Перечень компетенций с указанием этапов их формирования в процессе освоения образовательной программы. Описание показателей и критериев оценивания компетенций на различных этапах их формирования, описание шкал оценивания
Код и формулировка компетенции способностью решать стандартные задачи профессиональной деятельности на основе информационной и библиографической культуры с применением информационно-коммуникационных технологий и с учетом основных требований информационной безопасности (ОПК-1)
| Этап (уровень) освоения компетенции | Планируемые результаты обучения (показатели достижения заданного уровня освоения компетенций) | Критерии оценивания результатов обучения | |
| «Незачтено» | «Зачтено» | ||
| Первый этап (уровень) | Знать: воспроизводить и объяснять учебный материал с требуемой степенью научной точности и полноты | Объем знаний оценивается на 59 и ниже баллов от требуемых Не воспроизводит и не объясняет учебный материал с требуемой степенью научной точности и полноты | Объем знаний оценивается от 60 до 110 баллов от требуемых Хорошо воспроизводит и объясняет учебный материал с требуемой степенью научной точности и полноты |
| Второй этап (уровень) | Уметь: решать стандартные задачи профессиональной деятельности на основе информационной и библиографической культуры. Решать типичные задачи профессиональной деятельности на основе воспроизведения стандартных алгоритмов. Применять информационно-коммуникационные технологии с учетом основных требований информационной безопасности | Объем умений оценивается на 59 и ниже баллов от требуемых Не решает стандартные задачи профессиональной деятельности на основе стандартных алгоритмов. Не применяет информационно-коммуникационные технологии с учетом основных требований информационной безопасности | Объем умений оценивается от 60 до 110 баллов от требуемых Хорошо решает стандартные задачи профессиональной деятельности на основе стандартных алгоритмов. Применяет информационно-коммуникационные технологии с учетом основных требований информационной безопасности |
| Третий этап (уровень) | Владеть: понятийным и терминологическим аппаратом дисциплины. Иностранным языком в объеме, необходимом для возможности получения информации из зарубежных источников; опытом выражения своих мыслей и мнения в межличностном и деловом общении на иностранном языке. Навыками использования современных информационных технологий для решения профессиональных задач | Объем владения оценивается на 59 и ниже баллов от требуемых Не владеет понятийным и терминологическим аппаратом дисциплины. Навыками использования современных информационных технологий для решения профессиональных задач | Объем владения оценивается от 60 до 110 баллов от требуемых Хорошо владеет понятийным и терминологическим аппаратом дисциплины. Навыками использования современных информационных технологий для решения профессиональных задач |
Код и формулировка компетенции способностью применять современные представления об основах биотехнологических и биомедицинских производств, генной инженерии, нанобиотехнологии, молекулярного моделирования (ОПК-11)
| Этап (уровень) освоения компетенции | Планируемые результаты обучения (показатели достижения заданного уровня освоения компетенций) | Критерии оценивания результатов обучения | |
| «Незачтено» | «Зачтено» | ||
| Первый этап (уровень) | Знать: воспроизводить и объяснять учебный материал с требуемой степенью научной точности и полноты. Теоретические и практические основы биотехнологических и биомедицинских производств, генной инженерии, нанобиотехнологии, молекулярного моделирования | Объем знаний оценивается на 59 и ниже баллов от требуемых Не воспроизводит и не объясняет учебный материал с требуемой степенью научной точности и полноты. | Объем знаний оценивается от 60 до 110 баллов от требуемых Хорошо воспроизводит и объясняет учебный материал с требуемой степенью научной точности и полноты. |
| Второй этап (уровень) | Уметь: решать типичные задачи профессиональной деятельности на основе воспроизведения стандартных алгоритмов | Объем умений оценивается на 59 и ниже баллов от требуемых Не умеет решать типичные задачи профессиональной деятельности на основе воспроизведения стандартных алгоритмов | Объем умений оценивается от 60 до 110 баллов от требуемых Хорошо решает типичные задачи профессиональной деятельности на основе воспроизведения стандартных алгоритмов |
