Санитарно-микробиологический контроль колбасного производства выполняют систематически согласно действующей инструкции.
Пробы с оборудования, инвентаря, тары и других объектов, находящихся в помещениях цехов, отбирают методом смывов до начала работы или после проведения уборки. Особое внимание уделяют на пазы, углубления, стыки, щели. Площадь, с которой берут смыв, должна быть не менее 100 см 
. При обнаружении на 1 см 
обследованных объектов свыше 300 микроорганизмов немедленно проводят тщательную санитарную обработку с повторными микробиологическими исследованиями. Микробиологические исследования колбасных изделий выполняют согласно действующим ГОСТам и инструкциям.
Обвалку производят вручную в помещениях с температурой воздуха до 12 ºС. При обвалке нельзя допускать накопление обработанного сырья, т. к. поверхность разреза мышечной ткани представляет собой хорошую питательную среду для развития микрофлоры.
Контроль качества обвалки мяса рекомендуется выполнять 3 раза в смену: через 2ч после начала смены, за 1 до обеда и в последние 2ч работы.
Врач, обслуживающий колбасное производство, санитарный контроль в отделении обвалки мяса осуществляет постоянно в течение смены.
Также нельзя накапливать жилованное сырье, т. к. во время и после жиловки имеется большой контакт мяса с оборудованием, инвентарем и другими предметами и создаются благоприятные условия для развития микроорганизмов. Жилованное мясо необходимо быстро передавать на посол в охлажденные помещения. В случае нарушения этих требований гигиены приостанавливают работу в цехе.
Посол мяса является важнейшей производственной операцией при подготовке сырья для дальнейшей переработки, обеспечивает соответствующий вкус, аромат и цвет вырабатываемой продукции. Сырье солят в охлажденных помещениях при 2-4 ºС.
Для контроля за сроками выдержки мяса в посоле, определенными соответствующими технологическими инструкциями, используют бирки с указанием даты посола и вида изделия, для которого предназначается сырье.
Вода, используемая для получения льда при куттеровании, должна отвечать требованиям действующего ГОСТа «Вода питьевая».
Для контроля температуры непосредственно в агрегате и в глубоких слоях продукта на предприятиях применяют контрольно-измерительные приборы с записывающим устройством. В термическом отделении ведут журнал по термической обработке, состояние записей в котором контролируют мастер и сотрудник ОПВК.
Санитарная оценка колбасных изделий складывается из органолептических, физико-химических и микробиологических показателей. При проведении этих исследований придерживаются действующей нормативно-технологической документации.
При контроле внешнему осмотру подвергают 10% каждой партии колбасных изделий. Для проведения лабораторных исследований берут пробы: от изделий в оболочке и продуктов из мяса массой более 2 кг отбирают две единицы продукции для всех видов испытаний; от изделий в оболочке и продуктов из мяса менее 2 кг отбирают не менее трех единиц для каждого вида испытаний.
Из отобранных единиц продукции берут разовые пробы для органолептических испытаний общей массой 800-1000 г, для химических исследований - 400-500 г. Для микробиологических исследований отбирают не менее двух разовых проб колбасы, каждая длиной 15 см от края батона; от продуктов из мяса-10 см; от изделий без оболочки – разовые пробы по 200-250 г от каждой из трех единиц.