В соответствии с Уставом Союза Беларуси и России в 1997 году были образованы Высший совет и Исполнительный комитет Союза, Парламентское Собрание Сообщества было преобразовано в Парламентское Собрание Союза Беларуси и России. В 1997-1998 годах происходит формирование исполнительных органов Союза, общего бюджета, осуществляется разработка и реализация первых союзных программ. Образованы Пограничный и Таможенный комитеты, Комитет по вопросам безопасности. В январе 1998 был подписан Договор о совместной Телерадиовещательной организации Союза Беларуси и России. 25 декабря 1998 президенты подписали Декларацию о дальнейшем единении Беларуси и России, Договор о равных правах граждан, а также Соглашение о создании равных условий субъектам хозяйствования. 8 декабря 1999 в Москве состоялось подписание Договора о создании Союзного государства, и была принята Программа действий Республики Беларусь и Российской Федерации по реализации положений Договора о создании Союзного государства. 26 января 2000, после ратификации Договора парламентами двух стран, он вступил в силу.
В рамках Союзного государства образованы и работают Пограничный и Таможенный комитеты, Комиссия Союзного государства по гидрометеорологии и мониторингу загрязнения природной среды, Комиссия по тарифному и нетарифному регулированию при Совете Министров Союзного государства, Телерадиовещательная организация Союзного государства. Эти органы состоят из представителей республиканских и федеральных органов государственного управления Беларуси и России и периодически собираются на своих заседаниях, где рассматриваются и решаются вопросы союзного строительства в соответствующей сфере.
По другим направлениям работа ведется через совместные коллегии министерств и ведомств Беларуси и России с вынесением вопросов, требующих решения на уровне правительств и глав государств, соответственно на заседания Совета Министров и Высшего Государственного Совета Союзного государства.
Высшим органом Союзного государства является Высший Государственный Совет. В его состав входят главы государств, главы правительств, руководители палат парламентов государств-участников.
Парламент Союзного государства является представительным и законодательным органом Союзного государства.
Совет Министров в соответствии со своей компетенцией: разрабатывает основные направления общей политики по вопросам развития Союзного государства и вносит их в Высший Государственный Совет для рассмотрения; вносит в Парламент Союзного государства проекты союзных законов и Основ законодательства; обеспечивает контроль за выполнением положений Договора о создании Союзного государства, актов Союзного государства и при необходимости вносит мотивированные представления государствам-участникам в случае невыполнения обязательств, вытекающих из них; разрабатывает и вносит в Парламент Союзного государства проект бюджета Союзного государства, обеспечивает исполнение бюджета, представляет Парламенту годовые и полугодовые отчеты об исполнении бюджета; рассматривает отчеты и доклады Счетной палаты; осуществляет управление собственностью Союзного государства; обеспечивает создание и развитие единого экономического пространства, проведение единой финансовой, налоговой, кредитной, денежной, валютной, ценовой и торговой политики; координирует процесс унификации законодательства государств-участников; способствует проведению согласованной политики государств-участников в международных делах, в сфере обороны, безопасности, обеспечения законности, прав и свобод граждан, обеспечения общественного порядка и борьбы с преступностью, а также в области культуры, науки, образования, здравоохранения, социального обеспечения и охраны окружающей среды; осуществляет иные полномочия, возложенные на него Договором о создании Союзного государства и Высшим Государственным Советом.
Постоянный Комитет Союзного государства: реализация положений Договора о создании Союзного государства; разработка предложений по стратегии развития Союзного государства; предварительное рассмотрение программ, проектов и мероприятий Союзного государства совместно с соответствующими органами государств-участников; координация работы отраслевых органов Союзного государства и их взаимодействие с национальными органами государств-участников; контроль выполнения решений, принятых Высшим Государственным Советом и Советом Министров; подготовка проекта бюджета Союзного государства, организация его исполнения и подготовка проектов отчетов о его исполнении. Постоянный Комитет Союзного государства обеспечивает деятельность Высшего Государственного Совета и Совета Министров Союзного государства в соответствии с их регламентом и является ответственным за подготовку их заседаний, формирует и вносит на рассмотрение Высшего Государственного Совета и Совета Министров проекты повестки их заседаний, планов работы. Постоянный Комитет Союзного государства постоянно предоставляет информацию Совету Министров о деятельности отраслевых и функциональных органов Союзного государства, осуществляет хранение актов Высшего Государственного Совета и Совета Министров. Он подотчетен Совету министров Союзного государства.
В Союзном государстве не создана единая судебная система. На территории Союзного государства действуют суды участников Союза. К компетенции национальных судов, в частности, относится и разрешение хозяйственных споров с участием самого Союзного государства, выступающего в качестве участника экономических правоотношений.
Институт союзного гражданства пока не является полноценным правовым механизмом, с помощью которого определяется статус граждан российско-белорусского интеграционного объединения. В качестве такового он выступает в настоящее время лишь при наделении граждан России и Белоруссии правом избирать и быть избранным в Парламент Союзного государства, правом назначаться на должности в органы Союзного государства, а также правом на создание союзных общественных объединений.
Механизм определения правового статуса граждан России и Белоруссии на территории друг друга сводится к предоставлению им правового режима иностранных граждан; в основу определения правового статуса иностранцев в России и Белоруссии положен национальный режим, означающий уравнивание прав иностранцев в той или иной области с правами собственных граждан государства пребывания; и в России, и в Белоруссии национальный режим установлен с условием: иностранцам предоставляются равные с гражданами права и обязанности, если иное не установлено соответствующим правовым актом. Такая оговорка является основой для формирования специального режима иностранцев, который в России и Белоруссии сводится к изъятию из правоспособности иностранных граждан определенных прав, для обладания которыми необходимо наличие гражданства данного государства, а также к возложению на иностранцев дополнительных обязанностей. Политические права, три уровня избирательных прав:
Первый – избирательное право союзного уровня.
Второй – право избирать и быть избранным в органы государственной власти субъектов Союзного государства.
Третий – право избирать и быть избранным в органы местного самоуправления.
В частности, законодательство обоих государств едино в запрете на участие иностранцев в политических партиях. Но, учитывая необходимость предоставления гражданам Российской Федерации, постоянно проживающим в Республике Беларусь, и гражданам Белоруссии, постоянно проживающим в России, избирательных прав на выборах в органы местной власти, а в перспективе – в органы государственной власти субъектов Союзного государства, следует также предоставить им право на участие в политических партиях, так как это право является важным, а при системе голосования по партийным спискам – необходимым условием реализации пассивного избирательного права.
В Договоре о создании Союзного государства ничего не сказано о праве граждан данного государства на свободное передвижение по его территории. Лишь с принятием Конституционного акта Союзного государства предполагается гарантировать право граждан свободно передвигаться, выбирать место пребывания и место жительства в пределах Союзного государства. Существующие между двумя государствами договорные нормы значительно упрощают перемещение граждан Союзного государства по его территории, но не могут быть признаны достаточными.