглавил обер-секретарь Анисим Яковлевич Щукин. В том же 1711 г. Петр учредил институт фискалов, главной функцией которых стал негласный надзор за деятельностью всех центральных и губернских учреждений, «дабы никто от службы не ухоранивался и прочего худа не чинил».
Во главе этого нового института государственной власти стоял обер-фискал, которым был назначен «дядька» и воспитатель царя Никита Моисеевич Зотов.
В 1721 г. была проведена сенатская реформа, в результате которой:
1) Сенат стал высшим над ведомственным государственным учреждением Российской империи;
2) президенты коллегий были исключены из его состава, и отныне членами Сената назначались только высшие сановники империи первых трех классов, установленных «Табелью о рангах».
В январе 1722 гг. при Сенате были введены должность генерал-прокурора и обер-прокурора, которые подчинялись только государю. Главной задачей этих высших должностных лиц, в ведении которых находился внушительный штат прокуроров и фискалов, стал гласный (прокуроры) и тайный (фискалы) надзор за точным исполнением законов и охрана правопорядка.
Первым генерал-прокурором Сената, который, по определению Петра, был «оком царевым и стряпчим о делах государственных», стал Павел Иванович Ягужинский.
В 1717;1722 гг. вместо многочисленных государственных и дворцовых приказов и канцелярий были созданы принципиально новые органы центрального отраслевого управления — коллегии, с четким разграничением их функций и компетенций. Первоначально, в., было создано тринадцать коллегий:
1) Коллегия иностранных дел,
2) Коллегия военная,
3) Коллегия адмиралтейская(морская),
4) Штатс-коллегия (ведомство расходов),
5) Камер-коллегия(ведомство доходов),
6) Юстиц-коллегия (судебная),
7) Ревизион-коллегия(финансовый контроль),
8) Коммерц-коллегия (торговая),
9) Мануфактур-коллегия (промышленность),
10) Берг-коллегия (горное дело),
11) Вотчинная коллегия (земельные отношения аналог нашего Росреестра) раздача переход и регистрация поместий и вотчин.
12) Главный Магистрат (городское управление).
13 Святейший Правительствующий Синод (официально заработал 14 февраля 1721 в сентябре 1723 года Константинопольский и Антиохийский патриархи особой грамотой признали Святейший Синод своим «во Христе братом», обладающим равно патриаршим достоинством.
13.1. январь 1725 Монастырский приказ был преобразован в Камер- Контору.
Первоначально деятельность всех коллегий определялась собственными регламентами, но в 1720 г. был издан «Генеральный регламент», состоящий из 56 глав, который установил единообразное организационное устройство и порядок деятельности всех коллегий за исключением деятельности Святейшего Правительствующего Синода у которого был собственный регламент.
Согласно этому регламенту, каждая коллегия состояла из «присутствия», куда входили президент, вице-президент, четыре советника и четыре асессора, и канцелярии, которая состояла из довольно внушительного и строго регламентированного штата чиновников. Подобно Сенату все решения в каждой коллегии принимались голосованием, при этом ее президент, как и все другие члены «присутствия», обладал только одним голосом.
Таким образом, в 1722 г. была полностью завершена реформа всей системы центрального управления, и вместо громоздкой приказной системы созданы 12 коллегий, которым подчинялась вся губернская, провинциальная и уездная администрация.