Большое влияние на пореформенную судебную систему России оказало изменение политического курса самодержавных властителей. Вместо либерально настроенного "отца великих реформ" Александра II, убитого народовольцами 1 марта 1888 г., к власти приходит его сын Александр III, человек консервативных взглядов, более жесткий в проведении политической линии, сторонник не ограниченной никакими институтами самодержавной власти. Человек, пообещавший "уничтожить следы паршивого либерализма", допущенного его отцом.
Россия вступает в период контрреформ. Это проявляется и в министерской чехарде. После отставки А.Н. Замятина и непродолжительного управления С. Урусова, внесших значительный вклад в проведение судебной реформы, в октябре 1867 г. Министром юстиции становится граф К.И. Пален, не имевший опыта работы в данном ведомстве.
Начав служебную карьеру в 1854 году в департаменте Министерства народного просвещения, граф Пален был вскоре переведен на службу в Государственную канцелярию Его Императорского Величества. В 1860 году он назначен экспедитором Государственной канцелярии, затем последовательно занимал должности вице-директора департамента полиции, Псковского губернатора и товарища Министра юстиции. 15 октября 1867 г. граф Пален был назначен статс-секретарем Его Императорского Величества и управляющим Министерством юстиции, а 31 марта 1868 г. утвержден в должности Министра юстиции (Отчет Министерства юстиции за сто лет. 1801—1901 гг. (исторический очерк). СПб., 1902. С. 110). Назначение К.И. Палена современники связывали с именем могущественного Министра внутренних дел П.А. Валуева, с которым он поддерживал дружеские отношения.
Александр III в мае 1884 г. сказал, что "...верховная власть не должна участвовать в ходе правосудия, что Судебные уставы были утверждены покойным государем по настоянию лиц, желавших навязать ему конституцию: что конституцию он считал бы очень покойной для себя самого, но очень опасной для России мерой, что он считает необходимым изменить в этом отношении Судебные уставы" (Половцев А.А. Дневник Государственного секретаря. Под ред. ПА. Зайончковского. М., 1966. Т. 1. С. 197). Таким образом, Александр III рассматривал Судебные уставы 1864 года как первый шаг в направлении конституционного пути развития России. Пути, по которому он идти не желал. Возможно, поэтому в руководстве Министерства юстиции вновь произошли кадровые изменения. 30 мая 1878 г. граф К.И. Пален был уволен с должности с производством его в действительные тайные советники и оставлением членом Государственного Совета в звании статс-секретаря.
Министерство юстиции возглавил юрист по образованию Дмитрий Николаевич Набоков. После окончания курса в Императорском училище правоведения он был определен на службу в Канцелярию Правительствующего Сената, а затем причислен к Министерству юстиции и последовательно занимал должности Симбирского казенных дел стряпчего, товарища председателя Симбирской палаты гражданского суда, редактора гражданского отделения Министерства юстиции и начальника законодательного отделения Министерства.
В ноябре 1885 г. на пост Министра юстиции вместо Д.Н. Набокова был назначен Н.А. Манасеин. За любым законопроектом, разработанным в период его нахождения на посту Министра (1885—1893 гг.), как отмечал в своих дневниках Государственный секретарь А.А. Половцев, четко просматривается фигура ярого сторонника самодержавия К.П. Победоносцева. "Приказчик Победоносцева" — такой ярлык прочно "приклеился" к этому Министру юстиции.
30 октября 1885 г. К.П. Победоносцев представил доклад Государю Императору, который содержал программу постепенного пересмотра Судебных уставов 1864 года путем внесения в них отдельных поправок, нацеленных на подрыв демократических начал и принципов судоустройства и судопроизводства.
В докладе предлагалось: ликвидировать несменяемость судей, независимость суда от администрации, установив такой порядок, когда неугодного судью можно было бы "сместить или заменить, как прежде можно было поступить с неугодным секретарем или делопроизводителем"; "...дать председателю безусловное право устранить публичность по некоторым делам и умножить разряды дел, по закону производимых в закрытом заседании"; "...принять решительные меры к обузданию и ограничению адвокатского произвола, поставить поверенных в строгую дисциплину перед судом"; "отделаться" от суда присяжных, дабы восстановить значение суда в России. Трудно достигнуть этого разом, но нужно достигнуть постепенно, изымая один за другим разряды уголовных дел из ведения присяжных"; ликвидировать кассационный порядок производства; осуществить полную реорганизацию мирового суда; предоставить исполнительной власти свободу действий по отношению к судебным органам (см.: Немытнна М.В. Указ. соч. С. 94).
Тучи над демократическими институтами судебной системы России сгущались. Ярким проявлением судебной контрреформы стало Положение от 12 июля 1889 г. "О земских участковых начальниках".