| Третий этап (уровень) | Владеть: понятийным и терминологическим аппаратом дисциплины. Методами биотехнологических и биомедицинских производств, генной инженерии, нанобиотехнологии, молекулярного моделирования | Объем владения оценивается на 59 и ниже баллов от требуемых Не владеет понятийным и терминологическим аппаратом дисциплины, методами биотехнологических и биомедицинских производств, генной инженерии, нанобиотехнологии, молекулярного моделирования | Объем владения оценивается от 60 до 110 баллов от требуемых Владеет понятийным и терминологическим аппаратом дисциплины, методами биотехнологических и биомедицинских производств, генной инженерии, нанобиотехнологии, молекулярного моделирования |
Код и формулировка компетенции способностью применять современные методы обработки, анализа и синтеза полевой, производственной и лабораторной биологической информации, правила составления научно-технических проектов и отчетов (ПК-4)
| Этап (уровень) освоения компетенции | Планируемые результаты обучения (показатели достижения заданного уровня освоения компетенций) | Критерии оценивания результатов обучения | |
| «Незачтено» | «Зачтено» | ||
| Первый этап (уровень) | Знать: современные методы обработки, анализа и синтеза полевой, производственной и лабораторной биологической информации, правила составления научно-технических проектов и отчетов | Объем знаний оценивается на 59 и ниже баллов от требуемых Не знает современные методы обработки, анализа и синтеза полевой, производственной и лабораторной биологической информации, правила составления научно-технических проектов и отчетов | Объем знаний оценивается от 60 до 110 баллов от требуемых Знает современные методы обработки, анализа и синтеза полевой, производственной и лабораторной биологической информации, правила составления научно-технических проектов и отчетов |
| Второй этап (уровень) | Уметь: применять современные методы обработки, анализа и синтеза полевой, производственной и лабораторной биологической информации, правила составления научно-технических проектов и отчетов | Объем умений оценивается на 59 и ниже баллов от требуемых Не умеет применять современные методы обработки, анализа и синтеза полевой, производственной и лабораторной биологической информации, правила составления научно-технических проектов и отчетов | Объем умений оценивается от 60 до 110 баллов от требуемых Применяет современные методы обработки, анализа и синтеза полевой, производственной и лабораторной биологической информации, правила составления научно-технических проектов и отчетов |
| Третий этап (уровень) | Владеть: современными методами обработки, анализа и синтеза полевой, производственной и лабораторной биологической информации, правилами составления научно-технических проектов и отчетов | Объем владения оценивается на 59 и ниже баллов от требуемых Не владеет современными методами обработки, анализа и синтеза полевой, производственной и лабораторной биологической информации, правилами составления научно-технических проектов и отчетов | Объем владения оценивается от 60 до 110 баллов от требуемых Владеет современными методами обработки, анализа и синтеза полевой, производственной и лабораторной биологической информации, правилами составления научно-технических проектов и отчетов |
Код и формулировка компетенции способностью использовать основные технические средства поиска научно-биологической информации, универсальные пакеты прикладных компьютерных программ, создавать базы экспериментальных биологических данных, работать с биологической информацией в глобальных компьютерных сетях (ПК-8)
| Этап (уровень) освоения компетенции | Планируемые результаты обучения (показатели достижения заданного уровня освоения компетенций) | Критерии оценивания результатов обучения | |
| «Незачтено» | «Зачтено» | ||
