Выполнением сети Петри управляют количество и распределение фишек в сети. Фишки находятся в кружках и управляют выполнением переходов сети. Сеть Петри выполняется посредством запусков переходов.
· Переход запускается удалением фишек из его входных позиций и образованием новых фишек, помещаемых в его выходные позиции.
· Переход может запускаться только в том случае, когда он разрешен.
· Переход называется разрешенным, если каждая из его входных позиций имеет число фишек по крайней мере равное числу дуг из позиции в переход.
Кратные фишки необходимы для кратных входных дуг. Фишки во входной позиции, которые разрешают переход, называются его разрешающими фишками.
Например, если позиции
и
служат входами для перехода
, тогда
разрешен, если
и
имеют хотя бы по одной фишке.
Для перехода
с входным комплектом
позиция
должна обладать по крайней мере тремя фишками, для того чтобы
был разрешен.
Определение Переход
в маркированной сети Петри
с маркировкой
разрешен, если для всех 

Переход запускается удалением всех разрешающих фишек из его входных позиций и последующим помещением в каждую из его выходных позиций по одной фишке для каждой дуги. Кратные фишки создаются для кратных выходных дуг.
Переход
с
и
и разрешен всякий раз, когда в
будет хотя бы одна фишка. Переход
запускается удалением одной фишки из позиции
и помещением одной фишки в позицию
и в
(его выходы). Дополнительные фишки в позиции
не влияют на запуск
(хотя они могут разрешать дополнительные запуски
).
Переход
, в котором
и
, з апускается удалением одной фишки из
и одной фишки из
, при этом одна фишка помещается в
и две в —
(так как
имеет кратность, равную двум).
Запуск перехода в целом заменяет маркировку
сети Петри на новую маркировку
. Заметим также, что так как можно запустить только разрешенный переход, то при запуске перехода количество фишек в каждой позиции всегда остается неотрицательным. Запуск перехода никогда не удалит фишку, отсутствующую во входной позиции. Если какая-либо входная позиция перехода не обладает достаточным количеством фишек, то переход не разрешен и не может быть запущен.
Пример изменения маркировки:
|
| |
|
|
|
|
|
|
Определение Переход
в маркированной сети Петри с маркировкой
может быть запущен всякий раз, когда он разрешен. В результате запуска разрешенного перехода
образуется новая маркировка
, определяемая следующим соотношением:

В качестве примера рассмотрим маркированную сеть Петри:

При такой маркировке разрешены только три перехода:
,
и
. Переход
не разрешен, так как ни позиция
, ни позиция
, являющиеся входами перехода
, не содержат ни одной фишки.
Так как переходы
,
и
разрешены, любой из них может быть запущен. Если запущен переход
, то происходит удаление фишки из каждого входа и помещение фишки в каждый выход. При этом одна фишка удаляется из
, одна фишка помещается в
, а количество фишек в
увеличивается с двух до трех. Новая маркировка, полученная в результате запуска перехода t4, показана на рис:

В маркированной сети Петри, изображенной на рис. 2.16, разрешены только переходы
и
. При запуске перехода
осуществляется удаление фишки из
и помещение фишек в
,
и
(в
— две фишки, так как эта позиция является кратным выходом перехода
). Эта операция образует маркировку:

В такой маркированной сети Петри переходы
и
разрешены. Запуск перехода
образует новую маркировку (рис. 2.18), где две фишки удалены из
, а одна добавлена в
.

Запуски могут осуществляться до тех пор, пока существует хотя бы один разрешенный переход. Когда не останется ни одного разрешенного перехода, выполнение прекращается.