Дисциплина «Системная биология» относится к дисциплине по выбору.
Дисциплина изучается на _2_ курсе в _3_ семестре по очной форме обучения.
Для освоения дисциплины необходимы компетенции, сформированные в рамках изучения следующих дисциплин: Математика, Информатика, Биохимия, Молекулярная биология.
Целью учебной дисциплины «Системная биология» является формирование у студентов представлений об организации и разнообразии информации о структуре биологических макромолекул и возможностях ее обработки, формирование у студентов базовых знаний о современных методах моделирования биологических систем в диапазоне от молекул до целых организмов,навыков работы с данными на персональном компьютере, поиска информации в области молекулярной биологии.
Задачи дисциплины
- освоение студентами базовых понятий и определений системной биологии;
- приобретение знаний о различных методах моделирования биологических систем, областях их применимости и использования;
- приобретение знаний об основных источниках информации, данных используемых в современной вычислительной и экспериментальной системной биологии;
- моделирование свойств динамических биосистем с дискретным (имеющим рамки) и непрерывным временем (большая часть биосистем).
В результате освоения дисциплины обучающийся должен:
Знать:
o принципы структурной организации биологических макромолекул;
o способы записи информации о структуре макромолекул;
o принципы и правила оценки сходства последовательностей;
o закономерности формирования пространственных структур;
o принципы построения филогенетических деревьев;
o возможности использования средств и ресурсов сети Интернет.
Уметь:
· оценивать степень сходства последовательностей;
· производить поиск гомологов, определять существенные признаки сходства и различия между ними;
· в общих чертах определять элементы пространственной структуры и свойства белка на основе закономерностей первичной структуры;
· определять вторичную, третичную структуры макромолекул на основе данных структурного анализа;
· эффективно использовать ресурсы сети Интернет для получения информации в области профессиональной деятельности.
Владеть:
- навыками поиска информации, необходимой для построения модели биологической системы.
Содержание рабочей программы (объем дисциплины, типы и виды учебных занятий, учебно-методическое обеспечение самостоятельной работы обучающихся)
МИНОБРНАУКИ РОССИИ
ФГБОУ ВО «БАШКИРСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ»
БИОЛОГИЧЕСКИЙ ФАКУЛЬТЕТ
СОДЕРЖАНИЕ РАБОЧЕЙ ПРОГРАММЫ
дисциплины Системная биология на 3 семестр 2 курса
Очная форма обучения
| Вид работы | Объем дисциплины |
| Общая трудоемкость дисциплины (ЗЕТ / часов) | 2/72 |
| Учебных часов на контактную работу с преподавателем: | |
| лекций | |
| практических/ семинарских | |
| лабораторных | |
| других (групповая, индивидуальная консультация и иные виды учебной деятельности, предусматривающие работу обучающихся с преподавателем) (ФКР) | 0,2 |
| Учебных часов на самостоятельную работу обучающихся (СР) | 35,8 |
| Учебных часов на подготовку к экзамену/зачету/дифференцированному зачету (Контроль) |
Форма контроля:
Зачет 3семестр
| № п/п | Тема и содержание | Форма изучения материалов: лекции, практические занятия,семинарскиезанятия,лабораторныеработы,самостоятельная работа и трудоемкость (в часах) | Основная и дополнительная литература, рекомендуемая студентам (номера из списка) | Задания по самостоятельной работе | Форма текущего контроля успеваемости (коллоквиумы, контрольные работы, компьютерные тесты и т.п.) | ||||
| ЛК | ПР/СЕМ | ЛР | СР | ||||||
| 1. | Технологии секвенирования белков и нуклеиновых кислот | Основная литература: 1-3 Дополнительная литература: | Программирование в биоинформатике. Язык Perl. | Устный опрос | |||||
| 2. | Банки данных биологической информации. Поиск. | Основная литература: 1-3 Дополнительная литература: | Генетическое картирование. | Тестирование | |||||
| 3. | Сравнение последовательностей. Парное и множественное выравнивание. | Основная литература: 1-3 | Способы получения пространственных структур биологических макромолекул (РСА, ЯМР и др.). Классификация и иерархия белковых структур. Структурные мотивы. | Контрольная работа | |||||
| 4. | Базы данных – особая форма упорядочения информации. Разновидности баз данных. Реляционные БД. СУБД MS Access. Таблица – базовая единица реляционной базы данных. Запись и поле. Первичный и вторичный ключи. Связи, виды связей, применение. Создание БД, заполнение таблиц, задание структуры данных. Запросы. Отчеты. Кнопочные формы. Язык структурированных запросов SQL – универсальный инструмент работы с БД. | 8,8 | Основная литература: 1-3 | Филогенетическая биоинформатика в систематике живых организмов. | Устный опрос | ||||
| Всего часов: | 35,8 | ||||||||