После похода Ермака московское правительство перешло к планомерному укреплению своих позиций в Сибири. По мере проникновения на восток оно стало создавать на наиболее важных направлениях сеть стратегически важных городов и острогов, которые должны были стать опорными базами русской колонизации в Сибири. С этой целью в 1586 г. по маршруту Ермака был направлен новый отряд в 300 человек под командованием воевод Василия Сукина и Ивана Мясного. Получив приказ закрепиться на Туре, отряд подошел к покинутой жителями древней татарской столице Чимги-Туре и летом 1586 г. начал строительство острога, который положил начало строительству Тюмени - старейшему из ныне существующих городов Сибири. Расположение новой крепости позволяло контролировать обширные районы по Туре, Исети, Пышме и Среднему Тоболу, улусы которых стали данниками московского царя. К тому же Тюмень находилась на древней караванной дороге из Средней Азии в Поволжье. Понятен поэтому быстрый рост города в последующие десятилетия. Высокие обрывистые берега Туры и глубокие овраги Тюменки защищали город с севера и юго-запада. Лишь с восточной стороны потребовалось построить специальные укрепления.
Весной 1587 г. в Тюмень прибыл отряд стрельцов численностью 500 человек с приказом спуститься по Туре и Тоболу на Иртыш и там построить деревянный острог. Так было положено начало Тобольску, в 15 верстах от Кашлыка - город постепенно разрушился. Сложившиеся административные связи бывшей татарской столицы были унаследованы Тобольском. При воеводе Василии Кольцове-Масальском в 1590 г. Тобольск, который ранее был подчинен Тюмени, стал главным городом Сибири. Воеводы других городов должны были по всем делам обращаться в Тобольск. В руках тобольского воеводы находились общее командование военными силами Сибири, снабжение припасами сибирских гарнизонов, регулирование торговли, сбор ясака. Все это способствовало быстрому росту города. Ввиду исключительного положения Тобольска в XVII в. в него направлялись из Москвы два воеводы. Значение Тобольска еще более возросло после 1621 г., когда он стал центром образованной тогда Сибирской епархии.
Пути сообщения Европейской России с Сибирью.
Продвижение русских на восток шло в первую очередь в таежные и тундровые районы, богатые пушным зверем. Наиболее известным путем в Сибирь в XVI в. был Чердынско-Лозьвинский, пролегавший по притоку Камы Вишере, а затем по рекам Лозьве, Тавде и Тоболу. Для закрепления этого пути на реке Лозьве в 1590 г. был построен Лозьвинский городок. Через него ехали назначенные в Сибирь воеводы, служилые люди, везли запасы продовольствия и боеприпасы.
На реке Тавде Чердынско-Лозьвинский путь пересекал территорию Пелымского княжества — сильнейшего мансийского объединения, которое активно поддерживало Кучума. Для борьбы с ним в 1593 г. были направлены воеводы Н. Траханиотов и П. Горчаков. Летом 1593 г. участники похода построили на берегу Тавды близ устья Пелымы новое русское укрепление, получившее название Пелымский городок. Этим была обеспечена связь между Лозьвинским городком и Тобольском.
После основания Пелымского острога часть отряда во главе с Н.Траханиотовым отправилась на стругах в Тобольск, а оттуда — на Обь для строительства русского административного центра на севере. Местом для нового поселения Н. Траханиотов избрал берег Северной Сосьвы, примерно в 20 км от впадения ее в Обь. Рядом находилось заброшенное старинное угорское укрепление, называвшееся по-мансийски Хальуш, т. е. Березовый городок. Построенный экспедицией городок стал называться Березов. Новое русское укрепление располагалось на территории Кондинского княжества, находящегося в зависимости от Москвы.
В 1594 г. отряд воевод Ф. Барятинского и В. Аничкова направился вверх по Оби. Дойдя до реки Сургутки, воеводы начали переговоры с местным хантыйским князем Бардаком. Бардак, с трудом оборонявшийся от соседней Пегой Орды, заключил соглашение с русскими и оказал им помощь в постройке крепости на подвластной территории. Новый городок, сооруженный при впадении в Обь реки Сургутки, стал называться Сургутом.
На следующий год с помощью кодских ханты к России были присоединены новые земли в низовьях Оби. Так в 1595 г. возник Обдорский городок (ныне город Салехард).
Чердынско-Лозьвинский путь был не единственным путем в сибирские земли. Был еще и морской путь, которым поморские промышленники пользовались уже в конце XV — начале XVI в. и продолжали ходить до 1620 г., когда он был закрыт для них вследствие запрещения, последовавшего от властей. Он брал начало от Устюга Великого. По Северной Двине спускались в Белое море и вдоль побережья шли на восток, огибая полуостров Канин, мимо мыса Русский заворот у Печорской губы, далее проливом Югорский шар шли вдоль Югорского полуострова мимо Байдарацкой губы, доходили до полуострова Ямал. Пересекали его по системе рек и волоков, выводивших в Обскую губу. Обской губой можно было идти в устье Оби или повернуть на восток в Тазовскую губу и, далее, в реку Таз.
Территория Сибири и расширение границ Русского государства XVII в.