Русская Церковь с 1448 года была уже, начиная с митрополита Ионы (после Флорентийской унии), самостоятельной, автокефальной Церковью. В XVI веке митрополиты Московские возводились на престол по настоянию великих князей, без благословения Константинопольского патриарха. С другой стороны, в это время Русская Церковь помогала бедствующим восточным Церквам и Афону. В 1586 году царь Федор Иоанновичсобрал в Москве Собор, на котором было решено просить восточных патриархов о даровании московскому митрополиту титула патриарха. Антиохийский патриарх Иоаким, бывший в то время в Москве для сбора пожертвований, поддержал это ходатайство, а через два года в Москву прибыл Константинопольский патриарх Иеремия. Ему было предложено стать Патриархом Московским и всея Руси, но с условием, что он будет жить во Владимире. Последний не согласился и поставил в патриархи митрополита Иова. Это событие произошло 25 января 1589 года. В грамоте, подписанной всеми восточными патриархами, присланной в Москву через два года, патриарху Московскому определялось 5-ое место в диптихе после патриарха Иерусалимского.
Новгород, одно время почти независимый от Москвы, в церковном отношении был подчинен Московскому патриарху. В 1470 году последний архиепископ из новгородцев, Феофил, был заточен, и после него архиепископы присылались из Москвы.
В связи с возвышением московской кафедры, было умножено количество епархий. В Казани была учреждена архиепископия, а епископы, жившие ранее в ханской ставке (Орде), переехали в Москву в Крутицы, где было устроено подворье. И стали именоваться Крутицкими.
Приниженная при Василии III и Иване IV Русская Церковь в конце XVI века стала вновь великой духовной силой благодаря учреждению патриаршества, и ей было суждено в самом начале XVII века стать объединяющим центром распадающегося государства.
После смерти патриарха Иова в 1605 году и кратковременного пребывания на престоле грека Игнатия, назначенного Лжедимитрием, во главе Русской Церкви стал святитель Ермоген. Московское царствопереживало в эти годы страшный кризис. Династия Рюрика пресеклась в 1598 г. после смерти Федора Иоанновича, и на царство был избран брат его жены, царицы Ирины, боярин Борис Годунов. В последние годы его правления положение в стране было очень тяжелым. Несколько последовательных неурожайных лет вызвали страшный голод, из Польши шло войско Лжедимитрия, который выдавал себя за сына царя Иоанна, царевича Димитрия, якобы спасшегося от руки убийц. Многие считали его беглым монахом Григорием Отрепьевым. В походе принимал участие король польский Сигизмунд III, ревностный католик, перешедший из лютеранства, который хотел завоевать Московское царство и ввести в нем унию с Римом.
Вскоре после смерти Бориса (1605) и кратковременного правления его сына Феодора Москвой овладел Лжедимитрий, который поначалу показал себя милостивым и терпимым. 1 мая 1606 года в Москву прибыла в сопровождении 2000 поляков невеста Лжедимитрия, Марина Мнишек, поляки заняли все московские монастыри, вели себя хозяевами, и стало известно об обещаниях, данных самозванцем папе и королю, привести Русскую Церковь и русское государство в подчинение Католической Церкви. Произошел резкий переворот в отношении к Лжедимитрию, и он был свергнут и убит.
Без земского собора и вне традиций представителями сословий, оставшимися в то время в Москве, царем был провозглашен князь Василий Шуйский (1606-1610). Ввиду появления нового самозванца («тушинского вора»), царь Василий торжественно перенес в Москву мощи убиенного царевича Димитрия.
В годы развала государства Православная Церковь стала единственным центром, к которому стремились все, кому была дорога Родина и ее православная вера. Во главе этих сил стал патриарх Ермоген. Он ободрял царя, увещевал бояр, рассылал по городам грамоты, призывая всех встать на защиту страны. Его поддерживали митрополит Казанский Ефрем и тверской архиепископ Феоктист, которого мятежники убили при взятии города в 1608 году.
