При всех тех перипетиях, что имели место на постсоветском пространстве в 1992-94 годах, все это время Содружество выстраивало систему своих органов. Еще на алма-атинском саммите в декабре 1991 г. было решено, что высшим органом СНГ является Совет глав государств. По Уставу СНГ, Совет глав государствСНГ обсуждает и решает фундаментальные вопросы, связанные с деятельностью государств-членов. Совет собирается не реже двух раз в год; внеочередные заседания могут созываться по инициативе одного из государств членов. На встречах Совета главы государств председательствуют поочередно в порядке русского алфавита названий государств-членов СНГ (в декабре 1993 г. был учрежден новый пост Председателя СНГ, полномочия которого продолжаются в течение года, - первым Председателем на 1994 г. был избран Б.Н.Ельцин). Заседания Совета проводятся, как правило, в столицах государств-членов СНГ13.
Вторым по значению органом СНГ является Совет глав правительств, решение о котором, как и решение о Совете глав государств, было принято также в декабре 1991 г. Совет глав правительств отвечает за координацию сотрудничества органов исполнительной власти в экономической, социальной и других областях; собирается не реже четырех раз в год. Решения на Совете принимаются консенсусом, но любое государство при этом вправе заявить о своей незаинтересованности, что не является препятствием для принятия решения.
В феврале 1992 г. был учрежден Совет министров обороны СНГ, а в сентябре 1993 г. – Совет министров иностранных делСНГ; припоследнем действует Консультативная комиссия по миротворческой деятельности.
До 1993 г. в Содружестве существовало Главное командование объединенных вооруженных сил, - в декабре 1993 г. вместо этого органа был создан Штаб по координации военного сотрудничества государств-участников СНГ, подчиненный Совету министров обороны СНГ и объединяющий представителей государств, подписавших Договор о коллективной безопасности СНГ. В рамках того же Договора действует Совет коллективной безопасности, работающий в непосредственной связи со Штабом по координации военного сотрудничества и Советом министров обороны СНГ. В системе военно-политического сотрудничества СНГ функционирует также Совет главнокомандующих пограничными войсками, учрежденный в июле 1992 г.
В июле 1992 г. был учрежден Экономический суд, задача которого рассматривать случаи нарушений договорных обязательств между предприятиями государств-членов СНГ и принимать по ним решения. В сфере юридического сотрудничества государств СНГ работает также Межгосударственный суд, созданный по решению январского саммита 1993 г. и рассматривающий случаи разногласий, связанных с национальными меньшинствами и границами СНГ. В этой же системе действует Комиссия по правам человека.
Целый ряд важных для институциализации Содружества решений был принят на заседании Совета глав государств СНГ 14-15 мая 1993 г. В развитие идеи Экономического союза СНГ здесь было решено учредить постоянно действующий исполнительный и координирующий орган Союза - Координационно-консультативный Комитет, состоящий из постоянных представителей участвующих в Союзе государств – по два от каждого государства; при Комитете создавался Исполнительный Секретариат СНГ. Через год в апреле 1994 года в этой же системе была учреждена Комиссия Экономического союза. (Координационно-консультативный комитет прекратил деятельность в октябре 1994 г., передав свои структуры и функции новому органу Содружества - Межгосударственному экономическому комитету).
В декабре 1993 г. был учрежден Межгосударственный банк СНГ, возглавляемый главой Центрального банка России и имеющей задачей содействовать межгосударственным финансовым отношениям.
Наконец, в октябре 1994 г. на встрече глав государств СНГ была предпринята попытка создать первый наднациональный орган Содружества, идея которого заключалась в том, чтобы он работал «не от саммита к саммиту», а на постоянной основе, и решения которого имели бы обязательную силу, - Межгосударственный экономический комитет 1.
В СНГ также созданы отраслевые органы для координации сотрудничества в таких областях, как космические исследования, охрана окружающей среды, энергетика, железнодорожный транспорт, наука и технология, стандартизация, таможенное дело.
Видную роль в Содружестве играет Межпарламентская ассамблея, образованная шестью государствами в марте 1992 г. и сегодня объединяющая представителей законодательных собраний девяти государств - Азербайджана, Армении, Беларуси, Грузии, Казахстана, Кыргызстана, Мoлдoвы, Рoссийской Федерации, Таджикистана; в качестве наблюдателя на мероприятиях Межпарламентской ассамблеи присутствует делегация Верхoвнoгo Сoвета Украины. В целях сближения национальных законодательств Ассамблея стремится выполнять роль законотворческого органа Содружества, разработав за время своего существования около пятидесяти модельных законов, в том числе модельные Гражданский и Уголовный кодексы.