Уровни калия в сыворотке крови значительно снизились к 28, 42 и 90 дням после первой инокуляции, при этом один образец ниже нижнего нормального предела на 42 день (рис. 2d, левая панель). Точно так же уровни натрия в сыворотке крови также снизились после вакцинации (рис. 2d, правая панель), что свидетельствует о влиянии вакцины на электролитный баланс. Опять же, электролитный дисбаланс также был связан с COVID-19 21. Коагулопатия - еще одно клиническое состояние, вызванное COVID-19 22. Мы обнаружили, что профили коагуляции значительно изменились после вакцинации, в краткосрочном периоде (7 дней) после первой прививки профили свертывания склонялись в сторону более короткого протромбинового времени (ПВ), тогда как долгосрочный (28 и 42 дня) эффект был в сторону увеличения. активировало частичное тромбопластиновое время (АЧТВ) и удлинение ПВ (рис. 2д). К 90 дню профили вернулись к тем, которые были до вакцинации (рис. 2e). Более того, мы обнаружили повышенный уровень холестерина в крови на 7-й, 28-й день после первой инокуляции, а также повышенный уровень общей желчной кислоты на 7-й день (рис. 2f, g).). Дисфункция почек - еще одно клиническое состояние, связанное с COVID-19, и к 28, 42 и 90 дням после первой прививки уровни креатинина сыворотки были значительно выше, чем до вакцинации, что привело к снижению рСКФ (рис. 2h). Сообщается, что большинство этих клинических особенностей связаны с развитием тяжелых симптомов у пациентов с COVID-19 (дополнительная таблица S6). В целом, не было статистически значимых различий между когортами A и B, за исключением лишь нескольких показателей (дополнительная таблица S7), поэтому данные двух когорт были объединены для представления клинических данных и последующего анализа.
scRNA-seq выявила драматические изменения в экспрессии генов почти всех иммунных клеток после вакцинации.
Чтобы изучить иммунологические особенности здоровых добровольцев после вакцинации, мы выполнили капельную scRNA-seq (10 × Genomics) для изучения транскриптомных профилей PBMC от добровольцев, принадлежащих к когорте A или B, до и через 28 дней после вакцинации (рис. 3a). и дополнительный рис. S1a). После предварительной обработки и удаления клеток низкого качества (см. «Материалы и методы») мы получили 188 886 клеток из всех образцов PBMC, из которых 86 685 клеток были из когорты A и 102 201 клеток из группы B. Все квалифицированные клетки были интегрированы в единый набор данных. и подвергнуты последующему анализу.
Рис. 3: Изменения в составе типов и подтипов периферических иммунных клеток, а также экспрессии генов до и через 28 дней после 1-й инокуляции.
представление UMAP в виде ячеек всех объединенных выборок. Всего по сигнатурам экспрессии генов, специфичных для конкретных типов клеток, было идентифицировано 22 типа клеток. Всего было изображено 188 886 клеток. b Точечная диаграмма для сигнатурных генов, специфичных для определенного типа клеток. Цветовая шкала указывала уровни экспрессии, а размер точки представлял процент клеток на кластер / подтип, экспрессирующих соответствующий ген. c Представление UMAP, представляющее клетки до (синий) и после (оранжевый) вакцинации. d Тепловая карта корреляции между псевдо-объемными выборками. е Процент специфических подтипов иммунных клеток в общем количестве PBMC от каждого человека до и после вакцинации. Коробчатая диаграмма изображает распределение выборки. Синие прямоугольники представляли образцы до вакцинации, а оранжевые - после вакцинации. Значения P были основаны на тесте Вилкоксона для сравнения между группами до и после вакцинации. f Коробчатые диаграммы показывают изменения содержания моноцитов до и после вакцинации на основе данных scRNA-seq (левая панель) и клинических лабораторных измерений (правая панель). g Коробчатые диаграммы показывают изменения в содержании CD4 +, CD8 + Т-клеток, а также в содержании лимфоцитов (T + B + NK) до и после вакцинации на основе данных scRNA-seq (3 панели слева) и лабораторных тестов (правая панель). час ДЭГ, идентифицированные псевдо-объемными образцами до и после вакцинации. i Анализ репрезентативности наборов генов HALLMARK из MSigDB, демонстрирующий различные иммунологические особенности до и после вакцинации.