Если в XVI и XVII веках отношения между Церковью и государством в России были не всегда нормальными, и светская власть часто вмешивалась в церковные дела, все же в жизни государства Церковь занимала исключительно значительное место. Ни Василию III, ни Ивану Грозному не мыслилось, что Церковь можно не признавать или отвергать.
Царь Петр был человеком верующим и даже читал и пел в храме, всю жизнь соблюдал посты, но, вопроса о взаимоотношении Церкви и государства для царя Петра не существовало, так как он считал, что все в стране должно быть подчинено пользе государства. Для управления духовными интересами народа должен был быть учрежден особый разряд чиновников, параллельно с теми, кто управлял другими сторонами народной жизни. Поэтому ломка церковной жизни при царе Петре означала полную перемену в управления Церкви. Первым препятствием к осуществлению такой ломки было патриаршество. Патриарх обладал в России исключительно большим авторитетом и был во многом независим от царя. Поэтому, когда умер патриарх Адриан (1700), царь Петр не допустил избрания ему преемника, а назначил местоблюстителем патриаршего престола архиепископа Рязанского Стефана (Яворского), воспитанника польских иезуитских школ и Киевской коллегии. Петр Великийособенно не доверял великороссийским архиереям, видя в них приверженцев старины и противников всего идущего с Запада. Митрополит же Стефан (Яворский) казался ему более подходящим для возглавления церковных дел в переходную эпоху.
Назревавшее в духовенстве и в народе недовольство нововведениями царя Петра особенно выявилось в связи с процессами над царицей Евдокией и царевичем Алексеем, в которых иерархи и духовенство принимали непосредственное участие. Царь Петр насильно постриг свою жену в монашество, но очень многие продолжали считать ее царицей и поминали в храмах. Когда начался против царицы процесс, к нему были привлечены монахини Покровской обители, в которой она была заключена, ее духовник и митрополит Ростовский Досифей (Глебов). Суд был жестоким, и в числе казненных был и Ростовский митрополит.
Еще более возбудил народ против царя процесс царевича Алексея, который писал из-за границы многим архиереям и духовным лицам и этим вовлек их в свое дело.
Так как местоблюститель патриаршего престола, митрополит Стефан, казался царю недостаточно сочувствующим реформам церковной жизни, царь приблизил к себе в качестве советника архимандрита Феодосия (Яновского), имевшего очень свободный взгляд на религиозные вопросы и умевшего подделываться под мнение царя. Он вел светскую жизнь и вызывал большой соблазн в народе.
Вторым помощником царь Петр избрал себе киевского монаха Феофана (Прокоповича), человека очень начитанного, жаждавшего играть активную роль и участвовать в реформах. Он учился в Киеве, Кракове и Риме, перешел в католичество, но по практическому складу своего ума не воспринял схоластической науки и стал резким противником католического богословия. В Киеве он вернулся в православие и занимал ряд должностей в академии. Похвальное слово Феофана (Прокоповича) Петру I после Полтавской битвы обратила на него внимание царя. В 1716 году он был вызван в Петербург и, несмотря на протесты местоблюстителя Стефана (Яворского) и ректора Московской академии Феофилакта (Лопатинского), обвинявших Феофана в склонности к протестантству, царь добился поставления его в епископа Псковского и поручил ему составление нового положения по управлению Церковью («Регламента»).
Царь Петр решил ввести в России церковный строй, подобный тому, который существовал в лютеранских странах Запада. В 1712 году при посещении Виттенберга он заявил своим спутникам, что ставит очень высоко дело Лютера как устроителя церковных дел. Слова эти относились только к внешнему устройству, а не к догматам веры. Царь Петр всегда подчеркивал, что он не вмешивается в дела веры, и в своих разговорах с католическими богословами в Париже и англиканами в Лондоне указывал, что по всем догматическим вопросам они должны говорить не с ним, а с духовенством. Царь Петр считал, что синодальное устройство протестантской церкви наиболее целесообразно с точки зрения пользы государства.
К началу 1721 года новое управление духовных дел и «Регламент» получили свою окончательную форму. Первое было сосредоточено в руках Святейшего Правительствующего Синода, который явился параллельным Правительствующему Сенату государственным учреждением. Он состоял из президента, двух вице-президентов, 4 советников и 4 асессоров из духовенства. Представителем царя в Синоде был обер-прокурор, «око государя и стряпчий по делам государственным». В указе об учреждении должности обер-прокурора говорилось: «Выбрать в Синод из офицеров доброго человека, кто бы имел смелость и мог дела синодского управления знать». Восточные патриархи признали за Синодом право управлять Церковью.
При епархиальных архиереях были учреждены должности прокуроров (переименованных потом в секретарей) и фискалов или инквизиторов, а при Синоде устроен Инквизиторский приказ для наблюдения за благонадежностью духовенства.
«Духовный Регламент», составленный епископом Феофаном (Прокоповичем), подробно изъяснял смысл и значение происшедших перемен в церковном управлении. Главной целью их являлось ослабление влияния духовенства и церковной иерархии на народ. Ни в указах об учреждении Синода, ни в «Регламенте» слово «Церковь» ни разу не упоминалось.
Первым президентом Синода был назначен митрополит Стефан (Яворский), но после его кончины в 1722 году преемника ему уже не назначили.
Синод обладал в делах веры и управления очень широкими правами, но судебные права Церкви были значительно сокращены. Имущества, принадлежавшие Патриархии, были отобраны в казну.