| Первый этап (уровень) | Знать: основные технические средства поиска научно-биологической информации, универсальные пакеты прикладных компьютерных программ, создавать базы экспериментальных биологических данных, работать с биологической информацией в глобальных компьютерных сетях | Объем знаний оценивается на 59 и ниже баллов от требуемых Не знает основные технические средства поиска научно-биологической информации, универсальные пакеты прикладных компьютерных программ. | Объем знаний оценивается от 60 до 110 баллов от требуемых Знает основные технические средства поиска научно-биологической информации, универсальные пакеты прикладных компьютерных программ. |
| Второй этап (уровень) | Уметь: использовать основные технические средства поиска научно-биологической информации, универсальные пакеты прикладных компьютерных программ, создавать базы экспериментальных биологических данных, работать с биологической информацией в глобальных компьютерных сетях | Объем умений оценивается на 59 и ниже баллов от требуемых Не умеет использовать основные технические средства поиска научно-биологической информации, универсальные пакеты прикладных компьютерных программ. | Объем умений оценивается от 60 до 110 баллов от требуемых Умеет использовать основные технические средства поиска научно-биологической информации, универсальные пакеты прикладных компьютерных программ. |
| Третий этап (уровень) | Владеть: основными техническими средствами поиска научно-биологической информации, универсальными пакетами прикладных компьютерных программ, базами экспериментальных биологических данных, биологической информацией в глобальных компьютерных сетях | Объем владения оценивается на 59 и ниже баллов от требуемых Не владеет основными техническими средствами поиска научно-биологической информации, универсальными пакетами прикладных компьютерных программ. | Объем владения оценивается от 60 до 110 баллов от требуемых Владеет основными техническими средствами поиска научно-биологической информации, универсальными пакетами прикладных компьютерных программ. |
Критериями оценивания являются баллы, которые выставляются преподавателем за виды деятельности (оценочные средства) по итогам изучения модулей (разделов дисциплины), перечисленных в рейтинг-плане дисциплины (для зачета: текущий контроль – максимум 50 баллов; рубежный контроль – максимум 50 баллов, поощрительные баллы – максимум 10).
Шкала оценивания:
для зачета:
зачтено – от 60 до 110 рейтинговых баллов (включая 10 поощрительных баллов),
незачтено – от 0 до 59 рейтинговых баллов).
Типовые контрольные задания или иные материалы, необходимые для оценки знаний, умений, навыков и опыта деятельности, характеризующих этапы формирования компетенций в процессе освоения образовательной программы. Методические материалы, определяющие процедуры оценивания знаний, умений, навыков и опыта деятельности, характеризующих этапы формирования компетенций
| Этапы освоения | Результаты обучения | Компетенция | Оценочные средства |
| 1-й этап Знания | Знать: воспроизводить и объяснять учебный материал с требуемой степенью научной точности и полноты | способностью решать стандартные задачи профессиональной деятельности на основе информационной и библиографической культуры с применением информационно-коммуникационных технологий и с учетом основных требований информационной безопасности (ОПК-1) | Индивидуальный, групповой опрос; тестирование; письменные ответы на вопросы; устный опрос (вопросы для самоконтроля); лабораторные работы; контрольные работы; собеседование; рабочая тетрадь |
| Знать: воспроизводить и объяснять учебный материал с требуемой степенью научной точности и полноты. Теоретические и практические основы биотехнологических и биомедицинских производств, генной инженерии, нанобиотехнологии, молекулярного моделирования | способностью применять современные представления об основах биотехнологических и биомедицинских производств, генной инженерии, нанобиотехнологии, молекулярного моделирования (ОПК-11) | Индивидуальный опрос; рабочая тетрадь, собеседование | |
| Знать: современные методы обработки, анализа и синтеза полевой, производственной и лабораторной биологической информации, правила составления научно-технических проектов и отчетов | способностью применять современные методы обработки, анализа и синтеза полевой, производственной и лабораторной биологической информации, правила составления научно-технических проектов и отчетов (ПК-4) | Индивидуальный опрос; рабочая тетрадь, собеседование | |
