Свирская губа и ее окрестности - одно из важнейших в Северо-Западном регионе мест остановок водоплавающих и околоводных птиц на весеннем, летнем и осеннем пролете. Высока здесь и концентрация гнездящихся птиц (Носков и др. 1981; Мальчевский, Пукинский 1983; Носков, 1990). Ниже приводится характеристика значения угодья для разных групп водно-болотных птиц.
Гагары (2 вида). За весну через Свирскую губу пролетает несколько сотен особей чернозобой гагары (Gavia arctica), за осень - до 10 - 15 тысяч. Отдельные пары гнездятся в Нижне-Свирском заповеднике. Краснозобая гагара (G. stellata) немногочисленна на пролете.
Поганки (5 видов). Наиболее заметны на весеннем пролете. В Свирской губе останавливается за весну более 1000 особей. На гнездовании - десятки пар чомги (Podiceps cristatus), отдельные пары красношейной (P. auritus) и малой (P. ruficollis) поганок.
Лебеди (2 вида). Встречаются только на пролете. За весну в Свирской губе останавливаются 3-5 тысяч кликунов (Cygnus cygnus) и до 500 - 1000 тундряных лебедей (C. bewickii). Осенняя миграция идет, в основном, транзитом.
Гуси (6 видов). На территории угодья располагается часть грандиозной стоянки гусей, имеющей важнейшее значение для миграций этих птиц на Беломоро-Балтийском пути (Носков, 1990). В пределах угодья основные места кормежки гусей расположены на польдерах междуречья Свири, Ояти и Паши (Доможировских полях), а места ночевок - на верховых болотах в Нижне-Свирском заповеднике. За весну общая численность гусей достигает 100 - 150 тысяч, примерно две трети из них составляют гуменники (Anser fabalis), а большинство остальных - белолобые гуси (A. albifrons). Осенний пролет, еще более массовый, чем весенний, идет, в основном, транзитом. Вплоть до начала XX века в дельте Свири гнездились серые гуси (A. anser). При наличии охраны возможна их реинтродукция.
Речные утки (8 видов). В течение весеннего пролета в Свирской губе останавливается не менее 50-70 тысяч птиц (преимущественно, кряква, чирок-свистунок, широконоска, шилохвость, свиязь). В дельте Свири гнездятся сотни пар.
Нырковые утки (11 видов). В период весенней миграции общая численность достигает 400-600 тысяч, из них не менее 1/3 задерживаются на стоянках. Массовые виды - хохлатая чернеть (Aythya fuligula) - до 100 тысяч, морская чернеть (A. marila) - до 150 тысяч, синьга (Melanitta nigra) - до 200 тысяч. Десятки пар хохлатой чернети, красноголового нырка, гоголя гнездятся, в основном, в Загубской губе и на зарастающих озерах дельты Свири. Во время летней миграции на линьку отмечаются скопления речных и нырковых уток в сотни особей. Осенняя миграция всех видов уток идет, в основном, транзитом, но в дельте Свири останавливается за сезон до нескольких десятков тысяч птиц.
Журавлеобразные (6 видов). Несколько десятков пар серых журавлей (Grus grus) гнездятся на верховых болотах Нижне-Свирского заповедника. Летние скопления десятков не гнездящихся особей отмечены на полях в междуречье Свири, Паши и Косопаши. Там же сотни журавлей традиционно останавливаются в период осенней миграции.
Пастушковые птицы многочисленны на гнездовании на островах дельты Свири, в Загубской губе и в тростниковых зарослях побережья Свирской губы. Обычны погоныш (Porzana porzana) и лысуха (Fulica atra). Отмечены на гнездовании водяной пастушок (Rallus aquaticus), малый погоныш (P. parva) и погоныш-крошка (P. pusilla).
Кулики. На пролете встречается 27 видов. Концентрация пролетных куликов наблюдается на побережье Свирской губы (зуйки, песочники, улиты), на верховых болотах (кроншнепы, ржанки, бекас, дупель, гаршнеп) и на акватории Ладожского озера (круглоносый плавунчик, стаи до 5-8 тысяч особей). Из гнездящихся видов наиболее интересны большой и средний кроншнепы (Numenius arquata, N. phaeopus), золотистая ржанка (Charadrius apricarius), гаршнеп (Lymnocryptes minima) и дупель (Gallinago media).
Чайки (6 видов). Наиболее многочисленными на пролете и гнездовании являются озерная чайка (Larus ridibundus) и серебристая чайка (L. argentatus). Известны гнездовые колонии малой чайки (L. minutus) - до 150 пар.
Крачки (5 видов). Отмечены на пролете и гнездовании речная крачка (Sterna hirundo) и черная крачка (Chlidonias nigra). Регулярно отмечается редкая для региона малая крачка (Sterna albifrons).
На пролете и гнездовании на территории водно-болотного угодья отмечены 44 вида птиц, занесенных в Красные Книги Балтийского региона и Советского Союза. Свирская губа Ладожского озера имеет большое значение для лебедей, гусей и уток, занесенных в Красные Книги, как стратегически важное место стоянок на весеннем пролете. Особенно это касается серого гуся, весьма редкого на Северо-Западе России, а также пискульки, численность которой повсеместно резко снизилась за последние 10-15 лет. Для "краснокнижных" поганок, уток, пастушковых и некоторых куликов (гаршнепа, дупеля, большого веретенника) угодье также является ценным гнездовым резерватом, где могут размножаться десятки пар этих птиц. Последнее справедливо и для хищных птиц и сов. На территории угодья гнездятся 4-5 пар скопы, 3-4 пары орлана-белохвоста, 3-5 пар кобчика (в отдельные годы), 4-6 пар филина. Предполагается гнездование беркута и большого подорлика, ежегодно встречающихся здесь в летнее время.