Подготовка к вооруженному перевороту в Гватемале началась еще в июне 1951 г. С этой целью был создан оперативный штаб под руководством кадрового сотрудника ЦРУ полковника Альберта Ханея, размещавшийся в Майами. 9 сентября 1952 года был утверждён первый вариант плана военного переворота в Гватемале (Operation PBFORTUNE). Общее руководство разработкой плана операции было поручено заместителю директора ЦРУ США по планированию Фрэнку Гарднеру Уизнеру. Важную роль в подготовке к свержению Арбенса должен был сыграть и посол США в Гватемале Джон Перифуа, прежде занимавший должность посла в Греции, где он также организовывал подавление греческого коммунистического движения. Несмотря на то, что Перифуа не владел ни одним иностранным языком, он сделал неплохую дипломатическую карьеру именно как специалист по борьбе с коммунистическими движениями. 14 октября 1953 г. Государственный департамент США выступил с официальным осуждением политики правительства Гватемалы, после чего в отношении Гватемалы были введены экономические санкции. Тогда же была создана дополнительная американская правительственная группа для руководства операцией по свержению правительства Арбенса. Ее возглавил еще один высокопоставленный сотрудник ЦРУ Трэйси Барнс. Деятельность комиссии была направлена как на непосредственную организацию вооруженных групп, которые должны были выступить против правительства Арбенса в самой Гватемале, так и на дискредитацию действий гватемальского президента в глазах мирового сообщества. Так, Государственный департамент США опубликовал «Белую книгу», подготовленную сотрудниками «Юнайтед фрут компани». Представители США заявили о том, что правительство Арбенса предоставило секретные базы на гватемальском побережье для советских подводных лодок. 14 мая 1954 г. по поводу Гватемалы высказался сам директор ЦРУ Аллен Даллес, который сообщил, что правительство Арбенса собирается развязать агрессивную войну, а на следующий день 15 мая 1954 г. представитель Госдепартамента США прямо обвинил правительство Арбенса в поставках вооружения повстанцам, действующим на территории соседних государств.
директор ЦРУ Аллен Даллес
На территории соседнего Гондураса, находившегося под полным влиянием США, была сформирована Антикоммунистическая правительственная хунта. Ее руководителем был назначен полковник Кастильо Армас (1914-1957) — высокопоставленный офицер гватемальских военно-воздушных сил, в марте 1953 г. предпринявший попытку военного переворота в стране, но после ее подавления верными Арбенсу войсками бежавший в Гондурас. На территории Гондураса под руководством Армаса и при непосредственном участии сотрудников ЦРУ США и американских армейских офицеров началось формирование наемной армии, которой предстояло вторгнуться в Гватемалу и свергнуть правительство Арбенса. На комплектование и обучение наемников Армасу выделялось не менее 150 тыс. долларов в месяц, а также стрелковое оружие, боеприпасы, взрывчатые вещества, автомобили, средства радиосвязи и даже несколько самолетов Р-47 и С-47. Вооруженные силы, формируемые полковником Армасом, получили название «Армия освобождения». Ее солдаты носили американскую форму, оружие и получали зарплату в размере десяти долларов в день. Также в состав «Армии освобождения» вошли десять американских пилотов и десять бортмехаников, поскольку собственные квалифицированные авиационные специалисты для пилотирования самолетов у Армаса отсутствовали. Однако, несмотря на меры секретности, в начале 1954 г. правительство Гватемалы узнало о готовящихся планах по вооруженной агрессии против страны. 29 января 1954 г. правительство Гватемалы официально заявило о том, что против страны готовится вооруженная агрессия. Было заключено соглашение с руководством Чехословакии о приобретении трофейного оружия немецкого производства времен Второй мировой войны, которое находилось на складах чехословацкой армии и по приказу военного ведомства страны было отгружено на транспортное судно “Альфхем”.
Весной 1954 г. в Гватемале начались диверсии. Сначала группа диверсантов попыталась взорвать поезд, шедший из порта Пуэрто-Барриос в столицу страны город Гватемалу. Но заряд динамита не сработал в полную мощь и поезд получил только незначительный ущерб, после чего произошла перестрелка между диверсантами и гватемальскими солдатами. Погибли по одному бойцу с обеих сторон. 21 мая над столицей страны появился самолет С-47, с которого сбросили 100 тысяч антиправительственных листовок. Спустя три дня корабли ВМС США блокировали побережье Гватемалы, чтобы предотвратить возможные поставки в страну вооружения из социалистических и независимых стран. Серьезно усложнило положение Гватемалы и предательство полковника Рудольфо Мендосо Асурдио, который занимал пост командующего гватемальскими военно-воздушными силами. 4 июня полковник Асурдио на частном самолете перелетел на территорию Гондураса, где встретился с полковником Армасом и передал последнему сведения о плане развертывания, состоянии и дислокации гватемальских военно-воздушных сил. После этого участились полеты самолетов, сбрасывавших листовки в населенные пункты Гватемалы. 14 июня 1954 г. самолетом без опознавательных знаков были сброшены оружие и боеприпасы для противников Арбенса, действовавших на территории Гватемалы. Спустя три дня, 17 июня 1954 г., Совет национальной безопасности США принял решение о начале военной операции в Гватемале. В этот же день произошла первая попытка проникновения на территорию страны группы вооруженных боевиков из Сальвадора. Однако сальвадорские полицейские разоружили отряд боевиков и поместили их в местную тюрьму. На следующий день взбешенные руководители ЦРУ звонили руководству сальвадорской полиции, после чего боевиков Армаса немедленно отпустили. Но задержанием на сутки сальвадорские стражи порядка, возможно сами того не ведая, сорвали один из компонентов плана по вторжению в Гватемалу.