B 1652 году на патриарший престол был избран Никон, который до этого был архиепископом Новгородским, где он показал во время народного бунта свои исключительные административные способности, а также организовал помощь больным и голодающим и привел дела епархии в блестящее состояние. Если при его предшественниках патриархах Иоасафе I (1634-40) и Иосифе (1642-62) отношения между Церковью и государством были мирными, то при Никоне, который утверждал открыто, что духовное должно стоять повсюду впереди светского, столкновение представлялось неизбежным.
Патриарх Никон продолжал реформы, начатые до него, но стал их вводить очень резко и с нетерпимостью по отношению ко всем, кто с ними не был согласен. Большинство исправлений в богослужебных книгах было уже признано всеми, но Никон, своим явным предпочтением греческим рукописям, восстановил против себя справщиков – защитников чистоты православия.
Патриарх Никон в первые годы своего патриаршества принимал большое участие в делах государства, носил титул Великого Государя, и царь ничего не делал, не посоветовавшись с ним. Во время походов против Литвы царь поручил патриарху управление государством. Своим крутым нравом и резкими мерами патриарх восстановил против себя и представителей старины, и реформаторов. У него началась борьба с боярством, которое не считалось с его авторитетом в гражданских делах. Начиная с 1657 года, в отношениях царя и патриарха наступила перемена, которая перешла скоро в открытую борьбу двух властей. Патриарх самовольно покинул патриаршую кафедру и удалился в Волоколамский монастырь, оставив управлять Церковью митрополита Питирима Крутицкого. В 1660 году, чтобы найти выход из создавшегося положения, был собран Собор из русских иерархов. Большинство Собора осудило патриарха на лишение сана, но царь не согласился с соборным решением, и положение осталось неопределенным. В 1662 году в Москву прибыл митрополит Газский Паисий (Лигарит), который встал на сторону противников патриарха Никона. Он составил против патриарха Никона обвинительный акт, который был послан восточным патриархам. Последние, кроме патриарха Нектария Иерусалимского, стали на сторону царской власти. Однажды патриарх Никон неожиданно вернулся в столицу, но примирения с царем не произошло.
В итоге, царь Алексей Михайлович решил пригласить в Москву восточных патриархов для решения дела патриарха Никона и других церковных дел. Двое из них, Антиохийский Паисий и Иерусалимский Макарий, прибыли в Москву, где в 1666-67 году состоялся Большой Московский Собор. Собор, на котором присутствовал царь, патриархи и все русские архиереи, осудил патриарха Никона, который держал себя непримиримо. Главным обвинением были письма самого патриарха Никона, посланные им на Восток. Осужденный на лишение сана, святейший Никон был заточен в Ферапонтов монастырь, но не признал осуждения законным и до конца жизни считал себя патриархом. Царь Алексей, который был примерным христианином и проявил в деле патриарха много кротости и миролюбия, написал ему перед смертью моление о прощении. Но Никон, хотя и плакал при его получении, прощения царю не дал. После долгих лет ссылки, Патриарх Никон скончался в 1681 году. С него было снято восточными патриархами запрещение, и он был погребен архиерейским чином в присутствии царя.
Собор 1666-1667 года, осудив патриарха Никона, утвердил все его реформы, в том числе реформу духовного суда. В преемники Никону был избран скромный и кроткий Иоасаф II (1667-73).
Во второй половине ХVII века Русской Церкви пришлось пережить губительный раскол, поводом к которому было то направление, которое патриарх Никон придал делу исправления книг, но корни были заложены в недоверии московских консерваторов к грекам и киевлянам.
Необходимость исправления книг сознавалась очень многими, но патриарх Никон, который только продолжал уже давно подготовленное дело, отдавал предпочтение греческим рукописям, справлялся в Греции о правильности того или иного исправления и не доверял московским справщикам. Кроме того, он ввел трехперстное крестное знамение (при котором три пальца складывались вместе в честь святой Троицы) и тройное пение Аллилуйя, тогда как в постановлениях Стоглавого Собора, авторитет которого был очень велик, говорилось о двуперстном знамении (двух пальцах, символизировавших два естества во Христе Иисусе) и двойном Аллилуйя. Это дало повод защитникам старых русских текстов усомниться в истинности греческих исправлений и ссылаться в своих утверждениях на соборное постановление. К тому же Русь мыслилась последним православным царством (Москва – III Рим, четвертому не бывать), а сверять книги предлагалось по рукописям греков, бывших под властью турок.
В 1654 году патриарх Никон собрал в Москве Собор, который принял все его исправления, а в 1655 г. они были одобрены восточными патриархами. На Соборе 1666 года все, не признавшие новых книг и исправлений и защищавшие старые обычаи в обряды, были преданы проклятию, которое было отменено только в XX веке. Оно вызвало глубокий раскол в русском народе, который получил название старообрядческого.