Хозяйственное освоение Западной Сибири сопровождалось развитием торговых связей. Уже в конце XVI в. в Тюмени возникает первый в Сибири гостиный двор. Однако в XVII в. главным торговым центром в регионе становится Тобольск. Через него проходил торговый путь из Европы в Азию. Свыше 50 городов и областей были связаны с Тобольском. По объему товарооборота он превосходил многие крупные торговые центры России. Наиболее интенсивными были торговые связи Тобольска с европейской частью страны. Всего с 1639 по 1695 г. на тобольский рынок поступили русские товары 386 наименований. Взамен в Россию шла почти исключительно пушнина. Она существенно пополняла государственную казну, укрепляла положение правительства, его международный авторитет. Россия поразила европейский мир, когда в конце XVI в. направила в качестве «вспоможения» австрийским Габсбургам 40 тыс. соболиных шкурок, 20 тыс. куньих, более 300 тыс. беличьих. Западные купцы оценили тогда московские меха в восемь бочек золота. Значение Тобольска как крупнейшего центра торговли пушниной нашло отражение в гербе города — два соболя, стоящих на задних лапках, и стрела между ними.
Другое важное направление торговых операций в регионе было связано с образованием местных торговых связей. Так, из Тюмени в Тобольск везли рожь, муку, крупу, горох, масло, гнали скот. Тобольские кожевники скупали по соседним деревням кожу, сало, мясо. Большие партии хлеба поступали из южных районов в Мангазею. И т.п.
В конце XVI в. возрождаются торговые связи со Средней Азией, прерванные после падения Сибирского ханства. Правительство сразу же оценило значение этого события и в 1596 г. разрешило среднеазиатским купцам свободно приезжать в Тюмень и беспошлинно торговать с русским и местным населением.
Торговые караваны из Средней Азии обычно появлялись в Тюмени осенью, а обратно отправлялись ранней весной. Они везли ткани, одежду, одеяла, шелк-сырец, лошадей, скот, чай, рабов. В последующем большая часть товаров переправлялась в Тобольск. Из Тюмени и Тобольска азиатские купцы вывозили металлические изделия, воск, рыбий клей, юфть, холсты, меха и т. д. Только с 1654 по 1674 г. в Тобольск прибыло 38 караванов из Средней Азии. В составе некоторых из них было свыше 80 торговцев.
Связи с Востоком развивались настолько успешно, что купцы из Средней Азии начали оседать в некоторых городах на постоянное жительство. Так, уже в начале XVII в. рядом с Тюменью возникла Бухарская слобода. Свои дома купцы из Средней Азии имели и в Тобольске. Развитие торговли и ремесленной деятельности в XVII в. свидетельствует об активной роли русского населения в экономическом росте региона. Все это постепенно включало край в формирующийся всероссийский рынок, делая Сибирь неотъемлемой частью России.
В XVII в. шел процесс расширения сети путей передвижения русского населения в Сибирь. В подавляющем большинстве передвижение шло по водным магистралям. До 1704 г. официальным путем в Сибирь оставался Печорский («Чрезкаменный») путь. Из Печоры он вел рекой Усой к Уралу, где рекой Собью выходил в Обь. От Печорской дороги было ответвление - Зырянская дорога, или «Русский тес». С Печоры через приток Щугор можно было попасть в Сосьву и Вогулку, которые приводили к Березову. С 1598 по 1763 г. официальным путем в Сибирь считался Верхотурский путь, который назывался еще Бабинским. В конце 90-х гг. XVI в. сольвычегодский посадский человек Артемий Бабинов предложил проложить дорогу в Сибирь южнее Лозьвинского городка. Прокладка ее началась в 1597 г. Новый путь шел от Соликамска через горные перевалы на верховья реки Туры. В 1598 г. в верховьях Туры был поставлен Верхотурский городок, в строительстве которого участвовали жители Лозьвинского городка, переведенные в Верхотурье на постоянное жительство. В связи с прекращением движения по старой дороге Лозьвинский городок был уничтожен, а Бабинский путь стал на протяжении XVII в. главными воротами за Урал.
Освоение Восточной Сибири также привело к появлению ряда путей.
Первоначально пользовались дорогой от Мангазеи до Туруханска и далее на восток по Нижней Тунгуске на приток Вилюя Чону. Однако в связи с постройкой Енисейска наиболее употребляемым и удобным стал южный путь. Он шел от Енисейска вверх по реке Енисею до устья Верхней Тунгуски (Ангары) и дальше вверх по этой реке на Илим, Ленским волоком, рекой Кутой на Лену.
Преимущества южного пути были очевидны, поэтому со второй половины XVII в. северный переход на Лену теряет свое значение. Южное направление было связано с Прибайкальским узлом путей. Ангара и верховья Лены, примыкавшие к Байкалу, стали здесь осевыми линиями ряда дорог. Один из основных путей в Забайкалье в середине XVII в. шел из Байкала по рекам Селенге, Уде, волоковым переходом, Ингоде, Шилке на Амур. Путь по Баргузину имел выход на Витим, которым доходили до Лены.
Продвижение в Прибайкалье и на Лену создало предпосылки выхода на Тихоокеанское побережье и в бассейн Амура. Этому способствовало и административное оформление новой территории в виде Якутского воеводства.
С Лены, с ее обширной речной системой в среднем правобережье, открывались разнообразные пути по Восточной Сибири. Обычно путь с Лены на «заморские реки» и на полярное Поморье совершался «коньками» через Верхоянский хребет, отделявший бассейн Лены от рек, впадающих в океан к востоку от ее устьев. Выйдя из Якутска, пересекали Алдан «у перевоза», а преодолев «камень», достигали верховьев реки Яны. С Яны на конях шли дальше на восток, попадали на Индигирку, откуда нартами достигали верхнего течения Колымы. Колыма была отправным пунктом, откуда шли дороги к Берингову проливу и северной части Охотского моря, называвшегося в те времена Пенжинским морем. Появился путь между Колымой и Анадырем. Он шел по притоку реки Колымы — реке Большой Анюй с волоком на Анадырь.
Водные пути в Сибири играли громадную роль. Обширные территории, покрытые таежными лесами, невозможно было осваивать, опираясь на сухопутные дороги. Существуя в отдельных ее районах, они были скорее дополнением к водным магистралям, связками между речными путями. Вместе с тем следует иметь в виду, что во многих районах Сибири водные магистрали действовали сравнительно короткое время. Поэтому широкое распространение в Сибири получили «зимники».