На фоне значительного укрепления советских Вооруженных сил, усиления могущества и престижа Красной Армии подспудно зрели процессы, непосредственно связанные с укреплением режима личной власти И.В. Сталина и разгулом репрессий второй половины 30-х годов.
И.В. Сталин безусловно опасался того значения и влияния, которое приобретал командный состав армии и флота в обществе, однако попытки его окружения обнаружить какие-либо реальные факты оппозиции в Вооруженных силах страны курсу генерального секретаря ЦК партии или даже признаки организованного сопротивления со стороны военных вплоть до середины 30-х годов не увенчались успехом. Рабоче-Крестьянская Красная Армия действительно была таковой для всего населения страны, которое, несмотря на значительные лишения и трудности, по-прежнему с энтузиазмом строило новое социалистическое общество. Командный состав Вооруженных сил, прошедший через огонь и кровь гражданской войны, был беззаветно предан партии и Советскому государству.
Однако болезненная подозрительность И.В. Сталина, поддерживаемая и разжигаемая абсолютно подконтрольными ему карательным органами, должна была в конце концов обратиться и на армию. Совершенно неожиданно в июне 1937 года советскому народу и всему миру было сообщено, что несколько самых знаменитых советских полководцев (М.Н. Тухачевский и др.) были арестованы, обвинены в измене и расстреляны.
Следует отметить, что репрессии в Вооруженных силах начались еще до ареста Тухачевского, под их удары попадали некоторые уже достаточно крупные военачальники, однако они пока вполне вписывались в полосу политических процессов, которые начались после убийства С.М. Кирова в Ленинграде в 1934 г.
Начавшиеся же с июня 1937 года репрессии в армии, приобретают массовый характер. Они не только обрушились на высший командный состав Красной Армии, но и затронули все военные округа и крупные воинские формирования. При помощи сфальсифицированных документов военных, попавших в категорию «врагов народа» и «шпионов иностранных разведок», привлекали к суду, и чаще всего их ожидала высшая мера наказания. Нередко власти даже не удосуживались провести гласные судебные процессы над обвиняемыми.
Так был арестован и расстрелян без суда командующий Дальневосточной армией маршал В.К.Блюхер, только что отразивший нападения японцев. Кстати, по злой иронии судьбы именно маршал В.К. Блюхер председательствовал на процессе по делу военачальников во главе с М.Н. Тухачевским. Из первых пяти Маршалов Советского Союза (это воинское звание было введено в 1935 году) были арестованы трое – М.Н. Тухачевский, А.И. Егоров и В.К. Блюхер. По данным некоторых исследований из общего числа 733 высших командиров и политработников Красной Армии (начиная с комбрига и бригадного комиссара и до Маршала Советского Союза) было репрессировано 579 человек. По другим данным с мая 1937 года по сентябрь 1938 года подверглись репрессиям около половины командиров полков, почти все командующие войсками военных округов, большинство политработников корпусов, дивизий и бригад, около трети комиссаров полков.
Были расстреляны начальник морских сил РККА, заместитель наркома обороны В.М. Орлов, начальник военно-воздушных сил Я.И. Алскнис, начальник разведуправления штаба РККА Я.К. Берзин, почти все командующие и политические руководители округов. Опустошению подверглись Наркомат обороны, военные академии, аппарат Вооруженных сил страны.
В результате к началу Великой Отечественной войны только 7% командиров Красной Армии имели высшее военное образование, а 37% не прошли полного курса обучения даже в средних военно-учебных заведениях. Состояние командного состава того времени усугубилось еще и тем, что большинство репрессированных военачальников имели значительный боевой опыт гражданской войны, участия в войнах в Испании, в Китае, в советско-японских вооруженных конфликтах. Многие из них хорошо знали немецкую военную организацию и военное искусство. Заменившие же их командные кадры такими знаниями не обладали. Репрессии вызвали огромную текучесть командных кадров. Ежегодно получали новые назначения десятки тысяч офицеров. Нередко, едва приступив к работе в новой должности, они вновь перебрасывались к следующему месту службы. Кадровая чехарда отрицательно сказывалась на уровне дисциплины и боевой выучке войск. Все это происходило в период стремительного роста численности армии, создания новых частей и соединений, увеличения числа командных должностей. Образовался огромный некомплект командиров, который год из года возрастал.
В 1941 г. только в сухопутных войсках не хватало по штабам 66 900 командиров, в ВВС некомплект летно-технического состава достиг 32,3%.Особенно сильно пострадал высший командный состав: в 1938-1940 гг. сменились все командующие войсками военных округов, на 90% были обновлены их заместители, помощники, начальники штабов, начальники родов войск и служб, на 80% – руководящий состав корпусных управлений и дивизий, на 91 % – командиры полков, их помощники и начальники штабов полков. В сухопутных войсках были сняты с должностей и арестованы 27 командиров корпусов, 96 командиров дивизий, 184 командира полка. Репрессиям подверглась основная часть руководящего состава Наркомата обороны. Погибли 9 заместителей наркома, 4 командующих ВВС, 5 начальников разведуправления Генштаба, 4 командующих Военно-морским флотом, многие ответственные работники военного ведомства.
В общей сложности в предвоенные годы было репрессировано около 600 лиц высшего начальствующего состава. История не знает примеров, когда накануне большой войны с таким ожесточением и размахом уничтожался бы цвет собственной армии. В течение полутора лет было уничтожено вдвое больше генералов, чем погибло в боях Великой Отечественной войны.