30.30.
Mu, J. et al. Белок SARS-CoV-2 N противодействует передаче сигналов интерферона I типа, подавляя фосфорилирование и ядерную транслокацию STAT1 и STAT2. Cell Discov. 6, 65 (2020).
CAS Статья Google ученый
31.31.
Boudewijns, R. et al. Передача сигналов STAT2 ограничивает распространение вируса, но вызывает тяжелую пневмонию у хомяков, инфицированных SARS-CoV-2. Nat. Commun. 11, 5838 (2020).
CAS Статья Google ученый
32.32.
Андрес-Терре, М. и др. Интегрированный многокомпонентный анализ выявляет консервативные сигнатуры транскрипции нескольких респираторных вирусов. Иммунитет 43, 1199–1211 (2015).
CAS Статья Google ученый
33.33.
Zheng, H. et al. Многокогортный анализ иммунного ответа хозяина выявляет консервативные защитные и вредные модули, связанные с серьезностью вирусов. Иммунитет, https://doi.org/10.1016/j.immuni.2021.03.002 (2021).
34.34.
Hviid, A., Hansen, JV, Frisch, M. & Melbye, M. Корь, эпидемический паротит, вакцинация против краснухи и аутизм. Анна. Междунар. Med. 171, 388 (2019).
Статья Google ученый
35.35.
Брей, Н.Л., Пиментел, Х., Мельстед, П. и Пахтер, Л. Почти оптимальная вероятностная количественная оценка последовательности РНК. Nat. Biotechnol. 34. С. 525–527 (2016).
CAS Статья Google ученый
36.36.
Вольф, Ф.А., Ангерер, П. и Тайс, Ф.Дж. SCANPY: крупномасштабный анализ данных экспрессии генов одной клетки. Genome Biol. 19, 15 (2018).
Статья Google ученый
37.37.
Стассен, С.В. и др. PARC: сверхбыстрая и точная кластеризация фенотипических данных миллионов отдельных клеток. Биоинформатика 36, 2778–2786 (2020).
CAS Статья Google ученый
38.38.
Zeisel, A. et al. Молекулярная архитектура нервной системы мыши. Cell 174, 999–1014.e22 (2018).
CAS Статья Google ученый
39.39.
Ли Б. и др. Cumulus обеспечивает облачный анализ данных для крупномасштабных одноклеточных и одноядерных последовательностей РНК. Nat. Методы 17, 793–798 (2020).
CAS Статья Google ученый
40.40.
Wolock, SL, Lopez, R. & Klein, AM Scrublet: компьютерная идентификация дублетов клеток в транскриптомных данных одиночных клеток. Cell Syst. 8, 281–291.e9 (2019).
CAS Статья Google ученый
41.41.
Эстер, М., Кригель, Х.-П., Сандер, Дж. И Сюй, X. Алгоритм на основе плотности для обнаружения кластеров в больших пространственных базах данных с шумом. Kdd 96, 226–231 (1996).
Google ученый
42.42.
Монако, Г. и др. Сигнатуры RNA-Seq, нормализованные по количеству мРНК, позволяют осуществить абсолютную деконволюцию типов иммунных клеток человека. Сотовый представитель 26, 1627–1640.e27 (2019).
CAS Статья Google ученый
43.43.
Тирош И. и др. Рассечение многоклеточной экосистемы метастатической меланомы с помощью одноклеточной RNA-seq. Наука 352, 189–196 (2016).
CAS Статья Google ученый
Скачать ссылки
Благодарности
Мы благодарим г-на Ориона С. Фэна из Калифорнийского университета в Дэвисе за редактирование рукописи. Эта работа финансировалась Национальной программой ключевых исследований и разработок (2020YFC2002800); Высшие дисциплины (тип IV) высших учебных заведений Шанхая; Основная программа фонда развития для Шанхайской национальной демонстрационной зоны инноваций Чжанцзян <Стратегический биобанк стволовых клеток и платформа трансформации клинических технологий стволовых клеток> (ZJ2018-ZD-004); Проект высшей дисциплины клинической традиционной китайской медицины в новом районе Пудун (PDZY-2018-0603), а также проект BE2020026 в рамках программы ключевых исследований и разработок Цзянсу.
Информация об авторе
Заметки автора
- Эти авторы внесли равный вклад: Цзипин Лю, Цзюньбан Ван, Цзиньфан Сюй, Хань Ся, Юэ Ван.
Принадлежности
- Шанхайский институт исследования стволовых клеток и клинического перевода, Восточная больница Шанхая, медицинский факультет Университета Тунцзи, Шанхай, Китай
Цзипин Лю, Юэ Ван, Чунсюэ Чжан, Вэй Чен, Хуэйна Чжан, Ци Лю, Жун Чжу, Ики Ши, Цзихао Шэнь, Чжунган Син, Вэнься Гао, Лицян Чжоу, Цзиньлян Шао, Цзяюй Ши, Сюэцзяо Дэн, Ян, Цюань Линь, Чанхун Чжэн, Вэньминь Чжу, Конгронг Ван, И Э. Сун и Чжунминь Лю
- Ключевая лаборатория восстановления и восстановления после травм позвоночника и спинного мозга Министерства образования, ортопедическое отделение больницы Тунцзи, Медицинский факультет, Университет Тунцзи, Шанхай, Китай
Цзюньбан Ван
- Департамент статистики здравоохранения, Второй военно-медицинский университет, Шанхай, Китай
Цзиньфан Сюй
- Ключевая лаборатория специальных патогенов и биобезопасности, Уханьский институт вирусологии, Центр биобезопасности Mega-Science, Китайская академия наук, Ухань, Хубэй, Китай
Хан Ся
- Университет Китайской академии наук, Пекин, Китай
Хан Ся
- Отделение эндокринологии и обмена веществ, Шанхайская четвертая народная больница, медицинский факультет, Университет Тунцзи, Шанхай, Китай
Конгронг Ван
Взносы
ZL, YES, CW и JL разработали и разработали исследование, имели полный доступ ко всем данным в исследовании. HX, CZ, WC, HZ, QL, WG, LW, ZS, WZ и YES генерировали нейтрализующие антитела COVID-19 и проводили тесты на антитела (IgM / IgG). YW, CW, RZ, YS и WZ предоставили образцы пациентов или наборы для тестирования. JW, QL, ZS, ZX, LZ, JS, XY, YD и CZ были задействованы в приготовлении образцов и scRNA-seq. JX проанализировал клинические данные и выполнил статистический анализ, JL, LZ и JS участвовали в биоинформатическом анализе секвенирования данных. Рукопись была составлена YES, JL, CW, WC, HZ, LZ, HX и ZL; и критически переработан всеми авторами.
Соответствующие авторы
Переписка с Цунжун Ван, И Э. Сунь или Чжунминь Лю.
Декларации этики
Конфликт интересов
Авторы заявляют об отсутствии конкурирующих интересов.