Родина наша, во всю ее историю ведома Господом то путем славы и величия при благочестии и чистоте ее народа; то по тернистому пути испытаний и невзгод за великие наши грехи. Но, как только народ православный возносил покаянные молитвы, Русь возвращалась на путь благоденствия. Так было и в смуту начала XVII века.
Раздоры кончились. И в феврале 1612 года Кострома напутствовала нижегородское народное ополчение, которое двигалось в Москву для окончательного освобождения от иноверного засилья.
Вскоре в Москве собирается земский Собор, который избирает на русский престол шестнадцатилетнего Михаила Романова. В неделю Православия Москва присягнула православному царю. Сам Избранник в это время пребывал в своей костромской вотчине - селе Домнине.
Из Москвы в Кострому было отправлено Великое Посольство для изъявления воли народа вновь избранному монарху. В это же самое время поляки, надеясь вовлечь Москву в зону своего влияния, и тем самым укрепить в ней католичество, решили захватить Михаила.
Но Господь хранил нашу Родину. Русский крестьянин Иван Осипович Сусанин ценой своей жизни спас царя и тем самым Россию.
14 марта, на двенадцатый день своего движения от Москвы, посольство торжественным шествием с правого берега по льду Волги направилось к Ипатьевскому монастырю. В то же время вторая процессия из духовенства и мирян двигалась из Костромы. Обе процессии были встречены у стен монастыря Михаилом и его матерью. Был воскресный день, колокольные звоны всех костромских церквей оглашали это историческое событие. Послы преподнесли избраннику грамоты. Но Михаил и его мать инокиня Марфа долго отказывались от этой чести. И только после умолений в продолжение шести часов Избранник, представ чудотворному образу Феодоровской Божией Матери, был благословлен на царство.
Годы процветания
Наступило время, когда монастырь под покровительством российских монархов обновлялся и процветал. После нормализации обстановки в стране с 1621 году началось восстановление монастыря. Сначала были приведены в порядок поврежденные во время осады стены, а затем засыпан осадный ров. В 1673 году строится новая церковь Иоанна Златоуста в одной связи с каменной колокольней и каменными больничными кельями. (В последующем, в 1808 году церковь и кельи за ветхостью были разобраны)
В конце 1652 году на месте разрушенного взрывом, был отстроен новый, ныне существующий Троицкий собор, который только в 1684 году удалось расписать. Руководили работами изографы Гурий Никитин и Сила Савин - известные на всю Россию мастера. Настенная фресковая роспись имеет четыре яруса. Из них самый верхний славит Пресвятую Троицу, второй - чудеса Господа, нашего Иисуса Христа, третий описывает Страсти Христовы, нижний, четвертый, повествует о деяниях Святых Апостолов.
К концу XVII века многочисленные жертвователи умножили богатства обители. Все это было свидетельством авторитета монастыря, его значимости в глазах российского общества. Многочисленная братия должна была подтвердить свою роль и место, как в обществе, так и в Православной Церкви. Хозяйственные хлопоты не мешали напряженной духовной жизни. Россия жила и спасалась молитвами таких обителей, как Ипатьевская.
Упадок монастыря
“Начало славных дней Петра” было разрушительным для Ипатьевской обители. В 1693, 1699 и 1700 годах снимается часть колоколов, которые вместе с медными котлами пересылаются в Москву для ратного дела. Последующие годы правления прославленного монарха были столь же неутешительны, как и первые. Вот что мы находим в грамоте, адресованной Священному Синоду, которую направил в 1721 году вновь назначенный архимандрит Гавриил: "…нашел в Ипатьевском монастыре все ветхое, …врата распалися и столпами деревянными подперты, всего же разорения обители вкратце и описать невозможно".
По-видимому, упадок монастыря был прямым следствием ряда царских указов, по одному из которых доходы и пожертвования, превышавшие 6 рублей в год из расчета на одного монаха, изымались в казну.
Монастырь впервые стал использоваться, как место ссылки. Сюда удаляют братьев Лихудов Иоанникия и Софрония, вызванных в свое время из Греции для перевода богослужебных книг. Здесь знаменитые братья заканчивают работу над "грамматикой".
Восстановление
В 1744 году монастырь становится местом жительства архиерея вновь учрежденной Костромской епархии. Это было началом нового этапа в жизни монастыря. Началось его восстановление и новое строительство. В это время надстраивается третий этаж настоятельских покоев. В 1764 году заканчивается строительство нового теплого храма в честь Рождества Богородицы, в Троицком соборе заново устанавливается новый иконостас, который сохранился: до наших дней.