Однако эти «прикладные» открытия — дело очень важное и полезное, но для нас, биоинформатиков, не главное. А главное, что принесла нам индустриальная революция в биологии, — появилась возможность на другом уровне обсуждать эволюцию. Даже банальные утверждения, скажем, о процентном сходстве геномов человека и шимпанзе нетактривиальны, как могут показаться. Молекулярная эволюция поучительна тем, что на ней замечательно выполняются дарвинистские представления о природе вещей.
Данные, полученные молекулярными биологами, теперь оказывают серьезное влияние на таксономию — классификацию растений и животных. Поначалу ботаники и зоологи скептически относились к молекулярным генеалогическим деревьям, показывающим степень родства между видами на основе сравнения нуклеотидных последовательностей, но надо признать, что и первые молекулярные деревья были не слишком удачными. Сейчас прямо на глазах происходит конвергенция — классическая и молекулярная таксономии движутся навстречу друг другу. Уже понятно, что молекулярные деревья, если они построены с соблюдением определенных правил, достаточно близки к реальности и вполне могут стать поводом для пересмотра ортодоксальных таксономических представлений, основанных на морфологии — сравнении внешних черт организмов. И, как ни странно, оказывается, что у видов, которых будто бы насильно помещают вместе исходя из сходства их генов, действительно отыскиваются общие признаки. Получается, что хорошее молекулярное дерево не противоречит морфологической конструкции, просто другие признаки оказываются ведущими.
Что касается бактерий, то в эпоху классической биологии их классифицировали по форме клеток и по метаболическим свойствам: какие сахара они могут утилизировать, какие аминокислоты и кофакторы могут синтезировать сами, а в каких нуждаются как в составной части внешней среды и т. п. Эта таксономия была очень слабой, поскольку у бактерий по сравнению с высшими организмами очень мало морфологических и функциональных признаков. Сегодня таксономия бактерий, по-видимому, полностью основывается на молекулярных данных. В массовом порядке пересматриваются видовые названия. Но самым впечатляющим достижением в этой области была, конечно, работа Карла Вёзе, который в 1977 году на основании молекулярной таксономии постулировал существование архебактерий (сейчас их называют археями) — третьего домена жизни, отличного от эукариот и «настоящих» бактерий.
Нельзя сказать, что все проблемы систематики бактерий отныне решены. В значительной мере оказалось разрушенным представление о том, что такое бактериальный вид. Обнаружилось, например, что у двух штаммов кишечной палочки — представителей одного вида — до трети генов могут быть уникальными, то есть присутствовать в одном штамме и отсутствовать в другом. Много неожиданного и интересного уже известно о бактериальной эволюции. В частности, оказалось, что горизонтальный перенос — обмен генетическим материалом — может происходить между таксономически далекими существами. Например, Metanosarcina — типичная архея, но треть ее генов имеют бактериальное происхождение, и эти гены обслуживают практически весь ее метаболизм, в то время как механизмы транскрипции, трансляции, репликация, устройство мембраны у метаносарцины характерны для архей. По этому примеру можно судить о том, насколько увлекательно сейчас заниматься эволюцией бактерий.
На мой взгляд, самое интересное — это эволюция регуляторных систем. Мы достаточно много знаем про эти системы у бактерий и можем представить, как меняются регуляторные системы, как локальный регулятор вдруг начинает управлять десятками генов или меняет специфичность, как перестраиваются регуляторные каскады. И это может быть очень важно с фундаментальной точки зрения, потому что здесь можно пойти гораздо дальше. Отличие человека от шимпанзе или даже от мыши едва ли обусловлено набором генов: они у млекопитающих практически одни и те же, если сравнивать по набору функций. Причина скорее в регуляции: какие гены, когда и в каких тканях активны.
Скорее всего, «скачки» эволюции, любые резкие изменения морфологических признаков обеспечиваются как раз на уровне регуляции. Мы уже знаем такие примеры у бактерий, дрожжей и других относительно простых организмов. У большинства бактерий имеется один железный репрессор, который реагирует на присутствие ионов железа и регулирует множество генов: белки, обеспечивающие запасание и транспорт железа, железозависимые ферменты. А у других бактерий есть три разных репрессора, которые эти функциональные группы поделили: одни регулируют запасание железа, другие транспорт и синтез, третьи — ферменты. Это на самом деле радикальное изменение, был один ответ на железо, а получилось три разных.
Есть замечательные экспериментальные работы, выполненные на многоклеточных. Почему морской еж единственный среди иглокожих имеет твердый скелет? Ответ предложил Эрик Дэвидсон из Калифорнийского технологического института. Он изучил регуляторный каскад, который отвечает за развитие этого скелета, а потом нашел этот каскад у морской звезды, только у нее он включается существенно позднее, поэтому развиваются лишь основания иголочек, не соединенные между собой. У ежа тот же каскад включается на какое-то количество клеточных делений раньше, соответственно захватывает большее число клеток, и развивается сплошной скелет. Таким образом, чисто регуляторное изменение дает абсолютно новый признак.
У меня есть надежда, что сравнительный анализ регуляции даст ответы на вопрос, который беспокоит палеонтологов и морфологов на нынешнем этапе развития синтетической теории эволюции: каким образом накопление мелких изменений дает радикально новые признаки? Похоже, что это можно объяснить перенастройкой регуляции. Мы уже умеем это делать на простых организмах, но рано или поздно очередь дойдет и до более сложных. И когда это случится, произойдет третий большой прорыв в этом направлении, если первым считать дарвиновский естественный отбор, а вторым — соединение эволюционной биологии с генетикой.