Инициатором создания в городе Могилеве нового монастыря стало православное братство, начавшее свою деятельность в 1597 г. при Спасской церкви. Причиной для постройки обители явилось закрытие в 1619 г. в Могилеве всех православных церквей, поводом к которому послужила жалоба униатского архиепископа Иосафата (Кунцевича) польскому королю на горожан, которые не впустили его в город и угрожали расправой. И хотя по специальному декрету короля униатский архиепископ получил в полную власть все храмы города, в 1620 г. «священники могилевские объявили Иосафату, что они по отобрании у них церквей ни в чем не касаются до церквей, а трудами рук своих питаются и его за пастыря не признают».
Благодаря ходатайству Виленского Свято-Духова братства значительную помощь в деле создания православной обители жителям Могилева оказал поборник православия князь Иван Богданович Огинский, подкоморий Троицкий. Он признал плац, купленный Могилевским братсвом для строительства, своим и совершил в трибунальном суде передачу этого плаца Свято-Духову братству. Это обеспечило могилевчанам относительную независимость от произвола униатов.
Уже 9 мая 1620 г. на постройку Богоявленского храма и монастыря была дана грамота с благословением от Иерусалимского патриарха Феофана, возвращавшегося из Москвы в Палестину через Беларусь. Было также 
утверждено существование училищного братства (отсюда и название монастыря - училищный и братский).
Однако официальное разрешение на образование братства и начало строительства было получено от польского короля Владислава IV только в 1633 г. В Синодике настоятелей Богоявленского монастыря основателем его называется архимандрит Варлаам (Половка), инок Виленской Свято-Духовой обители, деятельность которого в Могилеве проходила с 1634 по 1639 г. Следовательно, обитель была воздвигнута именно в этот период.
В1657 г. в монастыре началось строительство огромной каменной колокольни, которая дополнила собой монументальный архитектурный ансамбль обители.
Богоявленский монастырь не раз подвергался опустошительным пожарам. В 1664 и в 1666 гг. огонь уничтожил все, кроме каменных стен обители. В1708 г. шведы унесли все драгоценные украшения монастыря. Разрушения и пожары происходили также в 1748,1810 и 1850 гг.
В жизни обители очень велика была роль братства. Братчики распоряжались монастырскими доходами, используя их для широкой просветительской деятельности среди местного населения. В 1669 г. при церкви святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова, находившейся в Богоявленском монастыре, было учреждено так называемое младшее братство. Оно состояло из молодых (неженатых) мужчин и незамужних женщин, «кои вписывались в число братчиков и делали по возможности между собою складки денежныя на церковныя той Церкви надобности». Люди же зрелого возраста, а также женатые и замужние вписывались в число «братчиков» большой Богоявленской монастырской церкви. Они также вносили денежные пожертвования для содержания училища, госпиталя и типографии, в которой издавалось большое количество душеспасительной литературы на белорусском и польском языках.
Примечательно, что в 1755 г., когда прославленный святитель Георгий Конисский, бывший ректор Киево-Могилянской академии, прибыл на могилевскую кафедру, он сразу же, после встречи его магистратскими чиновниками и духовенством, «благословляя народ, приехал к Братскому монастырю и, по входе в церковь Братскую, служил в оной Литургию».
В1828 г. епископ Могилевский Павел (Морев) просил Св. Синод ходатайствовать перед Николаем I о возведении братского монастыря в штат второго класса. Просьба была удовлетворена. Это давало обители право на необходимое количество земли и ежегодное денежное содержание из государственного казначейства в размере более 35 тыс. рублей. В этот период в монастыре находились две каменные церкви, каменная звонница, здание типографии и въездные врата с двумя башнями, деревянные настоятельские и братские кельи.
Главный храм - Богоявленский - в стилевом отношении содержал черты, свойственные раннему барокко. В 1700 г. величественная церковь увенчалась куполом, а в XVIII в. был перестроен и главный фасад. Западная часть объемно-пространственной композиции - трехнефная базилика с широким центральным нефом — воплощала в себе черты архитектуры двухбашенных костелов, а восточная (алтарная) была крестовокупольной, построенной в традициях древнерусского зодчества. Знаменательно, что в этом храме особое внимание уделялось главному порталу, чего не было в древней белорусской архитектуре; тема портала имела свою символику «входа», непосредственно связанную с богословским содержанием. Здесь можно было увидеть стремление приготовить дом Спасителя к Его триумфальному возвращению, приветствовать Его и встретить как Царя ведь Сам Христос стал вратами, дающими доступ к Откровению и Спасению.
Церковь имела четыре престола: первый (большой) - во имя Богоявления Господня; второй, с правой стороны, - во имя Сошествия Святого Духа; третий, слева, - во имя Рождества Пресвятой Богородицы; четвертый, в приделе (с левой стороны), - во имя преподобного Феодосия. Внутренний интерьер храма выделялся особой пышностью и богатством убранства. Главной знаменитостью церкви были росписи стен и позолоченный иконостас искуснейшей резьбы, а также местные иконы в серебряных окладах с позолотой. Вторая церковь, во имя Иоанна Богослова, была расположена напротив настоятельских келий. В монастыре находился чудотворный образ Божией Матери, называемый Братским. Явление и первое чудо, прославившее эту икону, произошло 19 марта 1655 г., в день святых мучеников Хрисанфа и Дарий, когда излившая слезы икона по молитве перед ней спасла горожан от осады войсками гетмана ВКЛ Я. Радзивилпа. Второй раз Божия Матерь прославила свою икону в 1708 г., когда князь Меншиков, будучи в Могилеве, задумал отомстить жителям города за избиение «москвитян» в 1661 г. По преданию, стоя в Богоявленском храме перед чудотворной иконой, он внезапно был повержен на землю и после этого, устрашенный и смущенный гневом Божиим, больше не осмеливался ни входить в церковь, ни замышлять разорения непокорного города над Днепром.
Кроме того, было множество частных случаев исцеления перед образом Пречистой Девы, которые зафиксированы в документальных исторических свидетельствах. А в 1910 г. Божия Матерь спасла весь город от уничтожения огнем. Тогда загорелось предместье Луполово, пожар из-за ветра перешел в город и угрожал Воскресенской церкви и Богоявленскому монастырю. Могилевчане вынесли чудотворный образ на объятые пламенем улицы - и ветер, внезапно повернув, погнал огонь в обратном направлении от центра города.