| Знать: основные технические средства поиска научно-биологической информации, универсальные пакеты прикладных компьютерных программ, создавать базы экспериментальных биологических данных, работать с биологической информацией в глобальных компьютерных сетях | способностью использовать основные технические средства поиска научно-биологической информации, универсальные пакеты прикладных компьютерных программ, создавать базы экспериментальных биологических данных, работать с биологической информацией в глобальных компьютерных сетях (ПК-8) | Индивидуальный опрос; рабочая тетрадь, собеседование | |
| 2-й этап Умения | Уметь: решать стандартные задачи профессиональной деятельности на основе информационной и библиографической культуры. Решать типичные задачи профессиональной деятельности на основе воспроизведения стандартных алгоритмов. Применять информационно-коммуникационные технологии с учетом основных требований информационной безопасности | способностью решать стандартные задачи профессиональной деятельности на основе информационной и библиографической культуры с применением информационно-коммуникационных технологий и с учетом основных требований информационной безопасности (ОПК-1) | Индивидуальный, групповой опрос; тестирование; письменные ответы на вопросы; устный опрос (вопросы для самоконтроля); лабораторные работы; контрольные работы; собеседование; рабочая тетрадь |
| Уметь: решать типичные задачи профессиональной деятельности на основе воспроизведения стандартных алгоритмов | способностью применять современные представления об основах биотехнологических и биомедицинских производств, генной инженерии, нанобиотехнологии, молекулярного моделирования (ОПК-11) | Индивидуальный опрос; рабочая тетрадь, собеседование | |
| Уметь: применять современные методы обработки, анализа и синтеза полевой, производственной и лабораторной биологической информации, правила составления научно-технических проектов и отчетов | способностью применять современные методы обработки, анализа и синтеза полевой, производственной и лабораторной биологической информации, правила составления научно-технических проектов и отчетов (ПК-4) | Индивидуальный опрос; рабочая тетрадь, собеседование | |
| Уметь: использовать основные технические средства поиска научно-биологической информации, универсальные пакеты прикладных компьютерных программ, создавать базы экспериментальных биологических данных, работать с биологической информацией в глобальных компьютерных сетях | способностью использовать основные технические средства поиска научно-биологической информации, универсальные пакеты прикладных компьютерных программ, создавать базы экспериментальных биологических данных, работать с биологической информацией в глобальных компьютерных сетях (ПК-8) | Индивидуальный опрос; рабочая тетрадь, собеседование | |
| 3-й этап Владеть навыками | Владеть: понятийным и терминологическим аппаратом дисциплины. Иностранным языком в объеме, необходимом для возможности получения информации из зарубежных источников; опытом выражения своих мыслей и мнения в межличностном и деловом общении на иностранном языке. Навыками использования современных информационных технологий для решения профессиональных задач | способностью решать стандартные задачи профессиональной деятельности на основе информационной и библиографической культуры с применением информационно-коммуникационных технологий и с учетом основных требований информационной безопасности (ОПК-1) | Индивидуальный, групповой опрос; тестирование; письменные ответы на вопросы; устный опрос (вопросы для самоконтроля); лабораторные работы; контрольные работы; собеседование; рабочая тетрадь |
| Владеть: понятийным и терминологическим аппаратом дисциплины. Методами биотехнологических и биомедицинских производств, генной инженерии, нанобиотехнологии, молекулярного моделирования | способностью применять современные представления об основах биотехнологических и биомедицинских производств, генной инженерии, нанобиотехнологии, молекулярного моделирования (ОПК-11) | Индивидуальный опрос; рабочая тетрадь, собеседование | |
