После переноса Архиерейского двора от Воскресенской церкви на Ленивой площадке внутрь Кремля, Софийский собор с 1587 по 1923 гг. являлся кафедральным храмом Вологодской епархии. Вдоль северной и южной стен находятся захоронения 11 архиереев: епископа Вологодского и Великопермского Киприана (умер в 1556 г., мощи перенесены из деревянной церкви Воскресения на Ленивой площадке), архиепископов Вологодских и Великопермских Антония (1588), Иоасава (1610), Корнилия (1625), Нектария (1626), архиепископа Вологодского и Белозерского Гавриила (1707), епископов Вологодских и Белозерских Павла (1725) и Пимена (1753), Серапиона (1792), Иосифа Золотого (1774), епископа Вологодского и Устюжского Иринея (1796), Арсения (1802)[34].
Во второй половине XVII века у стен Софийского собора проводилась инсценировка Страшного суда. За алтарём, под открытым небом на сооружённое возвышение ставилась икона «Страшного суда» и вода для освящения. Устраивался крестный ход и читались соответствующие места из Евангелия[13].
До XVIII века в Софийском соборе богослужения проходили круглогодично, а после постройки в 1776 году Воскресенского собора, он становится зимним кафедральным храмом.
В июне 2007 года город Вологду посетил Патриарх Московский и Всея Руси Алексий II, который отслужил торжественную литургию в Софийском Соборе.
Настоятели
| Даты | Настоятель[35] |
| 1588 —? | (?) протоиерей Иоанн |
| ?- 1613 —? | протоиерей Василий Никифоров |
| 1613—1628 | закрыт (?) |
| 1628—1639 | протоиерей Лука Иосифов |
| 1639—1652 | протоиерей Фёдор Романов |
| 1652—1664 | протоиерей Иродион Феоклистов |
| 1664—1674 | протоиерей Самуил Иоанов Бурнашев |
| 1674—1685 | протоиерей Иоанн Мефодиев |
| 1685—1696 | протоиерей Дмитрий Митрофанов Муромцев |
| 1696—1702 | (?) |
| 1702—1713 | протоиерей Иоанн Григорьев |
| 1713—1731 | протоиерей Алексей Семёнов |
| 1731—1744 | протоиерей Фёдор Гаврилов Изуграфов (Бохтюжский) |
| 1744—1768 | протоиерей Фёдор Иоанович Яновский |
| 1768—1790 | протоиерей Иоанн Иоаннов |
| 1790—1822 | протоиерей Георгий Исидоров Подосёнов |
| 1822—1841 | протоиерей Виктор Иоанов Вюнский |
| 1841—1883 | протоиерей Василий Иоанов Нордов |
Примечания
1. ↑ 123 Иван Слободской. Летописец. 1716 год
2. ↑ 12 Кукушкин И. П. Археологические исследования в Вологодском кремле в 1997-2000 годах // Вологда. Краеведческий альманах. Вып 4. — Вологда: 2003.
3. ↑ 12 Бочаров Г., Выголов В. Вологда. Кириллов. Ферапонтово. Белозерск. — 3-е. — М.: Искусство, 1979. — 354 с.
4. ↑ Лукомский Г. К. Вологда в её старине. — репринт 1914 г.. — СПб.: Сириус, 1914. — С. 365.
5. ↑ 1234 Мельник А.Г. О вологодском Софийском соборе // Межвуз. сб. науч. тр: материалы научных чтений. — Вологда: 1997. — С. 216-224.
6. ↑ 12 Рыбаков А. А. Вологодская икона. — 1995.
7. ↑ Мощи святителя Антония обнаружены в 1998 году и крестным ходом доставлены в действующую церковь Святого Николая во Владычной Слободе
8. ↑ Архиепископ Вологодский Сильвестр. Из отписки «государства Московскаго боярам и воеводам». 1613 год
9. ↑ Сведений о дате первого освящения главного престола в АИ не найдено
10. ↑ 12 Соколов В. И. Вологда:история строительства и благоустройства. — Вологда: Северо-Западное книжное издательство, 1977. — 159 с.
11. ↑ Баталов А. Л. Традиция строительства Успенских храмов в XVI веке. — М.: 2000.
12. ↑ Имеется в виду повторное освящение
13. ↑ 12 Вологда в минувшем тысячелетии. Очерки истории города. — 2-е. — Вологда: Древности Севера, 2006. — 240 с. — ISBN 5-93061-018-5
14. ↑ Сайт Вологодской епархии.
15. ↑ Флоровский Г. В., О почитании Софии, Премудрости Божией, в Византии и на Руси
16. ↑ Заграевский С. В. Формы глав (купольных покрытий) древнерусских храмов. — М.: 2008.
17. ↑ Филин П. А., Фризин Н. Н. Крест в промысловой культуре поморов Русского Севера //Ставрографический сборник /Изд. совет РПЦ; Фед. арх. служба России; РГАДА. — М., 2001. — Кн. 1. — С. 166—198.
18. ↑ 12345678910 Баниге В., Перцев Н. Вологда. — М.: Искусство, 1970. — 168 с.
19. ↑ Лукомский Г. К. Вологда в её старине. — репринт 1914 г.. — Спб.: Сириус, 1914. — С. 365.
20. ↑ Вологодский государственный музей-заповедник
21. ↑ Никитина Т. Л. Традиционное и индивидуальное в монументальных росписях Дмитрия Григорьева Плеханова.
22. ↑ Никитина Т. Л. О некоторых особенностях размещения евангельских сцен в стенописях
23. ↑ 12 Рыбаков А. А. Художественные памятники Вологды. — Л.: Художник РСФСР, 1980. — 316 с.
24. ↑ Никитина Т. Л. Традиция использования композиции «Страшного суда» в стенописях X—XVII веков.
25. ↑ 12 Рыбаков А. А. Иконостас вологодского Софийского собора (к истории создания и реставрации).
26. ↑ Сокровища Вологодского кремля. Документальный фильм. Автор фильма и режиссёр-постановщик М. Резцов, ВГИАМХЗ, студия «Новая идея», 2004
27. ↑ 1234 Федышин Н. И. Софийские колокола.
28. ↑ 12 Сайт вологда.su
29. ↑ Культура Вологодской области. Колокольня Софийского собора
30. ↑ Суворов Н. И. Неудачный опыт колокольнолитейного искусства // ИАО. СПб., 1861. Т. 3. С. 57
31. ↑ Суворов Н. И. Описание Вологодского кафедрального собора. М., 1863. С. 100—101
32. ↑ 1691/2 г.
33. ↑ Суворов Н. И. Новые боевые часы на колокольне… // ВЕВ. 1872. № 1 (прибавления). С. 22
34. ↑ Коновалов Ф. Я. и др. Вологда, XII — начало XX века: Краевед. словарь. — 1993: Сев.-Зап. кн. изд-во, Архангельск. — 298 с. — ISBN 5-85560-293-1
35. ↑ Суворов Н. И. Описание вологодского кафедрального Софийского собора. — М.: 1863.