После свержения царя Василия Шуйского (1610), когда в Московском царстве наступила полная анархия, патриарх Ермоген вновь возвысил свой голос и выдвинул кандидатом в цари юного сына митрополита Филарета (Романова), Михаила. Он открыто призывал к изгнанию поляков и шведов, но объявил, что, если польский королевич Владислав примет православие, он благословит его на царство, ради спасения страны, так как за него стоит боярство и многие дворяне.
В начале 1611 года представители городов прибыли в Москву за получением указаний от патриарха и собрали первое народное ополчение, которое подошло к Москве. Поляки в это время заняли Кремль, и патриарх оказался их пленником. Руководство делом спасения страны перешло к Троице-Сергиевой Лавре, во главе которой стояли архимандрит Дионисий и келарь Авраамий (Палицын).
Святой Сергий в видении явился богатому купцу и именитому нижегородцу, Кузьме Минину, и благословил его стать на защиту отечества. Он и князь Дмитрий Пожарский стали во главе второго ополчения и со всех сторон собрали к Москве войска.
В начале 1612 года, заморенный голодом в темнице, скончался святой патриарх Ермоген (память 17/2 марта). Для возглавления Русской Церкви, ввиду невозможности выбора нового патриарха, «Совет всей Русской земли», собравшийся в Ярославе летом 1612 года, избрал митрополита ростовского Кирилла, он же стал временно и главой государства. Пожарский возглавил правительство, а Минин стал министром финансов.
22 октября Москва была освобождена от врагов. Пришло время для избрания царя. По всем областям были разосланы выборные для опроса народа. Посланники возвратились с известием, что народ с радостью признает царем Михаила Романова. В Неделю Православия, то есть в первое воскресенье Великого поста, был последний Собор: каждое сословие подало письменное мнение, и все эти мнения найдены сходными, все сословия указывали на Михаила Федоровича Романова. Тогда рязанский архиепископ Феодорит, троицкий келарь Авраамий Палицын, Новоспасский архимандрит Иосиф и боярин Василий Петрович Морозов взошли на Лобное место и спросили у народа, наполнявшего Красную площадь, кого они хотят в цари? «Михаила Федоровича Романова» – был ответ. Так 21 февраля 1613 г. царем был избран Михаил Федорович Романов.
Преемник патриарха Ермогена был избран только через 7 лет, в 1619 году, так как большинство иерархов считали кандидатом митрополита Филарета, отца царя Михаила, но он находился в плену в Польше. 11 мая 1613 года митр. Кирилл возложил царскую корону на молодого царя в Успенском соборе.
Из-за юности царя государством правила инокиня Марфа, мать царя Михаила. Лучшие люди, как князь Пожарский и Минин, были удалены от дел, а знаменитый игумен Троице-Сергиевой Лавры Дионисий – обвинен в ереси и заключен в темницу. Троице-Сергиевой Лавре пришлось еще раз в 1618 году пережить осаду войск королевича Владислава, желавшего овладеть русским престолом.
Только с возвращением из польского плена митрополита Ростовского Филарета (1619) и с его избранием на патриарший престол для Русской Церкви наступил период мира. Он освободил из темницы игумена Дионисия и поручил монахам Троице-Сергиевой Лавры подготовку реформ церковной жизни и исправления богослужебных книг. Большинство работников, объединенных в Лавре вокруг Дионисия, были почитателями Максима Грека: они издали его труды и возобновили работу по исправлению богослужебных книг, начатую игуменом Дионисием еще до его заключения в тюрьму. Патриарх Филарет сделал много для распространения православия на Востоке и способствовал переселению крестьян в Сибирь, где были построены многочисленные храмы. Так как до самой своей смерти в 1633 г., в сущности, он правил совместно со своим сыном царем Михаилом Федоровичем, значение Церкви очень возвысилось. Патриарший двор был устроен по образцу царского, и сам патриарх носил титул Великого Государя.