Размер НДС, как и множество прочих закрепленных российским налоговым законодательством налогов и сборов, должна рассчитываться налогоплательщиком самостоятельно исходя из действующих налоговых ставок, базы налога учитывая льготы, рассрочки и отсрочки.
Размер НДС вычисляется как определенный налоговой ставкой процент от налоговой базы.
В случае, когда речь идет о продукции, облагаемой разными ставками, итоговая сумма налога будет представлять из себя итог суммирования налогов, исчисляемых раздельно в соответствии со ставками налогов, как процентная доля соответствующей ставке налоговой базы. Также следует упомянуть о том, что рассчитываемый налог должен определяться по итогу каждого из налоговых периодов, и применяться ко всем типам операций связанных с реализацией товаров, работ, услуг. При этом дата реализации по факту должна быть произведена в соответствующий налоговый период, а также должны быть учтены все изменения, увеличивающие или уменьшающие налоговую базу в рассматриваемом налогом периоде.
В том случае, когда налогоплательщик не в состоянии предоставить должный бухгалтерский учет или не ведет учет объектов налогообложения, органы налогового контроля, руководствуясь НК РФ, имеют полное право исчислить для налогоплательщика такую величину налога, подлежащего уплате, которая с помощью расчётов, на основании имеющихся данных, будет соответствовать аналогичным налогоплательщикам.
Определенные в соответствиях с налоговыми базами и установленными ставками суммы налога, должны предъявляться налогоплательщиками при совершении сделок по реализации товаров, работ, услуг по свободным отпускным ценам или тарифам покупателю дополнительно к цене или тарифу. Аналогичен порядок применения при реализации налогоплательщиками товаров, работ, услуг по регулируемым государством оптовым ценам и тарифам, в которые НДС не включен. В этом случае соответствующий размер налога должен быть выделен в отдельную строку в расчетных документах, в том числе в реестре чеков и в реестре на получение средств с аккредитивов, в первичной учетной документации и в счет-фактуре. При продаже товаров, работ, услуг населению по розничной цене или тарифу соответствующий размер налога должен включаться в указанную цену или тариф продукта. При этом на ярлыке товара и ценнике, выставленном продавцом, кроме этого на чеке и других выдаваемых покупателю документах, сумма налога выделяться не должна.
Особое внимание налоговое законодательство выделяет заполнению счет-фактуры, которая является одной из основных частей финансового документа для контроля за облагаемыми оборотами и собственно за вычислением налога на добавленную стоимость, а также при возмещении или вычете оплаченного налога. Помимо установленных реквизитов в счете-фактуре в отдельной строке должны быть в непременном порядке выделены данные, которые необходимы для исчисления и уплаты налога. В их число входят: сумма акцизов по подакцизным товарам, ставка НДС, величина налога, предъявляемого для покупателя товаров, работ, услуг и имущественного права за всю поставляемую или отгруженную по счету-фактуре продукцию в виде товаров, работ, услуг и имущественного права с НДС.
Реализация товаров, работ, услуг и имущественного права, связанная с операциями освобожденными от налогообложения, также должна быть выписана и выдана счета-фактура. В таком случае в ней не выделяется соответствующая величина налогов.
Всякий налогоплательщик, при реализации своей продукции и выделяет в расчетных документах НДС, но одновременно с этим он является и покупателем сырья, материалов, топлива, энергии и других товаров, работ, услуг, без которых невозможно производство его продукции. Соответственно и получаемые им от продавцов расчетные документы также содержат выделенный НДС поверх цены на эти сырье, материалы и т.д.
В налоговом законодательстве предусмотрено, что величина налога, предъявляемая налогоплательщику при приобретении им в целях производства: сырья, материалов, топлива, энергии и других товаров, работ, услуг, не включается в расходы, принимаемых к вычету при исчислении налога на прибыль организаций, и учитываются раздельно. Аналогичный порядок установлен в части величины налога, фактически уплаченного налогоплательщиком при ввозе сырья на территорию России.
Кроме этого налоговый кодекс РФ предусмотрел и исключительные случаи, когда предъявленная или уплаченная налогоплательщиком величина НДС может быть включена в затраты налогоплательщика на производство и реализацию продукции. Данное исключение может быть применено, в случае когда приобретенные или оплаченные товары, работы, услуги используются при производстве или реализации продукции, в которых операции по реализации не подлежат налогообложению, т.е. освобождаются от налогообложения.
К примеру в затраты производства могут быть включена, т.е. могут не учитываться раздельно, предъявленная или уплаченная величина НДС, в случае когда использованная приобретенная продукции, при производстве или передаче товаров, работ, услуг, для собственных нужд и не подлежат налогообложению. А также, не учитываются раздельно предъявленная или уплаченная величина НДС при реализации товара, выполнения работы или оказания услуги, местом реализации которого лежит за пределами территории РФ.
В результате исполнения всех положенных по закону вычетов остается величина налога, которая подлежит уплате налогоплательщиком в бюджет.