Критерии оценки (в баллах)

- 1 балл выставляется студенту, если ответ по семинарскому занятию неполный, демонстрирующий поверхностное знание и понимание материала;

- 2 балла выставляется студенту, если ответ по семинарскому занятию полный, развернутый с некоторыми несущественными погрешностями;

- 3 балла выставляется студенту, если ответ по семинарскому занятию полный, развернутый, показана совокупность глубоких, осмысленных системных знаний объекта и предмета изучения.

Задания для контрольной работы

Подготовка контрольной работы по курсу является одной из форм обучения, которая позволяет студенту проявить навыки самостоятельной работы. Выполнение контрольной работы преследует цель формирования специальных и общих навыков с учебниками, научной и справочной литературой.

Контрольная работа

Вариант № 1

1. Какие записи соответствуют формату FASTA?

2. Алгоритм Нидлмана - Вунша

3. Метод ближайшего соседа

Вариант № 2

1. Наследование признаков, сцепленных с полом

2. Метод попарного среднего

3. Формат Newick

Вариант № 3

1. Счет выравнивания, штрафы

2. Алгоритм Смита - Ватермана

3. Метод наибольшего правдоподобия

Вариант № 4

1. Алгоритм ClustalW

2. Поиск гомологичных последовательностей

3. Множественное выравнивание

Вариант № 5

1. Эвристические алгоритмы

2. Параметры, определяющие конформацию макромолекулы

3. Способы кластеризации объектов

Вариант № 6

1. Генетическое картирование

2. Хромосомная теория наследственности по Т. Моргану.

3. Основные разделы NCBI

Вариант № 7

1. Серии матриц PAM и BLOSUM

2. Биологический смысл использования аффинного штрафа

3. Примеры взаимодействия неаллельных генов

Вариант № 8

1. Точечные матрицы сходства

2. Классификация и иерархия белковых структур

3. Оценка выравнивания

Вариант № 9

1. Правила объединения групп

2. Виды филогенетических деревьев

3. Запись кладограмм и филограмм

Вариант № 10

1. Фильтрация шума на матрицах

2. Дерево как граф

3. Принципы построения и использования матриц расстояний

Критерии оценки (в баллах)

- 0 баллов выставляется студенту, если он отказывается от написания контрольной работы, не знает материал;

- 2 балла выставляется студенту, если ответ по контрольной работе неполный, демонстрирующий поверхностное знание и понимание материала;

- 4 балла выставляется студенту, если ответ по контрольной работе полный, развернутый с некоторыми несущественными погрешностями;

- 5 баллов выставляется студенту, если ответ по контрольной работе полный, развернутый, показана совокупность глубоких, осмысленных системных знаний объекта и предмета изучения.

Темы рефератов

1. Организм и энергия. Преобразование энергии в процессе жизнедеятельности организмов.
2. Синтез белка в клетке и его регуляция.
3. Популяционная генетика. Генетическое равновесие в популяции и причины его нарушения.
4. Особенности методов генной и клеточной инженерии. Биотехнология – перспективы и достижения.
5. Задачи и методы селекции (инбридинг, полиплоидия, искусственный мутагенез, отдаленная гибридизация, явление гетерозиса). Закон гомологических рядов наследственной изменчивости.
6. Примеры взаимодействия неаллельных генов. Цитоплазматическая наследственность. Наследование признаков, сцепленных с полом.
7. Закономерности наследования по Г. Менделю. Хромосомная теория наследственности по Т. Моргану.

8. Способы получения пространственных структур биологических макромолекул (РСА, ЯМР и др.)

9. Исследование путей обмена веществ методами сравнительной геномики

Генетическое картирование

10. Классификация и иерархия белковых структур. Структурные мотивы.

11. Филогенетическая биоинформатика в систематике живых организмов.

12. Программирование в биоинформатике. Язык Perl.

1. Способы описания первичной структуры белков и нуклеиновых кислот. Формат FASTA.
2. Матрицы аминокислотных и нуклеотидных замен. Серии матриц PAM и BLOSUM.
3. Оценка выравнивания. Счет выравнивания, штрафы. Линейный и аффинный штраф за делецию. Биологический смысл использования аффинного штрафа.
4. Парное и множественное выравнивание.
5. Способы получения выравнивания. Точечные матрицы сходства. Фильтрация шума на матрицах. Интерпретация.
6. Алгоритм Нидлмана - Вунша. Глобальное выравнивание. Алгоритм Смита - Ватермана. Локальное выравнивание, его использование.
7. Множественное выравнивание. Консенсус и профиль выравнивания. Интерпретация результатов множественного выравнивания.
8. Эвристические алгоритмы, их преимущества и недостатки. Обоснование необходимости их применения. Алгоритм ClustalW.
9. Прогрессивное выравнивание и выравнивание "последовательность - профиль". Современные методы множественного выравнивания. Программы и веб-сервисы.
10. Оценка статистической достоверности выравнивания. ПодходBootstrap. z-score, p-value, E-value. Интерпретация.
11. Базы и банки данных первичных и высших структур биологических макромолекул, их функциональных свойств и другой информации. Классификация баз данных. Идентификаторы.
12. Алгоритмы поиска информации в базах данных. Фильтрация. Синтаксис поискового запроса в NCBI. Основные разделы NCBI.
13. Поиск гомологичных последовательностей. Алгоритм FASTA. k-tuple. Алгоритм BLAST. Терминология. Параметры поиска.
14. Базы данных и способы записи информации о структуре молекул. Структура файла PDB.
15. Программы для визуализации структур, возможности и режимы работы. Идентификаторы баз данных.
16. Параметры, определяющие конформацию макромолекулы. Обозначения торсионных углов полинуклеотида и полипептида.
17. Карты Рамачандрана - графическое описание конформации полипептида.
18. Виды филогенетических деревьев. Понятия и термины. Дерево как граф. Гомологи, ортологи и паралоги.
19. Способы кластеризации объектов. Определение расстояния между объектами по одной или нескольким переменным.
20. Принципы построения и использования матриц расстояний. Правила объединения групп.
21. Метод ближайшего соседа, метод попарного среднего, метод максимальной экономии и метод наибольшего правдоподобия. Биологический смысл использования данных методов.
22. Формат Newick. Запись кладограмм и филограмм. Интерпретация.
23. Программные средства построения филогенетических деревьев.