8 сентября 1925 года в Варшаве после подписания конкордата между Польшей и Ватиканом владыка Андрей присягнул на верность и лояльность Польской республике вместе со всеми католическими епископами страны. Тем самым он пытался отвести обвинения в антигосударственной деятельности и поддержки украинских повстанцев, продолжавших вооруженную борьбу.
Конкордат, готовившийся без участия епископов, перечеркнул плоды многолетних усилий митрополита Андрея. Было запрещено восстанавливать греко-католические епархии, насильственно ликвидированные в прошлом веке. Согласно нормам канонического права, эти епархии считались существующими, их возглавлял митрополит Галицкий, на основании полномочий папы.
Власти использовали конкордат, чтобы активно влиять на номинацию кандидатов на епископские должности, не допускать до рукоположения тех, кого они считали украинскими националистами.
Польское правительство полагало, что лучше вообще рукополагать на греко-католические кафедры только поляков: епископом для Лемковщины был продвинут поляк прелат Антоний Около-Кулак, в православные епископы удалось провести двое поляков Семашко и Шреттера, которые вскоре заняли ключевые должности. Стало практически невозможно основывать греко-католические приходы вне Галиции.
10 декабря написал тревожное письмо кардиналу Синчеро в Рим в котором писал об опасности конкордата для соединения церквей.
2 февраля 1928 викарный епископ Пермышльской епархии сообщил, что в результате канонической визитации греко-католиков в Лемковщине 6 приходов ушло в автокефалию. 8 октября митрополит участвовал в собрании епископов трех обрядов о взаимоотношениях верных различных исповеданий, на котором он отстаивал равенство обрядов Католической церкви и запрет перехода из обряда в обряд.
Защитник православия
В октябре президент 1929 года Украинского национально-демократического объединения Дмитрий Левицкий сообщил митрополиту о намерениях римско-католических духовных властей в восточных областях Польши забрать у православных около 400 храмов (ранее бывших униатскими). До Свято-Юрской горы также доходили вести с противоположной стороны границы о массовых гонениях на христианство в Совдепии. В марте 1930 года, когда болезнь окончательно приковала его к инвалидному креслу, митрополит обратился к верным и духовенству молиться за гонимых в Советском Союзе.
В октябрь митрополит протестовал против государственной политики «пацификации» (умиротворения): польские войска, борясь с украинским повстанческим движением, проводили массовые прочесывания местности, выселяли селян из хат, закрывали православные храмы или отдавали их римо-католикам. Многие из таких храмов когда то были костелами, отобранными в XIX веке царскими властями во время подавления двух польских восстаний. С точки зрения Польши, «пацификация» исправляла историческую несправедливость. Митрополит не одобрял участия своих священников в Организации украинских националистов и осуждал террористическую деятельность против представителей государственной власти.
Владыка Андрей приезжал в Варшаву, где безуспешно пытался встретиться с маршалом Юзефом Пилсудским. 13 октября Шептицкий открыто выступил против разрушения польскими властями православных храмов на Холмщине и Подляшье.
Утихнув, гонения возобновились с новой силой в 1938 году. Параллельно митрополита постоянно ругали в прессе, Собор Святого Юра называли рассадником антигосударственной пропаганды и осиным гнездом украинского национализма. Как сообщил митрополиту василианин о. Иосиф Федорик, польские военные постановили превратить Холмщину в укрепленный район, населенный только польским населением с целью отразить готовящее военное вторжение Советского Союза. Сейм одобрил постановление о переходе к государству прав на имущество бывшей униатской церкви, ликвидированной в Российской империи в правление Николая I и Александра II. Хотя в тексте конкордата об имуществе ликвидированной униатской церкви не упоминалось, в народе распространялись слухи, что Папа продал церкви полякам.
24 января 1938 года митрополит уведомил Нунция Кортези об эйфории в прессе об успехах обращения восточных схизматиков (т.е. православных) в истинную веру и превращения оных в польских патриотов. Митрополит утверждал, что это духовное насилие, сопровождаемое конфискацией православной прессы, нанесло колоссальный удар по авторитету Рима.
В мае митрополит получил благодарственное письмо православной молодежи Волыни за заступничество за украинский народ. Для укрепления позиций в июне папа назначил его ассистентом Апостольского престола.
В июле епископ Иоанн Бучко сообщил о продолжающемся разрушении православных храмов в Холмщине. С целью довести до польского духовенства подлинный смысл происходящих событий он написал письмо своему знакомому латинскому священнику, где осудил «николаевские» методов польского правительства, которое нанесло самый тяжелый удар по Унии за всю историю ее существования. От имени греко-католической церкви он заявил, не претендует ни на какое имущество, которое перешло к православным после ликвидации унии.
«Потрясающие события последних месяцев на Холмщине вынуждают меня публично встать в оборону преследуемых наших братьев, несоединенных православных христиан Волыни, Холмщины, Подляшья и Полесья, и призвать Вас к молитве за них и к делам покаяния, чтобы вымолить с неба Божие милосердие» - говорилось в митрополичьем послании 2 августа 1938 года, которое было конфисковано властями. 6 Августа в очередном послании «О преследованиях на Холмщине» он призвал гонимых хранить православную веру и свой обряд. Послание распространялось подпольно через активистов ОУН.
26 августа викарный епископ Иоанн Бучко сообщил о конфискациях послания и запрете его публикации в Польше, газета «Gonec Warszawskij» писала, что конфискация храмов была проведена по договоренности между польским правительством, латинским епископатом и Нунцием Кортези. В Холмщине сложилась невыносимая обстановка, даже находящимся там василианам (имевших репутацию лояльных) власти велели говорить по-польски не только в проповедях, но и вне храма. Православное духовенство уже перешло на польский. Доверенный латинский священник сообщил, что власти в скором будущем закроют все православные храмы в восточных районах
10 сентября галицкий священник Федор Яцура описал свое пребывание на Волыни. Он видел духовный подъем народа и чувство грядущей опасности. В тех селах, где служат священники москвофилы сильны коммунистические симпатии и ожидание прихода Красной армии. Во время церковных праздников люди собираются вокруг радиоприемников и слушают церковные передачи из Львова, богослужения и проповеди митрополита. Сильна ненависть к римо-католикам.
Православный митрополит Дионисий Варшавский сердечно благодарил за заступничество. В своем ответе митрополит Андрей назвал Дионисия своим братом во Христе.