| Владеть: современными методами обработки, анализа и синтеза полевой, производственной и лабораторной биологической информации, правилами составления научно-технических проектов и отчетов | способностью применять современные методы обработки, анализа и синтеза полевой, производственной и лабораторной биологической информации, правила составления научно-технических проектов и отчетов (ПК-4) | Индивидуальный опрос; рабочая тетрадь, собеседование | |
| Владеть: основными техническими средствами поиска научно-биологической информации, универсальными пакетами прикладных компьютерных программ, базами экспериментальных биологических данных, биологической информацией в глобальных компьютерных сетях | способностью использовать основные технические средства поиска научно-биологической информации, универсальные пакеты прикладных компьютерных программ, создавать базы экспериментальных биологических данных, работать с биологической информацией в глобальных компьютерных сетях (ПК-8) | Индивидуальный опрос; рабочая тетрадь, собеседование |
4.3.Рейтинг – план дисциплины
Системная биология
направление 06.03.01 Биология
курс ___2___, семестр____3____
| Виды учебной деятельности студентов | Балл за конкретное задание | Число заданий за семестр | Баллы | |||
| Минимальный | Максимальный | |||||
| Модуль 1 | ||||||
| Текущий контроль | ||||||
| Лабораторная работа | ||||||
| Семинарские занятия | ||||||
| Тестовый контроль | ||||||
| Рубежный контроль | ||||||
| Модуль 2 | ||||||
| Текущий контроль | ||||||
| Лабораторная работа | ||||||
| Семинарские занятия | ||||||
| Контрольная работа | ||||||
| Рубежный контроль | ||||||
| Поощрительные баллы | ||||||
| Активная работа на лабораторных занятиях | ||||||
| Посещаемость (баллы вычитаются из общей суммы набранных баллов) | ||||||
| Посещение лекционных занятий | - | - | -6 | |||
| Посещение лабораторных занятий | - | - | -10 | |||
| Итоговый контроль | ||||||
| Зачет | ||||||
Семинарские занятия
Тема 1. Технологии секвенирования белков и нуклеиновых кислот
1. Синтез белка в клетке и его регуляция
2. Классификация и иерархия белковых структур. Структурные мотивы
3. Способы описания первичной структуры белков и нуклеиновых кислот. Формат FASTA.
4. Матрицы аминокислотных и нуклеотидных замен
5. Технологии секвенирования белков и нуклеиновых кислот
Тема 2. Банки данных биологической информации. Поиск
1. Алгоритмы поиска информации в базах данных. Фильтрация. Синтаксис поискового запроса в NCBI. Основные разделы NCBI
2. Поиск гомологичных последовательностей. Алгоритм FASTA. k-tuple. Алгоритм BLAST. Терминология. Параметры поиска.
3. Банки данных биологической информации
4. Базы и банки данных первичных и высших структур биологических макромолекул, их функциональных свойств и другой информации. Классификация баз данных. Идентификаторы.
Тема 3. Сравнение последовательностей. Парное и множественное выравнивание
1. Парное и множественное выравнивание
2. Способы получения выравнивания. Точечные матрицы сходства. Фильтрация шума на матрицах. Интерпретация
3. Алгоритм Нидлмана - Вунша. Глобальное выравнивание. Алгоритм Смита - Ватермана. Локальное выравнивание, его использование
4. Множественное выравнивание. Консенсус и профиль выравнивания. Интерпретация результатов множественного выравнивания
5. Прогрессивное выравнивание и выравнивание "последовательность - профиль". Современные методы множественного выравнивания. Программы и веб-сервисы
6. Оценка статистической достоверности выравнивания. ПодходBootstrap. z-score, p-value, E-value. Интерпретация
Тема 4. Базы данных – особая форма упорядочения информации. Разновидности баз данных. Реляционные БД. СУБД MS Access. Таблица – базовая единица реляционной базы данных. Запись и поле. Первичный и вторичный ключи. Связи, виды связей, применение. Создание БД, заполнение таблиц, задание структуры данных. Запросы. Отчеты. Кнопочные формы. Язык структурированных запросов SQL – универсальный инструмент работы с БД
1. Разновидности баз данных. Реляционные БД. СУБД MS Access. Таблица – базовая единица реляционной базы данных. Запись и поле
2. Первичный и вторичный ключи. Связи, виды связей, применение. Создание БД, заполнение таблиц, задание структуры данных. Запросы. Отчеты. Кнопочные формы
3. Язык структурированных запросов SQL – универсальный инструмент работы с БД