Вопрос филогении яблони окончательно не является решенным, отдельные системы предложили Ф. Д. Лихонос (1983), В. Т. Лангенфельд (1991), В. В. Пономаренко (1992). Можно, однако, считать доказанным, что в происхождении М. domestica принимали участие яблоня лесная, восточная, Сиверса и некоторые другие виды.
Яблоня лесная Μalus silvestris (рис. 1) является деревом второй величины и занимает в лесах Курской, Белгородской, Воронежской областей значительные массивы, хотя встречается много севернее, например, в Вологодской области в виде единичных деревьев. Этот вид зимостоек, цветение наступает после распускания листьев. В плодоношение вступает сравнительно поздно.
Яблоня восточная M. orientalis (рис. 2) встречается в Крыму и на Кавказе, также часто в виде больших массивов. Сопутствует буку, грабу, алыче. Незимостойка, плодоношение наступает поздно, плоды хорошо хранятся. Отличается длительным периодом вегетации и цветет до распускания листьев. Весьма полиморфна, что, согласно Н.И. Вавилову, часто наблюдается в центре происхождения культуры. Вероятно, этим центром является обширная территория, включающая Северный Кавказ, Закавказье, крупнейшие горные системы Азии: Копетдаг, Гиссарский, Зеравшанский, Алайский, Заилийский, Ферганский хребты, Таласский Алатау, Тянь-Шань и ближайшие к ним районы.
Помимо Н. И. Вавилова, такого же мнения придерживаются и другие авторы (Декандоль, 1883, В. В. Пашкевич 1929, 1938).
Яблоня Сиверса М. sieversii (рис. 3) произрастет в Средней Азии, засухоустойчива, кора серой окраски, листья снизу опушены, ветви отходят под прямым углом. Дерево высотой 8-12 м, легко размножается корневой порослью. Зачастую ряд деревьев имеет одну корневую систему.
Рис. 1
M. silvestris
| 
Рис. 2
M. orientalis
|
M. Nedzvetskyana, которая впервые использована И. В. Мичуриным, имеет бордовую окраску листьев, цветков и плодов, также произрастает в Средней Азии. Некоторые авторы считают эту яблоню разновидностью M. pumila.
Яблоня низкая M. pumila (рис. 4) растет в виде куста или низкого дерева, имеет войлочное опушение листьев и побегов на ранних стадиях онтогенеза, отличается засухоустойчивостью и ранним созреванием плодов пресно-сладкого вкуса. Разновидности яблони низкой парадизка и дусен дали начало подвоям, обусловливающим сдержанный рост привитых сортов яблони.
Рис. 3
М. sieversii
| 
Рис. 4
M. pumila
|
Не исключена вероятность, что среднеазиатские виды были занесены на Ближний Восток, Кавказ, в европейскую часть России и способствовали существенному генетическому обогащению произрастающих на этих территориях яблонь. Так, по-видимому, произошла яблоня ранняя M. praecox, выделяемая авторами 20 века в отдельный вид. Впрочем, точно так же вероятна и обратная миграция. Согласно А. М. Скибинской, признаки перечисленных выше видов встречаются у различных сортов M. domestica.
Помимо указанных видов в формировании современного сортимента сортов важная роль принадлежит яблоне сливолистной или китайке M. prunifolia (рис. 5). Согласно Г. Г. Тарасенко китайка произошла путем естественной гибридизации ягодной яблони M. baccata (рис. 6) с сортами М. domestica.
Китайка широко использовалась И. В. Мичуриным для гибридизации с западноевропейскими десертными сортами яблони домашней. В дальнейшем этот метод был применен другими отечественными селекционерами для получения устойчивых к суровым условиям Сибири сортов, а также селекционерами США и Канады.
Реже использовалась сама ягодная яблоня, вследствие более трудного скрещивания с яблоней домашней и резкого уменьшения размера плодов гибридного потомства.
Рис. 5
М. prunifolia
| 
Рис. 6
M. baccata
|
При получении новых сортов применялись и другие виды: яблоня обильно цветущая (M. floribunda), яблоня венечная (M. coronaria), яблоня замечательная (М. spectabilis), яблоня Холла (М. halliana), яблоня Зибольда (М. sieboldii).