Вторая половина ХVII века, несмотря на потрясения, вызванные расколом старообрядчества, является эпохой расцвета духовного просвещения и на юге, в Киевской митрополии, и в Московском Патриархате. В первой половине века на юге единственным культурным центром был Киев, где все просвещенные деятели Церкви объединялись вокруг братской школы, а потом Киевской духовной академии. В 1654 году произошло воссоединение Киевской и Московской Руси, в котором решающую роль сыграло желание народа подчиниться православному царю. В 1648 году был основан новый церковно-культурный центр в Чернигове, кафедра которого вдовствовала 150 лет. Устроителем обширного края, в который до основания кафедр в Белгороде и Воронеже входила вся левобережная Украина, был архиепископ Лазарь (Баранович), сделавший очень много для просвещения своей епархии. Его ближайшим помощником был святой Феодосий. Он происходил из древнего рода Углицких, получил образование в Киевской академии и провел несколько лет строгой подвижнической жизни в Киево-Печерской Лавре. Как игумен киевского Выдубецкого монастыря, а впоследствии черниговского Елецкого монастыря, святой Феодосий заботился о строгости исполнения устава, благолепии церковных служб и пения, устраивал школы, богадельни и библиотеки. Он способствовал такжеобъединению в 1686 году Киевской митрополии и Московского Патриархата. Как архиепископ Черниговский, он не только довершил дело архиепископа Лазаря, но строгим выбором пастырей, привлечением мирян к работе в церкви и широкой миссионерской работой поднял на высокий уровень дело просвещения Черниговского края. Его справедливый архиерейский суд и защита слабых сделали из него духовного вождя малороссийского народа. Святитель Феодосий скончался в 1696 г. и был причислен Церковью к лику святых (память 5/18 февраля).
Другим центром в Киевской митрополии была Почаевская Лавра, где подвизался прп. Иов. Она служила в ХVIIвеке оплотом православия против унии, борьба с которой была очень упорной. Самым жестоким гонителем православных был католический полоцкий епископ Иосафат Кунцевич. Он был убит толпой народа, доведенного до отчаяния преследованиями. Самым решительным борцом против унии был брестский игумен Афанасий.
Начиная с середины ХVII века киевские ученые во множестве переехали в Москву, которая стала скоро большим просветительским центром. Там проявилось три направления в деле образования. Одни были склоны к изучению греческого языка, вторые, опасаясь греков, считали, что надо беречь свой русский природный язык от заимствований из других языков. Поборником чистоты русского языка был протопоп Аввакум (повествование о его жизни написано на замечательном по чистоте и правильности языке). Третье направление отдавало предпочтение латинской науке и поэтому настаивало на изучении латинского языка. Во главе его стоял ученый монах Симеон Полоцкий, который учился в католических учебных заведениях на Западе. Отмечают его большое влияние на царя Алексея Михайловича. Он писал научные труды, сочинял духовные стихи, драмы.
В 1685 году, в Москве была основана выписанными из Греции братьями Лихудами, Славяно-греко-латинская академия. В эти же годы ученый черниговский архимандрит Димитрий (Туптало), впоследствии митрополит Ростовский, начал печатание полного собрания житий святых.
При патриархе Иоакиме (Савелове, 1674-1690) в Москве боролись два течения. Одно возглавлялось воспитателем детей царя Алексея Михайловича Симеоном Полоцким, авторитет которого при царе Феодоре Алексеевиче и царевне Софье был очень велик. Вторым руководил Епифаний Славинецкий.
Патриарх целиком стоял на стороне Епифания, так как боялся западного влияния, которое, благодаря Симеону Полоцкому, проникало в Москву. Поэтому патриарх поддерживал греков. Богословский спор возник из-за определения времени пресуществления Святых Даров. Симеон Полоцкий, согласно с католическим учением, утверждал, что оно совершается при произнесении слов Спасителя: «Примите, ядите…», а Епифаний Славинецкий – согласно православной традиции – во время призывания Святого Духа (эпиклезис).
Патриарх Иоаким, сам человек ученый, опровергал сочинения Симеона: «Венец веры», «Цвет духовный» и «Обед душевный», но не мог ничего предпринять против их автора, настолько сильно было влияние Симеона. Только после смерти последнего, патриарх, поддержанный братьями Лихудами, начал борьбу с латинским влиянием и его выразителем, монахом Сильвестром Медведевым, написавшим в защиту западных идей книгу «Манна». Лихуды ответили «Врачеванием от угрызений змиевых» и «Диалогами грека к некоему иезуиту».
В 1690 году в Москве был созван Собор, на котором осудили учение Сильвестра Медведева, а также книги, написанные киевскими учеными. Через год Сильвестра Медведева, который был очень близок к Шакловитому(глава стрелецкого приказа, подстрекавший стрельцов убить Петра I) и царевне Софье, казнили.
В конце XVII века Русская Церковь значительно расширилась территориально. Были открыты новые епархии. Сибирская епархия, основанная в 1620 году, была преобразована в 1668 году в митрополию. Кроме того были учреждены епархии в Нижнем Новгороде, Воронеже, Вятке, Архангельске, Белгороде, Астрахани и Тамбове. Митрополиты Киевские, после вхождения митрополии в состав Московского Патриархата, стали именоваться «Митрополитами Киевскими, Галицкими и всея Малые Руси».