Очень непросто складывались отношения с бывшими республиками Советского Союза. Попытки сохранить хотя бы единые вооруженные силы закончились в 1992 году полной неудачей и к 1993 году раздел армии СССР был завершен, хотя проблема принадлежности Черноморского флота и ядерного оружия, размещенного на Украине, создали серьезную напряженность в отношениях между Россией и этой республикой.
И все же, будучи объединенными в СНГ страны участники пытались наладить сотрудничество в различных областях.
В январе 1993 г. был принят Устав СНГ. Координация действий в рамках Содружества осуществлялась Советом глав государств, Советом глав правительств, Советом министров иностранных дел, Советом министров обороны и Советом командующих пограничными войсками, Межпарламентской ассамблеей, а также через органы отраслевого сотрудничества. В Минске, ставшем центром Содружества, функционировал Исполнительный секретариат СНГ. Всего в 90-е годы было подписано около двух тысяч различных межгосударственных соглашений, большая часть которых, правда, не была реализована.
В 1992 году подписан договор о коллективной безопасности Арменией, Белоруссией, Казахстаном, Киргизией, Россией, Таджикистаном, Узбекистаном. Именно в этой сфере сотрудничество оказалось крайне необходимым. После вывода в 1989 году советских войск из Афганистана там разгорелась острая борьба за власть между вчерашними «полевыми командирами», отягощенная межплеменными противоречиями. Активную роль во внутриафганских распрях играли США и Пакистан. Бурные события в Афганистане дестабилизировали ситуацию в Таджикистане, который мог в любой момент целиком погрузиться в кровопролитную гражданскую войну и увлечь за собой соседний Узбекистан. Во многом лишь благодаря стабилизирующей роли российских войск, взявших под контроль границу с Афганистаном, удалось остановить опасное разрастание конфликта.
В 1992 году в Грузии было свергнуто правительство З. Гамсахурдия, новые власти, стремясь упрочить свое положение объявили о ликвидации автономии Абхазии и Южной Осетии, которые в ответ провозгласили свою независимость от Грузии. Попытка силового решения проблемы успеха не имела и привела грузинские власти лишь к кровопролитному конфликту, остановить который удалось с помощью ввода миротворческого контингента войск СНГ на основе российских вооруженных сил.
Еще одной горячей точкой стала Молдавия, где район с преобладающим русским и украинским населением на левом берегу Днестра (Приднестровье) выступил резко против румынизации Молдавии и объявил о создании Приднестровской Молдавской республики (ПМР). В 1992 году конфликт между ПМР и республикой Молдова перешел в вооруженное противостояние приднестровских «гвардейцев» с молдавской армией и румынскими «волонтерами». Ситуация осложнилась наличием большого количества оружия на складах расквартированной в Приднестровье 14 армии, на которое претендовали обе стороны.
Однако, именно эти войска сумели остановить все более и более расширяющийся конфликт, заставив стороны прекратить огонь и сесть за стол переговоров.
К концу десятилетия стало очевидным, что в рамках СНГ удалось смягчить последствия распада СССР, но интеграционные цели достигнуты не были. Сократилось экономическое сотрудничество между Россией и странами СНГ (уменьшился объем внешнеторгового оборота, не удалось создать ни экономического союза, ни даже зоны свободной торговли). Не увенчалось успехом взаимодействие и в военно-политической области: не был выполнен в полном объеме ташкентский Договор о коллективной безопасности (1992 г.), сокращалось российское военное присутствие в государствах Содружества, оказалась нереализованной концепция совместной охраны границ. В политической сфере не удалось решить главную поставленную задачу — превратить СНГ в «политическое объединение государств, способное претендовать на достойное место в мировом сообществе». Более того, внутри СНГ шел процесс формирования разнонаправленных коалиций, притом без участия России. Не сложилось многостороннее сотрудничество стран СНГ и в гуманитарной сфере.
Однако, стоит отметить, что процесс распада такого огромного, многонационального государства, как СССР, раздираемого самыми разнообразными противоречиями, обладавшим колоссальным военным потенциалом, в том числе и ракетно-ядерным, прошел относительно спокойно. Катастрофы гражданской войны, наподобие югославской, не произошло. Страна, столкнувшись в 90-е годы ХХ века с тяжелейшими экономическими, политическими проблемами в начале ХХI века вступила в новый этап своего развития.